前二條之土地，坐落於依加工出口區設置管理條例、科學工業園區設置管理條例、促進產業升級條例、獎勵民間參與交通建設條例、促進民間參與公共建設法劃設編定為工業區或特定專用區者，應由該編定之中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，送請行政院核定設置為自由港區。
前條之土地，坐落於依都市計畫法或非都市土地使用管制規則劃設為特定專用區者，應向國際航空站、國際港口管理機關之中央目的事業主管機關提出；經中央目的事業主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見初步審核同意，選定自由港區之管理機關並加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。