申請經營自由港區事業，應提具營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書，連同相關文件，向自由港區管理機關申請入區營運許可。
前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、撤銷、廢止營運作業及其他應遵行事項之辦法，由原選定自由港區管理機關之中央目的事業主管機關定之。