為統籌自由港區之營運管理，並提供自由港區內所需之各項服務，第六條及第八條之中央目的事業主管機關應選定適當之機關，報請行政院核定為自由港區管理機關。
前項中央目的事業主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關之同意。