自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，海關應依海關緝私條例規定處罰。
自由港區事業存儲之貨物，未依第二十七條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下之進儲貨物或廢止其營運許可。
自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。