自由港區事業依第十七條第一項或第三項規定向海關通報，有虛報或不實情事者，按次處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。
自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例論處。