自由港區事業違反第十六條規定者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。
未依前項所定期限退運出區者，得按次連續處罰；連續處罰三次仍未退運出區者，得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。