自由港區事業違反第十八條第二項或第三項規定，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未改正者，得停止其六個月以下進儲貨物或廢止其營運許可。