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第一章 總則
第一條
為發展全球運籌管理經營模式，積極推動貿易自由化及國際化，便捷人員、貨物、金融及技術之流通，提升國家競爭力並促進經濟發展，特制定本條例。
立法說明
一、揭櫫本條例之立法目的。
二、國際性企業發展全球運籌管理之經營模式日趨普遍，備料、生產、發貨及市場配銷等整體產銷環節形成串聯，以達整體營運規劃與及時管理之目的，並降低營運成本。在國際性企業供應鏈環節中，為保持我國之國際競爭力，避免在鄰近地區國家中邊陲化，有必要設置自由貿易港區，對於港區內之營運併採低度行政管制及高度自主管理，並排除港區內進行商務活動之各種障礙，以加速貨物進出港區之流通，推動貿易自由化及國際化，使我國成為主導國際間貿易之樞紐及集散、交易中心。
二、國際性企業發展全球運籌管理之經營模式日趨普遍，備料、生產、發貨及市場配銷等整體產銷環節形成串聯，以達整體營運規劃與及時管理之目的，並降低營運成本。在國際性企業供應鏈環節中，為保持我國之國際競爭力，避免在鄰近地區國家中邊陲化，有必要設置自由貿易港區，對於港區內之營運併採低度行政管制及高度自主管理，並排除港區內進行商務活動之各種障礙，以加速貨物進出港區之流通，推動貿易自由化及國際化，使我國成為主導國際間貿易之樞紐及集散、交易中心。
第二條
自由貿易港區（以下簡稱自由港區）之設置及管理，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律之規定，較本條例更有利者，適用最有利之法律。
立法說明
一、規範本條例與其他法律間之適用關係，原則上本條例優先適用，例外於法規競合時採從優原則。
二、本條例係規範自由港區特定功能所需之機制，未特別規定之事項仍應適用相關法律之規定。
三、隨著貿易、經濟政策之發展，將來如有其他法律規定，較本條例更有利者，為使自由貿易港之功能得持續充分發揮，應使其得適用最有利之法律，爰設但書之規定。
二、本條例係規範自由港區特定功能所需之機制，未特別規定之事項仍應適用相關法律之規定。
三、隨著貿易、經濟政策之發展，將來如有其他法律規定，較本條例更有利者，為使自由貿易港之功能得持續充分發揮，應使其得適用最有利之法律，爰設但書之規定。
第三條
本條例用詞定義如下：
一、自由貿易港區：指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內；或毗鄰地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置管制區域進行國內外商務活動之工業區、加工出口區、科學工業園區或其他區域。
二、自由港區事業：指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務之事業。
三、自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。
四、商務人士：指為接洽商業或處理事務需進入自由港區內之人士。
五、毗鄰：指下列情形之一者：
（一）與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上者。
（二）土地與國際航空站、國際港口管制區域間有道路、水路分隔，仍可形成管制區域者。
（三）土地與國際航空站、國際港口管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬道路者。
六、國際港口：指國際商港或經核定准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之工業專用港。
一、自由貿易港區：指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內；或毗鄰地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置管制區域進行國內外商務活動之工業區、加工出口區、科學工業園區或其他區域。
二、自由港區事業：指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務之事業。
三、自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。
四、商務人士：指為接洽商業或處理事務需進入自由港區內之人士。
五、毗鄰：指下列情形之一者：
（一）與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上者。
（二）土地與國際航空站、國際港口管制區域間有道路、水路分隔，仍可形成管制區域者。
（三）土地與國際航空站、國際港口管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬道路者。
六、國際港口：指國際商港或經核定准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之工業專用港。
立法說明
本條例用詞之定義如下：
一、自由貿易港區：指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內；或毗鄰地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置管制區域進行國內外商務活動之工業區，加工出口區、科學工業園區或其他區域。
二、自由港區事業：指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務之事業。
三、自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。
四、商務人士：指為接洽商業或處理事務需進入自由港區內之人士。
五、毗鄰：指下列情形之一者：
舗與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上者。
???土地與國際航空站、國際港口管制區域間有道路、水路分隔，仍可形成管制區域者。
???土地與國際航空站、國際港口管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬道路。
六、國際港口：指國際商港或經核定准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之工業專用港。
一、自由貿易港區：指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內；或毗鄰地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置管制區域進行國內外商務活動之工業區，加工出口區、科學工業園區或其他區域。
二、自由港區事業：指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務之事業。
三、自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。
四、商務人士：指為接洽商業或處理事務需進入自由港區內之人士。
五、毗鄰：指下列情形之一者：
舗與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上者。
???土地與國際航空站、國際港口管制區域間有道路、水路分隔，仍可形成管制區域者。
???土地與國際航空站、國際港口管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬道路。
六、國際港口：指國際商港或經核定准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之工業專用港。
第四條
行政院應設自由港區協調委員會，審議自由港區發展政策、自由港區劃設案件、跨自由港區業務協調，及其他經行政院指定之重要事項。
前項委員會由相關部會首長及相關業者代表組成。
前項委員會由相關部會首長及相關業者代表組成。
立法說明
一、本條明定自由港區發展政策、自由港區劃設申請案件、跨自由港區業務協調及其他重要事項，由行政院設置之自由港區協調委員會審議。
二、配合政府組織再造及機動組織功能，自由港區協調委員會應由交通部、經濟部、財政部、內政部、外交部及陸委會等有關部會首長組成，並由行政院副院長擔任召集人，屬任務編組之性質，而非常設之正式機關組織。
三、自由港區協調委員會為幕僚性質之任務編組單位，其依本條例及行政院指定審議事項，應於審議後將審議結果報請行政院核定，以完成行政行為之程序。
二、配合政府組織再造及機動組織功能，自由港區協調委員會應由交通部、經濟部、財政部、內政部、外交部及陸委會等有關部會首長組成，並由行政院副院長擔任召集人，屬任務編組之性質，而非常設之正式機關組織。
三、自由港區協調委員會為幕僚性質之任務編組單位，其依本條例及行政院指定審議事項，應於審議後將審議結果報請行政院核定，以完成行政行為之程序。
第五條
為統籌自由港區之營運管理，並提供自由港區內所需之各項服務，第六條及第八條之中央目的事業主管機關應選定適當之機關，報請行政院核定為自由港區管理機關。
前項中央目的事業主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關之同意。
前項中央目的事業主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關之同意。
立法說明
一、本條明定自由港區內一般行政事務，由自由港區管理機關主管。另考量管理之一致性，自由港區管理機關之層級，定位為各部會之一級機關。
二、經申請核准劃設編定為自由港區後，第六條及第八條之中央目的事業主管機關，應選擇適當之機關報請行政院核定自由港區管理機關。自由港區如為國際機場、國際港口之範圍，行政院得核定現有之國際機場、國際港口管理機關為自由港區管理機關。
三、其他經劃設為自由港區之貨運園區、加工出口區、科學園區、工業區等，行政院得核定該等特區之原有管理機關為自由港區之管理機關。
四、至於其他毗鄰國際機場、國際港口之公、私有土地，申請劃設編定為自由港區，則由國際機場、國際港口之目的事業主管機關，報請行政院核定現有之國際機場、國際港口管理機關為自由港區管理機關。
五、第二項明定如選定之自由港區管理機關，非中央目的事業主管機關所屬機關者，則應另徵詢被選定機關之同意。
二、經申請核准劃設編定為自由港區後，第六條及第八條之中央目的事業主管機關，應選擇適當之機關報請行政院核定自由港區管理機關。自由港區如為國際機場、國際港口之範圍，行政院得核定現有之國際機場、國際港口管理機關為自由港區管理機關。
三、其他經劃設為自由港區之貨運園區、加工出口區、科學園區、工業區等，行政院得核定該等特區之原有管理機關為自由港區之管理機關。
四、至於其他毗鄰國際機場、國際港口之公、私有土地，申請劃設編定為自由港區，則由國際機場、國際港口之目的事業主管機關，報請行政院核定現有之國際機場、國際港口管理機關為自由港區管理機關。
五、第二項明定如選定之自由港區管理機關，非中央目的事業主管機關所屬機關者，則應另徵詢被選定機關之同意。
第二章 港區之劃設及管理
第六條
國際航空站、國際港口之管理機關，得就其管制區域內土地，擬具自由港區開發之可行性規劃報告及營運計畫書，向中央目的事業主管機關提出申請；經中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。
立法說明
一、本條明定於國際航空站、國際港口管制區內申請劃設編定為自由港區之申請、徵詢意見、核轉、審議及核定程序。
二、合宜之自由港區地點，攸關推動自由港區之成效，為便捷貨物運輸及外籍商務人士入出港區，同時執行各項管制措施，劃設自由港區之地點應限於國際機場、港口之管制區域或毗鄰之土地。
二、合宜之自由港區地點，攸關推動自由港區之成效，為便捷貨物運輸及外籍商務人士入出港區，同時執行各項管制措施，劃設自由港區之地點應限於國際機場、港口之管制區域或毗鄰之土地。
第七條
國際航空站、國際港口管制區域外之公、私有土地管理機關、所有人或使用人，得擬具開發可行性規劃報告及營運計畫書，送請國際航空站、國際港口之管理機關初步審核同意，並由各該管理機關之中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。
前項土地如需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，應於提出申請核定自由港區前，先行申請劃設編定。
第一項之公、私有土地管理機關、所有人或使用人依前項程序提出申請時，如不合於申請劃設自由港區之資格、條件或確有管理上之困難者，各該管理機關初步審核，應不予同意。
第一項之使用人，就使用土地申請劃設為自由港區，應取得土地所有權人之書面同意。
前項土地如需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，應於提出申請核定自由港區前，先行申請劃設編定。
第一項之公、私有土地管理機關、所有人或使用人依前項程序提出申請時，如不合於申請劃設自由港區之資格、條件或確有管理上之困難者，各該管理機關初步審核，應不予同意。
第一項之使用人，就使用土地申請劃設為自由港區，應取得土地所有權人之書面同意。
立法說明
一、本條明定管制區土地內申請劃設編定為自由港區之申請、徵詢意見、核轉、審議及核定程序。
二、為符合劃設港區之營運效益，除國際航空站、國際港口之管理機關外，國際航空站、國際港口之公、私有土地管理機關、所有人或使用人，如擬申請劃設編定為自由港區，除編定為貨運園區、加工出口區、科學園區、工業區等特別區域，由該區之管理機關向其上級機關申請外，其餘情形應向國際機場、國際港口之管理機關提出申請，由各該管理機關之中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部初步評估劃設編定之可行性及效益經核可，再轉報行政院交付自由港區協調委員會審議通過後，由行政院作成核定，爰於第一項予以明定。
三、公、私有土地之管理機關、所有人或使用人，擬具開發之可行性規劃報告及營運計畫書，向國際航空站、國際港口之目的事業主管機關提出申請，惟其資格、條件不合於行政院所定標準，或是國際航空站、國際港口在管理上確實發生困難，則由國際航空站、國際港口之管理機關逕行駁回，無須再由其中央目的事業主管機關會商財政部並核轉行政院審議核定，以簡化行政程序，爰於第三項予以明定。
二、為符合劃設港區之營運效益，除國際航空站、國際港口之管理機關外，國際航空站、國際港口之公、私有土地管理機關、所有人或使用人，如擬申請劃設編定為自由港區，除編定為貨運園區、加工出口區、科學園區、工業區等特別區域，由該區之管理機關向其上級機關申請外，其餘情形應向國際機場、國際港口之管理機關提出申請，由各該管理機關之中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部初步評估劃設編定之可行性及效益經核可，再轉報行政院交付自由港區協調委員會審議通過後，由行政院作成核定，爰於第一項予以明定。
三、公、私有土地之管理機關、所有人或使用人，擬具開發之可行性規劃報告及營運計畫書，向國際航空站、國際港口之目的事業主管機關提出申請，惟其資格、條件不合於行政院所定標準，或是國際航空站、國際港口在管理上確實發生困難，則由國際航空站、國際港口之管理機關逕行駁回，無須再由其中央目的事業主管機關會商財政部並核轉行政院審議核定，以簡化行政程序，爰於第三項予以明定。
第八條
前二條之土地，坐落於依加工出口區設置管理條例、科學工業園區設置管理條例、促進產業升級條例、獎勵民間參與交通建設條例、促進民間參與公共建設法劃設編定為工業區或特定專用區者，應由該編定之中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，送請行政院核定設置為自由港區。
前條之土地，坐落於依都市計畫法或非都市土地使用管制規則劃設為特定專用區者，應向國際航空站、國際港口管理機關之中央目的事業主管機關提出；經中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見初步審核同意，選定自由港區之管理機關並加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。
前條之土地，坐落於依都市計畫法或非都市土地使用管制規則劃設為特定專用區者，應向國際航空站、國際港口管理機關之中央目的事業主管機關提出；經中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見初步審核同意，選定自由港區之管理機關並加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。
立法說明
一、第一項明定申設自由港區土地如坐落於依加工出口區設置管理條例、科學工業園區設置管理條例、促進產業升級條例、獎勵民間參與交通建設條例、促進民間參與公共建設法劃設編定為工業區或特定專用區者，應向該土地報編之中央目的事業主管機關提出。
二、第二項明定申設自由港區土地如坐落於依都市計畫法或非都市土地使用管制規則劃設為特定專用區者，應向國際航空站、國際港口管理機關之中央目的事業主管機關提出。
二、第二項明定申設自由港區土地如坐落於依都市計畫法或非都市土地使用管制規則劃設為特定專用區者，應向國際航空站、國際港口管理機關之中央目的事業主管機關提出。
第九條
依前三條規定，申請設置自由港區之資格、條件、申請程序及應檢附之書件證明及其他應遵行事項之辦法，由行政院定之。
立法說明
為符合劃設自由港區之營運效益，在國際航空站、國際港口管制區域外，申請劃設為自由港區之土地面積原則上應達三十公頃以上，且國際航空站、國際港口管制區域毗鄰之公、私有土地，原則上應與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上，以利整體開發與運用。又土地鄰近國際航空站、國際港口管制區域但為道路、水路分隔，仍可與國際航空站、國際港口管制區域形成封閉之區域者；或與管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬封閉道路，並符合自由港區各項管制及管理之要求，亦得許其申請劃設編定為自由港區或劃入自由港區之範圍。
第十條
自由港區管理機關掌理港區內下列事項：
一、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
二、自由港區事業、自由港區事業以外之事業入區申請之審查、核准及廢止營運相關事項。
三、人員及貨物進出自由港區之核准及門哨管制檢查。
四、公有財產之使用、管理及收益。
五、各項公共設施之建設及管理。
六、外籍商務人士入境許可申請之核轉。
七、自由港區事業外籍人士延長居留申請之核轉。
八、預防走私措施。
九、業務及財務狀況之查核。
十、自由港區事業、自由港區事業以外之事業之營運輔導及服務。
十一、環境保護工作之規劃推動執行及管理。
十二、資訊化發展之推動。
十三、依法令或上級機關交付辦理之事項。
十四、其他有關行政管理事項。
自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：
一、勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查。
二、工商登記證照之核發。
三、工業用電證明之核發。
四、外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之核發。
五、申請稅捐減免所需相關證明之核發。
六、貨品輸出入簽證、原產地證明書及再出口證明之核發。
七、土地使用管制及建築管理。
一、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
二、自由港區事業、自由港區事業以外之事業入區申請之審查、核准及廢止營運相關事項。
三、人員及貨物進出自由港區之核准及門哨管制檢查。
四、公有財產之使用、管理及收益。
五、各項公共設施之建設及管理。
六、外籍商務人士入境許可申請之核轉。
七、自由港區事業外籍人士延長居留申請之核轉。
八、預防走私措施。
九、業務及財務狀況之查核。
十、自由港區事業、自由港區事業以外之事業之營運輔導及服務。
十一、環境保護工作之規劃推動執行及管理。
十二、資訊化發展之推動。
十三、依法令或上級機關交付辦理之事項。
十四、其他有關行政管理事項。
自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：
一、勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查。
二、工商登記證照之核發。
三、工業用電證明之核發。
四、外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之核發。
五、申請稅捐減免所需相關證明之核發。
六、貨品輸出入簽證、原產地證明書及再出口證明之核發。
七、土地使用管制及建築管理。
立法說明
一、明定自由港區管理機關之掌理事項。
二、自由港區管理機關負責自由港區之各項行政事務，為有效執行自由港區之管理工作及便利自由港區內事業之各項行政手續，爰於第一項詳細列舉其統籌掌理事項，以發揮管理自由貿易港區事務「單一窗口」之功能：
舗自由港區管理機關統籌掌理事項，可分為管理上固有必要項目、配合相關主管機關業務辦理項目、受理收件及核轉有關機關之窗口服務項目、需其他行政配置之聯合管理或服務項目及一般服務性或開發性事務項目。
???有關配合相關主管機關業務辦理之事項，係將原屬各行政機關之公權力事項，由自由港區管理機關代為執行，並將執行結果提供各有關行政機關作為行政處分或其他公權力措施之依據，如各項環境保護許可之核發，依空氣污染防制法、水污染防制法、廢棄物清理法等規定，經由環境保護主管之機關委託，委由自由港區管理機關代為執行。
???受理收件及核轉有關機關之窗口服務項目，主要為實施單一窗口管理，如各行政機關因事務性質複雜等原因無法以派駐自由港區人員直接審查核定，或非有經常需要而無須配置專人辦理，可由自由港區管理機關統一收件受理申請，再由自由港區管理機關核轉各主管機關辦理。
磮需其他行政配置之聯合管理或服務項目，範圍相當廣泛，舉凡各行政機關行使公權力或方便提供行政服務，包括稅捐、關務、檢疫及檢驗、警察、金融、公用事業、郵電及其他公務機關業務事項，得設立分支單位或指派專人辦理之事項者皆屬之。此外，如尚有其他有關之行政管理事項，亦皆由自由港區內各行政機關派駐之單位或人員提供聯合服務。
???除前述各項自由港區基本功能性之職掌事項外，自由港區管理機關為提升營運之競爭力，尚需一般服務性或開發性事務項目，為保持提供服務之彈性與機動性，凡依法令或上級機關交付辦理，亦皆為自由港區管理機關掌理之服務事項。
???為配合行政院組織法、中央政府機關總員額法之施行，相關行政機關辦理自由港區內之業務所需人員組織編制應採最小變動原則以為因應；自由港區管理機關之業務職掌，如有其他法規授權之依據或不涉及職權移轉者，得委託民間團體或訂定行政契約辦理之。
三、為利自由港區之管理，自由港區內與各行政機關之職權有關事項，應由各該目的事業主管機關依法規將其權限之一部分委任或委託自由港區管理機關辦理，以符合行政程序法第十五條之規定，爰於第二項明定之。
二、自由港區管理機關負責自由港區之各項行政事務，為有效執行自由港區之管理工作及便利自由港區內事業之各項行政手續，爰於第一項詳細列舉其統籌掌理事項，以發揮管理自由貿易港區事務「單一窗口」之功能：
舗自由港區管理機關統籌掌理事項，可分為管理上固有必要項目、配合相關主管機關業務辦理項目、受理收件及核轉有關機關之窗口服務項目、需其他行政配置之聯合管理或服務項目及一般服務性或開發性事務項目。
???有關配合相關主管機關業務辦理之事項，係將原屬各行政機關之公權力事項，由自由港區管理機關代為執行，並將執行結果提供各有關行政機關作為行政處分或其他公權力措施之依據，如各項環境保護許可之核發，依空氣污染防制法、水污染防制法、廢棄物清理法等規定，經由環境保護主管之機關委託，委由自由港區管理機關代為執行。
???受理收件及核轉有關機關之窗口服務項目，主要為實施單一窗口管理，如各行政機關因事務性質複雜等原因無法以派駐自由港區人員直接審查核定，或非有經常需要而無須配置專人辦理，可由自由港區管理機關統一收件受理申請，再由自由港區管理機關核轉各主管機關辦理。
磮需其他行政配置之聯合管理或服務項目，範圍相當廣泛，舉凡各行政機關行使公權力或方便提供行政服務，包括稅捐、關務、檢疫及檢驗、警察、金融、公用事業、郵電及其他公務機關業務事項，得設立分支單位或指派專人辦理之事項者皆屬之。此外，如尚有其他有關之行政管理事項，亦皆由自由港區內各行政機關派駐之單位或人員提供聯合服務。
???除前述各項自由港區基本功能性之職掌事項外，自由港區管理機關為提升營運之競爭力，尚需一般服務性或開發性事務項目，為保持提供服務之彈性與機動性，凡依法令或上級機關交付辦理，亦皆為自由港區管理機關掌理之服務事項。
???為配合行政院組織法、中央政府機關總員額法之施行，相關行政機關辦理自由港區內之業務所需人員組織編制應採最小變動原則以為因應；自由港區管理機關之業務職掌，如有其他法規授權之依據或不涉及職權移轉者，得委託民間團體或訂定行政契約辦理之。
三、為利自由港區之管理，自由港區內與各行政機關之職權有關事項，應由各該目的事業主管機關依法規將其權限之一部分委任或委託自由港區管理機關辦理，以符合行政程序法第十五條之規定，爰於第二項明定之。
第十一條
自由港區事業，僱用本國勞工人數，不得低於僱用員工總人數百分之六十。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第十二條
自由港區事業，僱用外國勞工之工資，應依勞動基準法基本工資限制之規定辦理。
自由港區事業，僱用勞工總人數中，應僱用百分之五具有原住民身分者。
自由港區事業，未依前項規定足額僱用者，應依差額之人數乘以每月基本工資，定期向各目的事業主管機關設立之就業基金專戶繳納差額補助費。
自由港區事業，僱用勞工總人數中，應僱用百分之五具有原住民身分者。
自由港區事業，未依前項規定足額僱用者，應依差額之人數乘以每月基本工資，定期向各目的事業主管機關設立之就業基金專戶繳納差額補助費。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第十三條
自由港區內下列事項，由各該目的事業主管機關設立分支單位或指派專人，配合自由港區管理機關之運作辦理：
一、稅捐稽徵。
二、海關業務。
三、檢疫及檢驗業務。
四、警察業務。
五、金融業務。
六、電力、給水及其他有關公用事業之業務。
七、郵電業務。
八、其他公務機關業務。
一、稅捐稽徵。
二、海關業務。
三、檢疫及檢驗業務。
四、警察業務。
五、金融業務。
六、電力、給水及其他有關公用事業之業務。
七、郵電業務。
八、其他公務機關業務。
立法說明
一、本條明定自由港區所需其他行政配置之項目，應由各該機關設立分支單位或指派專人辦理。
二、自由港區管理機關為一般營運管理之單一窗口，如有涉及其他行政機關權限之行使或主管業務項目，應由各該目的事業主管機關於自由港區設立分支單位或指派專人以聯合服務之方式辦理。又為促進自由港區行政業務效率，各該目的事業主管機關設立之分支單位或指派之專人，應配合自由港區管理機關之運作，辦理其行政或業務項目。
二、自由港區管理機關為一般營運管理之單一窗口，如有涉及其他行政機關權限之行使或主管業務項目，應由各該目的事業主管機關於自由港區設立分支單位或指派專人以聯合服務之方式辦理。又為促進自由港區行政業務效率，各該目的事業主管機關設立之分支單位或指派之專人，應配合自由港區管理機關之運作，辦理其行政或業務項目。
第十四條
申請經營自由港區事業，應提具營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書，連同相關文件，向自由港區管理機關申請入區營運許可。
前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、撤銷、廢止營運作業及其他應遵行事項之辦法，由原選定自由港區管理機關之中央目的事業主管機關定之。
前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、撤銷、廢止營運作業及其他應遵行事項之辦法，由原選定自由港區管理機關之中央目的事業主管機關定之。
立法說明
一、第一項明定申請經營自由港區事業應檢附相關文件申請入區營運許可。
二、第二項明定自由港區事業設立標準及許可審查事項，授權原選定自由港區管理機關之中央目的事業主管機關定之，為免不同自由港區間之設立標準差異過大，必要時得由自由港區協調委員會協調之。
三、自由港區事業以外之事業申請進駐自由港區營運之審查及核准，則由自由港區管理機關視自由港區之需要及相關規定辦理。
二、第二項明定自由港區事業設立標準及許可審查事項，授權原選定自由港區管理機關之中央目的事業主管機關定之，為免不同自由港區間之設立標準差異過大，必要時得由自由港區協調委員會協調之。
三、自由港區事業以外之事業申請進駐自由港區營運之審查及核准，則由自由港區管理機關視自由港區之需要及相關規定辦理。
第十五條
外國人得向自由港區管理機關申請設立以境外投資為專業之控股公司，不適用外國人投資條例之規定。
國際金融業務分行得辦理前項控股公司之外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
國際金融業務分行得辦理前項控股公司之外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第三章 貨物自由流通
第十六條
自由港區事業得進儲之物品，除下列物品須於進儲前經各該目的事業主管機關核准外，不受其他法律或其法規命令之輸入規定限制：
一、違禁品。
二、毒品、槍械、武器、彈藥。
三、毒性化學物品。
四、有害事業廢棄物。
五、放射性物品。
六、未經檢疫合格之動植物或其產品。
七、保育類野生動物或其產製品。
八、存儲期間可能產生公害或環境污染之物品。
九、特定戰略性高科技物品。
十、其他經行政院核定之物品。
一、違禁品。
二、毒品、槍械、武器、彈藥。
三、毒性化學物品。
四、有害事業廢棄物。
五、放射性物品。
六、未經檢疫合格之動植物或其產品。
七、保育類野生動物或其產製品。
八、存儲期間可能產生公害或環境污染之物品。
九、特定戰略性高科技物品。
十、其他經行政院核定之物品。
立法說明
一、本條明定自由港區除列舉須經核准否則禁止進儲之項目外，其餘物品皆不受其他輸入規定之限制（包含大陸地區物品），得進儲自由港區。
二、自由港區之設置，以推動國際貿易活動之自由為目的，得進儲自由港區之物品，通常應以一般貿易上之交易貨品為原則。違禁品、毒品、槍械等武器品、毒性物品、放射性物品、公害或污染性物品、保育野生動物或其產製品，以及其他應管制之物品，並非一般國際貿易之交易標的，且有危及本國安全、環境及國際形象之虞，爰序文明定非經目的事業主管機關之核准，自由港區不得進儲該等物品。
三、至於動植物或其產品，雖非前項之違禁或管制性物品，且為一般貿易貨品，惟於防疫上，在運抵我國口岸前如未先經檢疫合格，逕予進儲港區，仍有危及本國之安全與環境之疑慮，故於第六款明定進儲自由港區前應經該目的事業主管機關之核准。
四、除列舉物品項目外，如因法令變更或有事實上之必要，經有關機關報請行政院核定之物品，自由港區事業亦應於進儲前申請各該目的事業主管機關之核准，爰作第十款規定。
二、自由港區之設置，以推動國際貿易活動之自由為目的，得進儲自由港區之物品，通常應以一般貿易上之交易貨品為原則。違禁品、毒品、槍械等武器品、毒性物品、放射性物品、公害或污染性物品、保育野生動物或其產製品，以及其他應管制之物品，並非一般國際貿易之交易標的，且有危及本國安全、環境及國際形象之虞，爰序文明定非經目的事業主管機關之核准，自由港區不得進儲該等物品。
三、至於動植物或其產品，雖非前項之違禁或管制性物品，且為一般貿易貨品，惟於防疫上，在運抵我國口岸前如未先經檢疫合格，逕予進儲港區，仍有危及本國之安全與環境之疑慮，故於第六款明定進儲自由港區前應經該目的事業主管機關之核准。
四、除列舉物品項目外，如因法令變更或有事實上之必要，經有關機關報請行政院核定之物品，自由港區事業亦應於進儲前申請各該目的事業主管機關之核准，爰作第十款規定。
第十七條
國外貨物進儲自由港區、自由港區貨物輸往國外或轉運至其他自由港區，自由港區事業均應向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，始得進出自由港區。
自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，並向海關辦理通關事宜。
自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。
前三項之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。
自由港區事業貨物之存儲、重整、加工、製造、通報、通關、自主管理、查核、盤點、申報補繳稅費、貨物流通及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商有關機關定之。
自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，並向海關辦理通關事宜。
自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。
前三項之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。
自由港區事業貨物之存儲、重整、加工、製造、通報、通關、自主管理、查核、盤點、申報補繳稅費、貨物流通及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商有關機關定之。
立法說明
一、本條明定貨物自國外或國內其他自由港區、課稅區、保稅區進儲自由港區，或由自由港區輸往自由港區外，或於自由港區內交易流通，應分別貨物入出地區，依照規定方式向海關通報或辦理通關後為之。
二、自由港區為「境內關外」之區域，貨物由國外或國內其他自由港區進儲自由港區，或自由港區之貨物輸往國外或其他自由港區，僅須依照規定之標準格式或書表向海關通報，經海關電子訊息回復已完成檔案紀錄後，即可將貨物進儲或運出港區，爰作第一項規定。
三、自由港區之貨物與國內課稅區或保稅區間之流通，已跨越關外關內之界限，故應依相關輸出入之規定辦理，並向海關辦理通關，始得進出自由港區，爰作第二項規定。
四、自由港區內事業間之直接交易，並未運出自由港區，無須通報或通關，惟為配合海關及自由港區管理機關定期或不定期實施稽核，應即時保持海關對貨物流通最新狀態之紀錄，爰於第三項規定仍應於發貨前向海關通報。
五、為提供二十四小時便利通關與即時處理之服務，貨物流通之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式辦理，且須遵照規定之資料格式項目填報。
六、自由港區事業對於進儲貨物之存儲或進行各項製程及貨物流通時應遵行程序及事項，如紀錄、管理、加封管制、特殊押運及通關等，授權財政部會商主管機關訂定辦法。
七、本條所稱保稅區，係指科學工業園區、加工出口區、海關管理之保稅工廠、保稅倉庫或物流中心。課稅區係指自由港區及保稅區以外，應課徵內地稅之中華民國領域。
二、自由港區為「境內關外」之區域，貨物由國外或國內其他自由港區進儲自由港區，或自由港區之貨物輸往國外或其他自由港區，僅須依照規定之標準格式或書表向海關通報，經海關電子訊息回復已完成檔案紀錄後，即可將貨物進儲或運出港區，爰作第一項規定。
三、自由港區之貨物與國內課稅區或保稅區間之流通，已跨越關外關內之界限，故應依相關輸出入之規定辦理，並向海關辦理通關，始得進出自由港區，爰作第二項規定。
四、自由港區內事業間之直接交易，並未運出自由港區，無須通報或通關，惟為配合海關及自由港區管理機關定期或不定期實施稽核，應即時保持海關對貨物流通最新狀態之紀錄，爰於第三項規定仍應於發貨前向海關通報。
五、為提供二十四小時便利通關與即時處理之服務，貨物流通之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式辦理，且須遵照規定之資料格式項目填報。
六、自由港區事業對於進儲貨物之存儲或進行各項製程及貨物流通時應遵行程序及事項，如紀錄、管理、加封管制、特殊押運及通關等，授權財政部會商主管機關訂定辦法。
七、本條所稱保稅區，係指科學工業園區、加工出口區、海關管理之保稅工廠、保稅倉庫或物流中心。課稅區係指自由港區及保稅區以外，應課徵內地稅之中華民國領域。
第四章 港區事業自主管理
第十八條
自由港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之貨物自主管理。
自由港區事業關於貨物之進儲、提領、重整、加工、製造或遭竊、災損等，應按其作業性質，辦理有關之登帳、除帳、查核銷毀、補繳稅費除帳、稅費徵免及其他與帳務處理相關之自主管理事宜。
自由港區事業、港區貨棧及港區門哨對自由港區事業之貨物控管，應分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。
自由港區事業關於貨物之進儲、提領、重整、加工、製造或遭竊、災損等，應按其作業性質，辦理有關之登帳、除帳、查核銷毀、補繳稅費除帳、稅費徵免及其他與帳務處理相關之自主管理事宜。
自由港區事業、港區貨棧及港區門哨對自由港區事業之貨物控管，應分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。
立法說明
一、本條明定自由港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之貨物自主管理。
二、為加速貨物進出自由港區之流通，政府減低貨物流通時之行政管制，相對的應責成自由港區事業實施自主管理，達成貨物之進、出口通關、倉庫管理及帳冊簿據詳實完備等要求，以作為行政管制之替代管理機制，避免發生流弊。
二、為加速貨物進出自由港區之流通，政府減低貨物流通時之行政管制，相對的應責成自由港區事業實施自主管理，達成貨物之進、出口通關、倉庫管理及帳冊簿據詳實完備等要求，以作為行政管制之替代管理機制，避免發生流弊。
第十九條
海關得設置聯合查核小組就自由港區事業關於貨物控管、電腦連線通關及帳務處理等自主管理事項進行查核，並得執行實地盤點，自由港區事業不得規避、妨礙或拒絕。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第二十條
自由港區事業每年應委由會計師會同辦理年度存貨盤點，並於盤點後一個月內，將經簽證之盤存清冊及結算報告表送海關備查；必要時，得於期限內申請展延一個月。
自由港區事業依前項規定辦理存貨盤點或自行盤存之貨物，如少於帳面結存數量，應同時向海關申請補繳稅費。
自由港區事業依前項規定辦理存貨盤點或自行盤存之貨物，如少於帳面結存數量，應同時向海關申請補繳稅費。
立法說明
一、本條明定自由港區事業應每年定期實地盤點存貨，且須經會計師之簽證。
二、前條雖規定自由港區管理機關及海關得定期或不定期稽核並執行實地盤點，惟實務上為免影響自由港區事業之正常營運，不易經常例行性及全面性之查核及盤點，故第一項明定自由港區事業應每年定期委由會計師會同實地盤點存貨，以增進盤點之公正客觀。盤點後一個月內應編製清冊及報告表經會計師簽證後送海關備查，如有作業不及情形，可於一個月之期限屆滿前申請展延一個月。
三、海關可依送交備查之清冊資料，勾稽核對電腦檔案之紀錄，進行定期之書面查核工作，如有異常情形，則可進一步實施稽核。
四、自由港區事業盤點存貨如發現有短絀情事，除竊盜原因經提出損失清單及警察機關之證明文件，或因變質、損壞經報請稽徵機關派員勘查監毀外，自由港區事業應於發現短少時向海關申請補繳運入港區時免徵之有關稅費，爰作第二項規定。
二、前條雖規定自由港區管理機關及海關得定期或不定期稽核並執行實地盤點，惟實務上為免影響自由港區事業之正常營運，不易經常例行性及全面性之查核及盤點，故第一項明定自由港區事業應每年定期委由會計師會同實地盤點存貨，以增進盤點之公正客觀。盤點後一個月內應編製清冊及報告表經會計師簽證後送海關備查，如有作業不及情形，可於一個月之期限屆滿前申請展延一個月。
三、海關可依送交備查之清冊資料，勾稽核對電腦檔案之紀錄，進行定期之書面查核工作，如有異常情形，則可進一步實施稽核。
四、自由港區事業盤點存貨如發現有短絀情事，除竊盜原因經提出損失清單及警察機關之證明文件，或因變質、損壞經報請稽徵機關派員勘查監毀外，自由港區事業應於發現短少時向海關申請補繳運入港區時免徵之有關稅費，爰作第二項規定。
第五章 租稅措施
第二十一條
自由港區事業自國外運入自由港區內供營運之貨物，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。
依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。
自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。
依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。
立法說明
一、自由港區為「境內關外」之區域，自由港區事業自國外輸入貨物，得以電腦連線或電子資料傳輸方式向抵達口岸之海關通報，經海關電子訊息回復已完成檔案紀錄後，即得進出自由港區。貨物既尚未進入關內，爰於第一項明定自由港區事業自國外運入自由港區內供營運之貨物，有關之關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費均應予免徵。
二、自國外輸入供自由港區事業使用之機器或設備，尚未進入關內，有關之關稅、貨物稅及營業稅亦應予免徵。惟如於短期（五年內）使用後復輸往課稅區者，仍應以進口貨物之規定，課徵進口時應徵之稅捐，以符公平。至使用超過五年之機器設備，已提列相當之折舊，為簡化稽徵查定作業，爰於第二項明定該機器設備輸往課稅區時，免予課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
三、自國外輸入自用機器設備以外供營運之貨物，包括自由港區事業使用之原料、物料、燃料、半製品，以及貿易轉口、加工後再出口及倉儲業、物流中心轉運之貨物，通常並非銷售至國內其他課稅區之目的，且既未進入關內領域，免予徵收通關時原應課徵之有關稅費，可簡化貨物運入港區之程序，並增進作業時效，爰於第三項明定其免徵、擔保、記帳及押稅手續無須辦理。
二、自國外輸入供自由港區事業使用之機器或設備，尚未進入關內，有關之關稅、貨物稅及營業稅亦應予免徵。惟如於短期（五年內）使用後復輸往課稅區者，仍應以進口貨物之規定，課徵進口時應徵之稅捐，以符公平。至使用超過五年之機器設備，已提列相當之折舊，為簡化稽徵查定作業，爰於第二項明定該機器設備輸往課稅區時，免予課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
三、自國外輸入自用機器設備以外供營運之貨物，包括自由港區事業使用之原料、物料、燃料、半製品，以及貿易轉口、加工後再出口及倉儲業、物流中心轉運之貨物，通常並非銷售至國內其他課稅區之目的，且既未進入關內領域，免予徵收通關時原應課徵之有關稅費，可簡化貨物運入港區之程序，並增進作業時效，爰於第三項明定其免徵、擔保、記帳及押稅手續無須辦理。
第二十二條
自由港區事業之貨物輸往課稅區時，應依進口貨物或相關規定，課徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。但在自由港區經加工、產製之產品，按運出港區時之形態，扣除自由港區內附加價值後課徵關稅。
自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。
自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。
立法說明
一、自由港區內之貨物，如係自國外輸入，依前條之規定免徵進口時應課徵之各項稅費；自國內運往自由港區之貨物，依第二十三條規定，則營業稅比照外銷貨物適用零稅率，故自由港區內之貨物如輸往課稅區，即應視同進口貨物，課徵進口貨物相關稅費，爰作第一項規定。
二、港區事業如銷售勞務至課稅區時，與加值型及非加值型營業稅法第三十六條所規定進口勞務之情形相同爰於第二項規定，應依加值型及非加值型營業稅法之規定課徵營業稅。
二、港區事業如銷售勞務至課稅區時，與加值型及非加值型營業稅法第三十六條所規定進口勞務之情形相同爰於第二項規定，應依加值型及非加值型營業稅法之規定課徵營業稅。
第二十三條
自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區，經向海關申請核准者，得免提供稅款擔保。但應於核准後六個月內復運回自由港區並辦理結案手續；屆期未運回自由港區者，應向海關申報補繳稅費。
前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。
第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；展延以六個月為限。
前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。
第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；展延以六個月為限。
立法說明
一、自由港區內之貨物及設備輸往課稅區，依第十九條之規定，應課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。惟其輸往課稅區如係因修理、委託加工等非銷售之目的，且於一定期限內完成修理、加工等目的後將再復運回至自由港區，將造成課徵稅捐再辦理退稅之困擾。為便利自由港區制度之運作，爰參照關稅法第四十七條及加工出口區設置管理條例第十六條之規定，於第一項明定免徵稅捐並免提供擔保，屆期未運回者，則應申報補稅。
二、至於因第一項非銷售目的而輸往課稅區之貨物，如情形特殊，得經海關核准逕行出口，不須運回自由港區，並得辦理結案手續，爰於第二項予以明定。
三、運往課稅區之貨物無法如期完成目的復運回自由港區時，如有正當理由或事實上之需要，應准許其延長復運至港區之期限，爰作第三項規定。
二、至於因第一項非銷售目的而輸往課稅區之貨物，如情形特殊，得經海關核准逕行出口，不須運回自由港區，並得辦理結案手續，爰於第二項予以明定。
三、運往課稅區之貨物無法如期完成目的復運回自由港區時，如有正當理由或事實上之需要，應准許其延長復運至港區之期限，爰作第三項規定。
第二十四條
自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以非屬管制或限制貨品為限。
前項受託課稅區廠商加工所添加之原料，不得申請退稅。
前項受託課稅區廠商加工所添加之原料，不得申請退稅。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第二十五條
自由港區事業之貨物輸往保稅區，應依保稅貨物之相關規定，免徵相關稅費。
立法說明
一、本條明定自由港區事業之貨物輸往保稅區之相關稅費徵免。
二、自由港區貨物輸往保稅區，如屬保稅倉庫及物流中心貨物，仍應依原有相關法規免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
三、自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往保稅區者，亦應依保稅貨物之相關規定，免徵相關稅費。
二、自由港區貨物輸往保稅區，如屬保稅倉庫及物流中心貨物，仍應依原有相關法規免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
三、自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往保稅區者，亦應依保稅貨物之相關規定，免徵相關稅費。
第二十六條
課稅區或保稅區之營業人銷售至自由港區事業供營運之貨物，其營業稅稅率為零。
自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。
自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。
立法說明
一、本條明定課稅區或保稅區銷售貨物至自由港區供營運用途，及自由港區內之交易或非運至課稅區之銷售，皆參照加值型及非加值型營業稅法第七條第四款，其營業稅稅率為零。
二、保稅區之事業，係指科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、海關管理之保稅工廠、保稅倉庫貨物流中心。課稅區，係指上開保稅區以外應課徵內地稅之關內領域。
二、保稅區之事業，係指科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、海關管理之保稅工廠、保稅倉庫貨物流中心。課稅區，係指上開保稅區以外應課徵內地稅之關內領域。
第二十七條
自由港區事業運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者，應於事前向海關或相關機關申報補繳關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
立法說明
一、依第十八條第一項規定，自國外運入自由港區供營運之貨物，免徵進口有關稅費，貨物如變更非營運目的使用，即應補繳原免徵之有關稅費。
二、申報補繳稅捐應於變更為非營運目的使用前辦理，以防杜取巧情事。
二、申報補繳稅捐應於變更為非營運目的使用前辦理，以防杜取巧情事。
第二十八條
自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
立法說明
一、本條明定自由港區事業結束港區內之營業時，有關設備及餘存貨物短少時之稅費處理。
二、自由港區事業使用之機器、設備及存貨，進口時未課徵相關稅費，其解散或廢止營業時應視處分方式徵免稅費，如經盤點結算有短少情事，無論原因為何，皆應補徵有關之稅費，以防止短漏行為。
二、自由港區事業使用之機器、設備及存貨，進口時未課徵相關稅費，其解散或廢止營業時應視處分方式徵免稅費，如經盤點結算有短少情事，無論原因為何，皆應補徵有關之稅費，以防止短漏行為。
第二十九條
銀行得依國際金融業務條例之規定，由其總行申請目的事業主管機關之特許，在自由貿易港區內，設立會計獨立之國際金融業務分行，經營國際金融業務。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第三十條
金融機構得依銀行法、證券交易法第四十四條、管理外匯條例及中央銀行法之規定，向目的事業主管機關申請，於自由貿易港區內設立分支機構，並經中央銀行核准指定辦理外匯業務。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第三十一條
國際金融業務分行得辦理自由貿易港區事業之外幣信用狀、通知、押匯、進出口託收、外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第六章 入出境及入出區許可
第三十二條
外籍商務人士得經自由港區事業代向自由港區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。
大陸地區或香港、澳門商務人士得依兩岸關係相關法規辦理申請進入自由港區從事商務活動，其辦法另定之。
大陸地區或香港、澳門商務人士得依兩岸關係相關法規辦理申請進入自由港區從事商務活動，其辦法另定之。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第三十三條
自由港區內，除管理人員、警衛人員、自由港區內之事業值勤員工、進入自由港區之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得在區內居住。
自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證，憑以入出自由港區。
進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。
前三項所定人員、車輛與物品之入出及居住規定之管理辦法，由自由港區管理機關定之。
自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證，憑以入出自由港區。
進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。
前三項所定人員、車輛與物品之入出及居住規定之管理辦法，由自由港區管理機關定之。
立法說明
一、本條明定進入自由貿易港區人員之管制。
二、為有效管理控制自由港區人員之進出，進出自由港區之人員、車輛應循指定地點進出，接受檢查；除自由港區內必要人員、依本條例進入之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得於港區內居住；港區事業員工及進出港區之其他人員，應向管理局申請核發許可證，憑以進出。
二、為有效管理控制自由港區人員之進出，進出自由港區之人員、車輛應循指定地點進出，接受檢查；除自由港區內必要人員、依本條例進入之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得於港區內居住；港區事業員工及進出港區之其他人員，應向管理局申請核發許可證，憑以進出。
第七章 罰則
第三十四條
自由港區事業違反第十六條規定者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。
未依前項所定期限退運出區者，得按次連續處罰；連續處罰三次仍未退運出區者，得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。
未依前項所定期限退運出區者，得按次連續處罰；連續處罰三次仍未退運出區者，得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第三十五條
自由港區事業依第十七條第一項或第三項規定向海關通報，有虛報或不實情事者，按次處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。
自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例論處。
自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例論處。
立法說明
一、本條明定自由港區事業向海關通關申報不實行為及違反第五項所定管理辦法之處罰。
二、國外之貨物進儲自由港區，第十七條第一項規定應向海關通報，經通過風險控管機制記錄海關電腦回復有案者，原則上無須經查驗程序，即可運入自由港區；同條第三項則規定港區內之交易，僅須於發貨前向海關通報即可逕行交易，為免引發不實之虛報行為以逃避管制，且為落實自主管理及相關稽核制度，對虛報或不實之行為應予處罰。情節重大者，乃係利用自由港區之高度自由遂行不法之目的，第一項爰規定海關得停止其六個月以下進儲貨物之處分，或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
三、第十七條第二項規定自由港區與課稅區、保稅區間之貨物流通，應依貨品輸出入規定辦理通關程序，如有虛報或不實之情事者，已構成海關緝私條例所定私運貨物之相關違章行為，第二項爰規定由海關依海關緝私條例論處。
二、國外之貨物進儲自由港區，第十七條第一項規定應向海關通報，經通過風險控管機制記錄海關電腦回復有案者，原則上無須經查驗程序，即可運入自由港區；同條第三項則規定港區內之交易，僅須於發貨前向海關通報即可逕行交易，為免引發不實之虛報行為以逃避管制，且為落實自主管理及相關稽核制度，對虛報或不實之行為應予處罰。情節重大者，乃係利用自由港區之高度自由遂行不法之目的，第一項爰規定海關得停止其六個月以下進儲貨物之處分，或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
三、第十七條第二項規定自由港區與課稅區、保稅區間之貨物流通，應依貨品輸出入規定辦理通關程序，如有虛報或不實之情事者，已構成海關緝私條例所定私運貨物之相關違章行為，第二項爰規定由海關依海關緝私條例論處。
第三十六條
自由港區事業違反第十八條第二項或第三項規定，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未改正者，得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。
立法說明
一、本條明定違反自主管理之處罰。
二、自主管理為自由港區內採行低度行政管制之前提，違反自主管理之規定者，過失輕重或故意之情節差異甚鉅，故處罰之方法自警告、限期改正、連續罰鍰、停止一定期間之進儲貨物乃至廢止營運許可，由海關視實際情形裁量判斷決定之。
二、自主管理為自由港區內採行低度行政管制之前提，違反自主管理之規定者，過失輕重或故意之情節差異甚鉅，故處罰之方法自警告、限期改正、連續罰鍰、停止一定期間之進儲貨物乃至廢止營運許可，由海關視實際情形裁量判斷決定之。
第三十七條
自由港區事業違反第十九條規定者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未改正者，廢止其營運許可。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第三十八條
自由港區事業違反第二十條規定之定期盤點、簽證或補稅者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，得停止其六個月以內之進儲貨物或廢止其營運許可。
立法說明
一、海關及自由港區管理機關為貫徹自主管理取代行政管制之政策，第二十條責成自由港區事業每年應會同會計師年度盤點一次，以會計師之社會功能取代行政權，故定期盤點影響第十六條所定稽核制度之成效。
二、自由港區事業未依規定辦理年度盤點，或未經會計師監盤及簽證，或經盤點發現存貨短少而未自行申請補稅者，應處以罰鍰並限期改正，因盤存時間影響期後盤點之難易，如屆期未為改正補辦者，無須連續處罰即得停止進儲或廢止營運許可。
二、自由港區事業未依規定辦理年度盤點，或未經會計師監盤及簽證，或經盤點發現存貨短少而未自行申請補稅者，應處以罰鍰並限期改正，因盤存時間影響期後盤點之難易，如屆期未為改正補辦者，無須連續處罰即得停止進儲或廢止營運許可。
第三十九條
自由港區事業對第三十二條代為申請入境之商務人士應保證其入區期間，從事與許可目的相符之行為。經其保證之商務人士於入區期間未從事許可目的之行為者，得處自由港區事業新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，且一年內不受理該商務人士經由自由港區事業代向自由港區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。
立法說明
照黨團協商條文通過。
第四十條
進出自由港區之人員違反第三十三條第一項至第三項規定之一者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰。
立法說明
一、人員、車輛及物品入出自由港區，第三十三條定有管制之規定，如不遵守自應有處罰之措施。
二、未依入出之許可規定，或未接受檢查逕行入出，或違反不得在自由港區內居住之規定，通常為獨立事件，爰規定處以一定金額之行為罰。惟如另涉不法之情事，例如強行通過門哨，經查獲私運貨物等，則另依其他有關規定論處。
二、未依入出之許可規定，或未接受檢查逕行入出，或違反不得在自由港區內居住之規定，通常為獨立事件，爰規定處以一定金額之行為罰。惟如另涉不法之情事，例如強行通過門哨，經查獲私運貨物等，則另依其他有關規定論處。
第四十一條
自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，海關應依海關緝私條例規定處罰。
自由港區事業存儲之貨物，未依第二十七條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下之進儲貨物或廢止其營運許可。
自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。
自由港區事業存儲之貨物，未依第二十七條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下之進儲貨物或廢止其營運許可。
自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。
立法說明
一、自由港區事業未依規定程序通報或申請核准擅將貨物運出自由港區，為私運貨物之行為，應依海關緝私條例辦理，本條例不另定處罰規定，爰於第一項予以渡定，俾資明確。
二、自由港區事業如未依第二十七條規定主動申報補繳稅費，或經查核有貨物無故短少者，除應補徵有關之稅捐外，須再予處罰，以提高自由港區事業之注意，爰於第二預予以明定。
三、依相關法令如尚涉及違章漏稅行為者，自仍應依有關法律漏稅罰之規定處罰，爰於第三項予以明定。
二、自由港區事業如未依第二十七條規定主動申報補繳稅費，或經查核有貨物無故短少者，除應補徵有關之稅捐外，須再予處罰，以提高自由港區事業之注意，爰於第二預予以明定。
三、依相關法令如尚涉及違章漏稅行為者，自仍應依有關法律漏稅罰之規定處罰，爰於第三項予以明定。
第八章 附則
第四十二條
自由港區管理機關為維護自由港區與周邊之環境及公共設施之安全，及辦理第十條第一項規定之掌理事項，得向自由港區事業及自由港區事業以外之事業收取管理費、規費或服務費。
前項收費標準，由自由港區管理機關定之。
海關對於進出自由港區之運輸工具與貨物，應依關稅法第九十四條規定徵收規費。
前項收費標準，由自由港區管理機關定之。
海關對於進出自由港區之運輸工具與貨物，應依關稅法第九十四條規定徵收規費。
立法說明
一、本條明定自由港區管理機關向區內事業收取管理費、規費或服務費之法律依據及收費標準訂定之程序。
二、基於「使用者付費」原則，並為自由港區長遠發展計，對於自由港區內之事業使用自由港區管理機關之服務及設施，得收取適當之管理費。
三、自由港區管理機關辦理第十條第一項規定之掌理事項，對自由港區內之事業得收取適當之規費或服務費；至於其他主管機關業務依相關規定應收取之規費，仍由各該主管機關收取之，爰作第一項規定。
四、第二項規定自由港區管理機關擬收取管理費、規費及服務費之收費項目及標準，應由自由港區管理機關擬訂標準，報經主管機關核定。
五、第三項規定海關對進出自由港區運輸工具與貨物所為之特別服務及各項證明之核發，應依關稅法第九十四條之規定徵收規費。
二、基於「使用者付費」原則，並為自由港區長遠發展計，對於自由港區內之事業使用自由港區管理機關之服務及設施，得收取適當之管理費。
三、自由港區管理機關辦理第十條第一項規定之掌理事項，對自由港區內之事業得收取適當之規費或服務費；至於其他主管機關業務依相關規定應收取之規費，仍由各該主管機關收取之，爰作第一項規定。
四、第二項規定自由港區管理機關擬收取管理費、規費及服務費之收費項目及標準，應由自由港區管理機關擬訂標準，報經主管機關核定。
五、第三項規定海關對進出自由港區運輸工具與貨物所為之特別服務及各項證明之核發，應依關稅法第九十四條之規定徵收規費。
第四十三條
本條例自公布日施行。
立法說明
明定本條例之施行日期。
