選擇章節
第一章 總則
第一條
為發展全球運籌管理經營模式，積極推動貿易自由化及國際化，便捷人員、貨物、金融及技術之流通，提升國家競爭力並促進經濟發展，特制定本條例。
立法說明
本條未修正。
第二條
自由貿易港區（以下簡稱自由港區）之設置及管理，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律之規定，較本條例更有利者，適用最有利之法律。
前項但書規定，於第七章罰則不適用之。
前項但書規定，於第七章罰則不適用之。
立法說明
本條例旨在推動貿易自由化及國際化，便捷人員、貨物、金融及技術之流通，促進自由港區長期發展，是現行條文但書所稱其他法律，係指其他法律涉及有關提供自由港區事業進駐之利基與租稅誘因，活絡自由貿易港區之貨物流通之相關規定，與第七章所定罰則無涉，爰新增第二項規定排除處罰規定之適用，以資明確。
第三條
本條例用詞定義如下：
一、自由港區：指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內；或毗鄰地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置管制區域進行國內外商務活動之區域。
二、自由港區事業：指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽或技術服務之事業。
三、自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。
四、商務人士：指為接洽商業或處理事務需進入自由港區內之人士。
五、毗鄰：指下列情形之一者：
(一)與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上。
(二)土地與國際航空站、國際港口管制區域間有道路、水路分隔，仍可形成管制區域。
(三)土地與國際航空站、國際港口管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬道路。
六、國際港口：指國際商港或經核定准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之工業專用港。
一、自由港區：指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內；或毗鄰地區劃設管制範圍；或與國際航空站、國際港口管制區域間，能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置管制區域進行國內外商務活動之區域。
二、自由港區事業：指經核准在自由港區內從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽或技術服務之事業。
三、自由港區事業以外之事業：指金融、裝卸、餐飲、旅館、商業會議、交通轉運及其他前款以外經核准在自由港區營運之事業。
四、商務人士：指為接洽商業或處理事務需進入自由港區內之人士。
五、毗鄰：指下列情形之一者：
(一)與國際航空站、國際港口管制區域土地相連接寬度達三十公尺以上。
(二)土地與國際航空站、國際港口管制區域間有道路、水路分隔，仍可形成管制區域。
(三)土地與國際航空站、國際港口管制區域間得闢設長度一公里以內之專屬道路。
六、國際港口：指國際商港或經核定准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之工業專用港。
立法說明
一、能運用科技設施進行周延之貨況追蹤系統，並經行政院核定設置之管制區域，應不僅侷限於工業區、加工出口區及科學工業園區等，且原條文第一款亦已明定含括「其他區域」，爰酌作文字修正，將末句各區規定刪除。
二、基於自由港區事業營業項目可能為「檢驗」、「測試」，爰於第二款增列「檢驗」及「測試」，另將原列營業項目「修配」，修正為「修理」及「裝配」，俾臻明確。
三、第五款各目酌作文字修正。
二、基於自由港區事業營業項目可能為「檢驗」、「測試」，爰於第二款增列「檢驗」及「測試」，另將原列營業項目「修配」，修正為「修理」及「裝配」，俾臻明確。
三、第五款各目酌作文字修正。
第四條
本條例之主管機關為交通部。
立法說明
為自由港區長期發展，宜將政策推動、業務協調與實際管理之機關合一，爰明定交通部為本條例之主管機關；另為提升行政效能，爭取自由港區發展商機，並刪除自由港區協調委員會之設置及其運作規範。
第五條
為統籌自由港區之營運管理，並提供自由港區內所需之各項服務，主管機關應選定適當之機關，報請行政院核定為自由港區管理機關。
前項主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關及其上級機關之同意。
前項主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關及其上級機關之同意。
立法說明
配合修正條文第四條已定明本條例之主管機關為交通部，爰將第一項及第二項之「中央目的事業主管機關」均修正為「主管機關」，以強化主管機關之權責；以下各條有相同之修正者，其理由亦同。
第二章 港區之劃設及管理
第六條
國際航空站、國際港口之管理機關（構），得就其管制區域內土地，擬具自由港區開發之可行性規劃報告及營運計畫書，向主管機關提出申請；經主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。
立法說明
配合國營國際機場園區股份有限公司之設置，該公司負責國際航空站之管理，爰修正本條之申請主體為「管理機關（構）」。
第七條
國際航空站、國際港口管制區域內、外之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人，得擬具開發可行性規劃報告及營運計畫書，送請國際航空站、國際港口之自由港區管理機關初步審核同意，並由主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。
前項土地如需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，應於提出申請核定自由港區前，先行申請劃設編定。
第一項之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人依前項程序提出申請時，各該管理機關應於初步審核時舉行公聽會，聽取民眾之意見，申請案件如不合於申請劃設自由港區之資格、條件或確有管理上之困難者，各該管理機關初步審核，應不予同意。
第一項之使用人，就使用土地申請劃設為自由港區，應取得土地所有權人之書面同意。
前項土地如需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，應於提出申請核定自由港區前，先行申請劃設編定。
第一項之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人依前項程序提出申請時，各該管理機關應於初步審核時舉行公聽會，聽取民眾之意見，申請案件如不合於申請劃設自由港區之資格、條件或確有管理上之困難者，各該管理機關初步審核，應不予同意。
第一項之使用人，就使用土地申請劃設為自由港區，應取得土地所有權人之書面同意。
立法說明
一、申請設置自由港區之初步審核涉及公權力之行使，我國國際港口政企分離改制後，現行商港法中已無管理機關之名稱，爰將第一項之初步審核機關由國際航空站、國際港口之管理機關修正為各該航空站、港口之自由港區管理機關。
二、第二項至第四項未修正。
二、第二項至第四項未修正。
第八條
依前二條規定，申請設置自由港區之資格、條件、申請程序、應檢附之文件資料及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第十三條移列。
二、配合原條文第八條之刪除，酌作文字修正，並配合修正條文第四條已明定本條例之主管機關，爰修正本條所定辦法之訂定機關。
二、配合原條文第八條之刪除，酌作文字修正，並配合修正條文第四條已明定本條例之主管機關，爰修正本條所定辦法之訂定機關。
第九條
自由港區管理機關掌理港區內下列事項：
一、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
二、自由港區事業與自由港區事業以外之事業入區申請之核准及廢止營運相關事項。
三、人員與貨物進出自由港區之核准及門哨管制檢查。
四、外籍商務人士入境許可申請之核轉。
五、自由港區事業外籍人士延長居留申請之核轉。
六、預防走私措施。
七、業務及財務狀況之查核。
八、自由港區事業、自由港區事業以外之事業之營運輔導。
九、環境保護工作之推動督導。
十、資訊化發展之督導。
十一、依法令或上級機關交付辦理之事項。
十二、其他有關行政管理事項。
自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：
一、勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查。
二、工商登記證照之核發。
三、工業用電證明之核發。
四、外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之核發。
五、申請稅捐減免所需相關證明之核發。
六、貨品輸出入簽證、原產地證明書及再出口證明之核發。
七、土地使用管制及建築管理。
一、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
二、自由港區事業與自由港區事業以外之事業入區申請之核准及廢止營運相關事項。
三、人員與貨物進出自由港區之核准及門哨管制檢查。
四、外籍商務人士入境許可申請之核轉。
五、自由港區事業外籍人士延長居留申請之核轉。
六、預防走私措施。
七、業務及財務狀況之查核。
八、自由港區事業、自由港區事業以外之事業之營運輔導。
九、環境保護工作之推動督導。
十、資訊化發展之督導。
十一、依法令或上級機關交付辦理之事項。
十二、其他有關行政管理事項。
自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：
一、勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查。
二、工商登記證照之核發。
三、工業用電證明之核發。
四、外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之核發。
五、申請稅捐減免所需相關證明之核發。
六、貨品輸出入簽證、原產地證明書及再出口證明之核發。
七、土地使用管制及建築管理。
立法說明
一、因應國際商港及桃園國際機場政企分離之改制，配合自由港區管理機關與營運機構之分工，修正第一項將自由港區管理機關掌理事項僅就涉及公權力部分予以規範；修正理由如下：
（一）第二款因自由港區管理機關核准事業申請入區之程序已包括審查過程，爰將審查二字刪除。
（二）第四款及第五款因政企分離改制後，自由港區管理機關專責辦理公權力事項，營運機構專營自由港區經營業務，爰予以刪除。第六款至第九款未修正，移列為第四款至第七款。
（三）原條文第十款至第十二款，因未來自由港區管理機關專責辦理公權力事項及管理業務，爰修正相關文字後移列為第八款至第十款。原條文第十三款及第十四款未修正，移列為第十一款及第十二款。
（四）有關原條文原訂涉及自由港區營運之事項，已於「國際機場園區發展條例」第十二條機場公司辦理事項及「國營港務股份有限公司設置條例」第二條港務公司業務範圍中規定。
二、第二項未修正。
（一）第二款因自由港區管理機關核准事業申請入區之程序已包括審查過程，爰將審查二字刪除。
（二）第四款及第五款因政企分離改制後，自由港區管理機關專責辦理公權力事項，營運機構專營自由港區經營業務，爰予以刪除。第六款至第九款未修正，移列為第四款至第七款。
（三）原條文第十款至第十二款，因未來自由港區管理機關專責辦理公權力事項及管理業務，爰修正相關文字後移列為第八款至第十款。原條文第十三款及第十四款未修正，移列為第十一款及第十二款。
（四）有關原條文原訂涉及自由港區營運之事項，已於「國際機場園區發展條例」第十二條機場公司辦理事項及「國營港務股份有限公司設置條例」第二條港務公司業務範圍中規定。
二、第二項未修正。
第十條
自由港區事業僱用本國勞工人數，不得低於僱用員工總人數百分之六十。
立法說明
條次變更，本條為原條文第十一條移列，並酌作標點符號修正。
第十一條
自由港區事業僱用外國勞工之工資，應依勞動基準法基本工資限制之規定辦理。
自由港區事業僱用勞工總人數中，應僱用百分之三具有原住民身分者。
未依前項規定足額僱用者，應依差額人數乘以每月基本工資，定期向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納就業代金。
超出第二項僱用規定比率者，應予獎勵；其獎勵辦法，由中央原住民族主管機關定之。
自由港區事業僱用勞工總人數中，應僱用百分之三具有原住民身分者。
未依前項規定足額僱用者，應依差額人數乘以每月基本工資，定期向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納就業代金。
超出第二項僱用規定比率者，應予獎勵；其獎勵辦法，由中央原住民族主管機關定之。
立法說明
一、為配合自由港區招商所需，調降原條文第二項自由港區事業應僱用原住民勞工比率至百分之三；另第一項及第二項均酌作標點符號修正。
二、原條文第三項參酌原住民族工作權保障法第二十三條及第二十四條規定，將「差額補助費」修正為「就業代金」，並明定就業代金應向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納。
三、為鼓勵自由港區事業僱用原住民勞工，爰增訂第四項，期能透過獎勵作法，達到促進自由港區事業僱用原住民比率之效果；並授權由中央原住民族主管機關訂定獎勵之辦法。
二、原條文第三項參酌原住民族工作權保障法第二十三條及第二十四條規定，將「差額補助費」修正為「就業代金」，並明定就業代金應向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納。
三、為鼓勵自由港區事業僱用原住民勞工，爰增訂第四項，期能透過獎勵作法，達到促進自由港區事業僱用原住民比率之效果；並授權由中央原住民族主管機關訂定獎勵之辦法。
第十二條
自由港區內下列事項，由各該目的事業主管機關設立分支單位或指派專人，配合自由港區管理機關之運作辦理：
一、稅捐稽徵。
二、海關業務。
三、檢疫及檢驗業務。
四、警察業務。
五、金融業務。
六、電力、給水及其他有關公用事業之業務。
七、郵電業務。
八、其他公務機關業務 。
一、稅捐稽徵。
二、海關業務。
三、檢疫及檢驗業務。
四、警察業務。
五、金融業務。
六、電力、給水及其他有關公用事業之業務。
七、郵電業務。
八、其他公務機關業務 。
立法說明
條次變更，本條為原條文第十三條移列，內容未修正。
第十三條
申請經營自由港區事業，應提具營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書，連同相關文件，向自由港區管理機關申請入區籌設及營運許可。
前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、營運組織型態、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、營運組織型態、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第十四條移列。
二、第二項修正理由如下：
（一）綜合考量本條例之法制規範、自由港區業者申請入區籌設與實際從事營運之組織型態，自由港區事業可區分為申請加入自由港區事業之「申請籌設主體」及實際進駐自由港區從事相關業務之「營運主體」兩種型態。
（二）為使自由港區業者申請入區籌設與實際從事「營運組織型態」有所規範，爰增訂有關「營運組織型態」規定，以符企業多元之營運型態，並鼓勵廠商進駐自由港區營運。
二、第二項修正理由如下：
（一）綜合考量本條例之法制規範、自由港區業者申請入區籌設與實際從事營運之組織型態，自由港區事業可區分為申請加入自由港區事業之「申請籌設主體」及實際進駐自由港區從事相關業務之「營運主體」兩種型態。
（二）為使自由港區業者申請入區籌設與實際從事「營運組織型態」有所規範，爰增訂有關「營運組織型態」規定，以符企業多元之營運型態，並鼓勵廠商進駐自由港區營運。
第十四條
外國人得向自由港區管理機關申請設立以境外投資為專業之控股公司，不適用外國人投資條例之規定。
國際金融業務分行得辦理前項控股公司之外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
國際金融業務分行得辦理前項控股公司之外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
立法說明
條次變更，本條為原條文第十五條移列，內容未修正。
第三章 貨物自由流通
第十五條
自由港區事業得進儲之物（貨）品，除下列物（貨）品須於進儲前經各該目的事業主管機關核准或檢附其規定之相關文件外，不受其他法律或其法規命令有關輸入規定之限制：
一、違禁品。
二、毒品、槍砲、彈藥、刀械。
三、毒性化學物質。
四、事業廢棄物。
五、放射性物品。
六、未經檢疫合格之動植物或其產品。
七、保育類野生動物或其產製品。
八、存儲期間可能產生公害或環境污染之貨品。
九、輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品。
十、其他經目的事業主管機關公告之物（貨）品。
各目的事業主管機關於公告前項第十款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關。
一、違禁品。
二、毒品、槍砲、彈藥、刀械。
三、毒性化學物質。
四、事業廢棄物。
五、放射性物品。
六、未經檢疫合格之動植物或其產品。
七、保育類野生動物或其產製品。
八、存儲期間可能產生公害或環境污染之貨品。
九、輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品。
十、其他經目的事業主管機關公告之物（貨）品。
各目的事業主管機關於公告前項第十款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第十六條移列。
二、按實務上有部分物品依其進口規定，不須檢附我國目的事業主管機關之核准文件，僅須檢附國外准許出口證後，海關即可放行，爰於原條文序言增列「或檢附其規定之相關文件」，以符實際需求，原條文列為第一項。
三、配合槍砲彈藥刀械管制條例所列管之物品名稱，修正第一項第二款。
四、配合毒性化學物質管理法之用語，修正第一項第三款。
五、行政院環境保護署對事業廢棄物之邊境管制，不限於有害事業廢棄物，爰將一般事業廢棄物一併納入管理範圍，修正第一項第四款。
六、參考貿易法第十三條第二項規定，僅輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品，非經許可不得經由我國通商口岸過境、轉運或進儲保稅倉庫。自由港區事業進儲之特定戰略性高科技貨品，亦應以「輸往管制地區」為限，爰修正第一項第九款。
七、管制物品之認定屬各目的事業主管機關權責，爰修正第一項第十款。
八、增訂第二項規定，明定各目的事業主管機關於公告第一項第十款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關，以利管制作業之遂行。
二、按實務上有部分物品依其進口規定，不須檢附我國目的事業主管機關之核准文件，僅須檢附國外准許出口證後，海關即可放行，爰於原條文序言增列「或檢附其規定之相關文件」，以符實際需求，原條文列為第一項。
三、配合槍砲彈藥刀械管制條例所列管之物品名稱，修正第一項第二款。
四、配合毒性化學物質管理法之用語，修正第一項第三款。
五、行政院環境保護署對事業廢棄物之邊境管制，不限於有害事業廢棄物，爰將一般事業廢棄物一併納入管理範圍，修正第一項第四款。
六、參考貿易法第十三條第二項規定，僅輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品，非經許可不得經由我國通商口岸過境、轉運或進儲保稅倉庫。自由港區事業進儲之特定戰略性高科技貨品，亦應以「輸往管制地區」為限，爰修正第一項第九款。
七、管制物品之認定屬各目的事業主管機關權責，爰修正第一項第十款。
八、增訂第二項規定，明定各目的事業主管機關於公告第一項第十款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關，以利管制作業之遂行。
第十六條
自由港區事業輸往國外之物（貨）品，除下列物（貨）品於輸往國外前須經各該目的事業主管機關核准外，不受其他法律或其法規命令有關輸出規定之限制：
一、事業廢棄物。
二、戰略性高科技貨品。
三、鑽石原石。
四、管制藥品。
五、華盛頓公約附錄物種或其製品。
六、國際漁業組織管理之特定魚種。
七、已錄製之雷射影碟、影音光碟、數位影音光碟或其他視聽著作。
八、毒性化學物質。
九、半導體晶圓製造設備。
十、保育類野生動物或其產製品。
十一、氟及氯全鹵化之其他衍生物。
十二、其他經目的事業主管機關公告之物（貨）品。
各目的事業主管機關於公告前項第十二款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關。
一、事業廢棄物。
二、戰略性高科技貨品。
三、鑽石原石。
四、管制藥品。
五、華盛頓公約附錄物種或其製品。
六、國際漁業組織管理之特定魚種。
七、已錄製之雷射影碟、影音光碟、數位影音光碟或其他視聽著作。
八、毒性化學物質。
九、半導體晶圓製造設備。
十、保育類野生動物或其產製品。
十一、氟及氯全鹵化之其他衍生物。
十二、其他經目的事業主管機關公告之物（貨）品。
各目的事業主管機關於公告前項第十二款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關。
立法說明
一、本條新增。
二、基於自由港區貨暢其流之精神，爰於第一項規定自由港區事業運往國外之貨物，原則不受其他法律或其法規命令有關輸出規定之限制。至對於部分涉及國際規範或承諾之物（貨）品，則予列舉，並例外規定需先經目的事業主管機關核准。
三、第二項規定各目的事業主管機關於公告第一項第十二款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關，以利管制作業之遂行。
二、基於自由港區貨暢其流之精神，爰於第一項規定自由港區事業運往國外之貨物，原則不受其他法律或其法規命令有關輸出規定之限制。至對於部分涉及國際規範或承諾之物（貨）品，則予列舉，並例外規定需先經目的事業主管機關核准。
三、第二項規定各目的事業主管機關於公告第一項第十二款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關，以利管制作業之遂行。
第十七條
國外貨物進儲自由港區、自由港區貨物輸往國外或轉運至其他自由港區，自由港區事業均應向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，始得進出自由港區。
自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，並向海關辦理通關事宜。
自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。
前三項之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。
自由港區事業貨物之通報或通關，得經海關核准辦理按月彙報作業。
自由港區事業貨物之存儲、重整、加工、製造、展覽、通報、通關、按月彙報、自主管理、查核、盤點、申報補繳稅費、貨物流通及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商有關機關定之。
自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，並向海關辦理通關事宜。
自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。
前三項之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。
自由港區事業貨物之通報或通關，得經海關核准辦理按月彙報作業。
自由港區事業貨物之存儲、重整、加工、製造、展覽、通報、通關、按月彙報、自主管理、查核、盤點、申報補繳稅費、貨物流通及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商有關機關定之。
立法說明
一、第一項至第四項未修正。
二、為擴大自由港區運作功能，並兼顧營運與貨物流通之便捷及管理需要，爰增訂第五項自由港區事業之通報或通關，得經海關核准，辦理按月彙報作業；其作業範圍，包括自由港區事業貨物在同港區內交易、流通或輸往其他自由港區、課稅區、保稅區，或其他自由港區、課稅區、保稅區貨物輸往自由港區。
三、原條文第五項移列第六項，並依修正條文第三條第二款規定，自由港區事業之營業項目包含「展覽」，且考量自由港區事業亦有可能將免稅貨物運往課稅區展示，或將課稅區貨物運往自由港區展覽，爰於本項授權辦法之授權項目增列「展覽」，以資完備，並配合前項規定，增列「按月彙報」文字。
二、為擴大自由港區運作功能，並兼顧營運與貨物流通之便捷及管理需要，爰增訂第五項自由港區事業之通報或通關，得經海關核准，辦理按月彙報作業；其作業範圍，包括自由港區事業貨物在同港區內交易、流通或輸往其他自由港區、課稅區、保稅區，或其他自由港區、課稅區、保稅區貨物輸往自由港區。
三、原條文第五項移列第六項，並依修正條文第三條第二款規定，自由港區事業之營業項目包含「展覽」，且考量自由港區事業亦有可能將免稅貨物運往課稅區展示，或將課稅區貨物運往自由港區展覽，爰於本項授權辦法之授權項目增列「展覽」，以資完備，並配合前項規定，增列「按月彙報」文字。
第四章 港區事業自主管理
第十八條
自由港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之貨物自主管理。
自由港區事業關於貨物之進儲、提領、重整、加工、製造或遭竊、災損等，應按其作業性質，辦理有關之登帳、除帳、查核銷毀、補繳稅費除帳、稅費徵免及其他與帳務處理相關之自主管理事宜。
自由港區事業、港區貨棧及港區門哨對自由港區事業之貨物控管，應分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。
自由港區事業關於貨物之進儲、提領、重整、加工、製造或遭竊、災損等，應按其作業性質，辦理有關之登帳、除帳、查核銷毀、補繳稅費除帳、稅費徵免及其他與帳務處理相關之自主管理事宜。
自由港區事業、港區貨棧及港區門哨對自由港區事業之貨物控管，應分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。
立法說明
本條未修正。
第十九條
海關得設置聯合查核小組，就自由港區事業關於貨物控管、電腦連線通關及帳務處理等自主管理事項進行查核，並得執行實地盤點，自由港區事業不得規避、妨礙或拒絕。
立法說明
本條酌作標點符號修正。
第二十條
自由港區事業每年應辦理存貨盤點，並於盤點後一個月內，將盤存清冊及結算報告表送海關備查；必要時，得於期限內申請展延一個月。
自由港區事業依前項規定辦理之盤點貨物，如多於帳面結存數量，應同時於帳冊補登數量；少於帳面結存數量，應同時向海關申請補繳稅費。
自由港區事業依前項規定辦理之盤點貨物，如多於帳面結存數量，應同時於帳冊補登數量；少於帳面結存數量，應同時向海關申請補繳稅費。
立法說明
一、為落實自由港區管理制度所採低度行政管制及高度自主管理之原則，並符合不同營運型態自由港區事業在實務上之盤點及海關查核需求，爰放寬自由港區事業辦理存貨盤點之作法，不再強制規定「應委由會計師會同辦理年度存貨盤點」，並修正原條文第一項相關內容。
二、復為落實上開原則，放寬自由港區事業辦理存貨盤點之規定，修正第二項規定，自由港區事業於進行存貨盤點時，如發現貨物結存數量多於帳面時，應同時於帳冊補登數量。
二、復為落實上開原則，放寬自由港區事業辦理存貨盤點之規定，修正第二項規定，自由港區事業於進行存貨盤點時，如發現貨物結存數量多於帳面時，應同時於帳冊補登數量。
第五章 租稅措施
第二十一條
自由港區事業自國外運入自由港區內供營運之貨物，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。
依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間適用前二項規定。
自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。
依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間適用前二項規定。
立法說明
一、原條文移列為本條第一項至第三項。
二、自由貿易港區屬「境內關外」，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間需進行營運籌設工作，興建營運廠房，安裝自用機器、設備，參考原立法意旨及多年來實務運作需求，爰增訂第四項定明該等事業於籌設階段適用第二項及第三項運入自用機器、設備免徵相關稅費之規定，以玆明確。若未完成籌設，則依第三十一條規定，須補徵相關稅費或於六個月內原貨復運出口。
二、自由貿易港區屬「境內關外」，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間需進行營運籌設工作，興建營運廠房，安裝自用機器、設備，參考原立法意旨及多年來實務運作需求，爰增訂第四項定明該等事業於籌設階段適用第二項及第三項運入自用機器、設備免徵相關稅費之規定，以玆明確。若未完成籌設，則依第三十一條規定，須補徵相關稅費或於六個月內原貨復運出口。
第二十二條
自由港區事業運往國外或保稅區之貨物，課稅區或保稅區運入自由港區之貨物，依貿易法規定，免收推廣貿易服務費。
立法說明
一、本條新增。
二、依據貿易法第二十一條第二項規定，推廣貿易服務費之免收項目範圍，由經濟部擬訂，報請行政院核定，查經濟部業於九十四年十一月十日公告，將「自由港區事業運往國外或保稅區之貨物」及「課稅區或保稅區運入自由貿易港區之貨物」納入推廣貿易服務費免收項目範圍，爰於本條明定，以茲明確。
二、依據貿易法第二十一條第二項規定，推廣貿易服務費之免收項目範圍，由經濟部擬訂，報請行政院核定，查經濟部業於九十四年十一月十日公告，將「自由港區事業運往國外或保稅區之貨物」及「課稅區或保稅區運入自由貿易港區之貨物」納入推廣貿易服務費免收項目範圍，爰於本條明定，以茲明確。
第二十三條
自由港區事業之貨物輸往課稅區時，應依進口貨物或相關規定，課徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。但在自由港區經加工、製造、重整、簡單加工、檢驗、測試者，按運出港區時形態之價格，扣除自由港區內附加價值後核估關稅完稅價格。
自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。
自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第二十二條移列。
二、基於修正條文第三條第二款列舉自由港區事業包括經核准在自由港區內從事包裝、修理、裝配、加工、製造等事業，其中包裝、修理、裝配等作業均可歸類為加工或簡單加工，復考量現行自由貿易港區貨物通關管理辦法已分別訂定加工、產製、重整、簡單加工之完稅價格認定方式，爰於第一項但書增列「重整、簡單加工、檢驗、測試」，並配合修正條文第三條第二款文字，將原條文之「產製」修正為「製造」。又為期明確，將本條第一項後段文字「…按運出港區時之形態，扣除……課徵關稅」修正為「…按運出港區時形態之價格……扣除……核估關稅完稅價格」。
二、基於修正條文第三條第二款列舉自由港區事業包括經核准在自由港區內從事包裝、修理、裝配、加工、製造等事業，其中包裝、修理、裝配等作業均可歸類為加工或簡單加工，復考量現行自由貿易港區貨物通關管理辦法已分別訂定加工、產製、重整、簡單加工之完稅價格認定方式，爰於第一項但書增列「重整、簡單加工、檢驗、測試」，並配合修正條文第三條第二款文字，將原條文之「產製」修正為「製造」。又為期明確，將本條第一項後段文字「…按運出港區時之形態，扣除……課徵關稅」修正為「…按運出港區時形態之價格……扣除……核估關稅完稅價格」。
第二十四條
自由港區事業自課稅區運入供營運之貨物及自用機器、設備，視同出口，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。
自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自運入之次日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。
前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，應仍按原減徵、免徵或退稅稅額補徵。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間自課稅區運入自用機器、設備適用第一項及前項規定。
自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自運入之次日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。
前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，應仍按原減徵、免徵或退稅稅額補徵。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間自課稅區運入自用機器、設備適用第一項及前項規定。
立法說明
一、原條文移列為本條第一項至第三項。
二、自由貿易港區屬「境內關外」，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間需進行營運籌設工作，興建營運廠房，安裝自用機器、設備，參考原立法意旨及多年來實務運作需求，爰增訂第四項定明該等事業於籌設階段適用第一項及第三項運入自用機器、設備之規定，以玆明確。若未完成籌設，則依第三十一條規定，須補徵相關稅費。
二、自由貿易港區屬「境內關外」，申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間需進行營運籌設工作，興建營運廠房，安裝自用機器、設備，參考原立法意旨及多年來實務運作需求，爰增訂第四項定明該等事業於籌設階段適用第一項及第三項運入自用機器、設備之規定，以玆明確。若未完成籌設，則依第三十一條規定，須補徵相關稅費。
第二十五條
自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區，經向海關申請核准者，得免提供稅款擔保。但應自核准後六個月內復運回自由港區，並辦理結案手續；屆期未運回自由港區者，應向海關申報補繳稅費。
前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經申請海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。
第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；其展延，以六個月為限。
自由港區事業免稅之貨物輸往課稅區展覽者，準用前三項規定辦理。
前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經申請海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。
第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；其展延，以六個月為限。
自由港區事業免稅之貨物輸往課稅區展覽者，準用前三項規定辦理。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第二十三條移列。
二、第一項至第三項酌作文字修正。
三、原條文第一項規定自由港區事業免稅之貨物、機器或設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區者，得向海關申請核准免提供稅款擔保，但應於核准後六個月內復運回自由港區，基於自由港區事業免稅之貨物亦有可能運往課稅區展覽，爰增訂第四項，就自由港區事業免稅之貨物運往課稅區展覽之準用予以明文。
二、第一項至第三項酌作文字修正。
三、原條文第一項規定自由港區事業免稅之貨物、機器或設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區者，得向海關申請核准免提供稅款擔保，但應於核准後六個月內復運回自由港區，基於自由港區事業免稅之貨物亦有可能運往課稅區展覽，爰增訂第四項，就自由港區事業免稅之貨物運往課稅區展覽之準用予以明文。
第二十六條
自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以管制貨品以外之貨品為限。
前項受託課稅區廠商加工所添加之進口原料，除下列情形之一者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅：
一、屬財政部公告取消退稅之項目。
二、原料可退關稅占成品出口離岸價格在財政部核定之比率或金額以下。
課稅區營業人接受自由港區事業或國外事業、機關、團體、組織委託，就自由港區事業輸入之貨物、機器及設備提供修理、測試、檢驗、委託加工之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回自由港區內者，該項勞務收入之營業稅稅率為零。
前項受託課稅區廠商加工所添加之進口原料，除下列情形之一者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅：
一、屬財政部公告取消退稅之項目。
二、原料可退關稅占成品出口離岸價格在財政部核定之比率或金額以下。
課稅區營業人接受自由港區事業或國外事業、機關、團體、組織委託，就自由港區事業輸入之貨物、機器及設備提供修理、測試、檢驗、委託加工之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回自由港區內者，該項勞務收入之營業稅稅率為零。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第二十四條移列。
二、原條文第一項規定較一般課稅區之規定更為限縮，故予以放寬，惟放寬後之貨品仍應依修正條文第十七條第二項規定辦理，併此敘明。
三、為落實自由港區境內關外之制度設計，爰修正第二項受託課稅區廠商所添加之進口原料，除有所定情形外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅。
四、鑑於依修正條文第二十五條規定，委託加工貨物、機器或設備，原則上最終均須回到自由港區，為強化委託加工制度，使自由港區能與國內課稅區有效連結，創造自由港區物流轉運及高附加價值加工製造之利基，爰增訂第三項，規定該項委託加工等之勞務收入之營業稅稅率為零。
二、原條文第一項規定較一般課稅區之規定更為限縮，故予以放寬，惟放寬後之貨品仍應依修正條文第十七條第二項規定辦理，併此敘明。
三、為落實自由港區境內關外之制度設計，爰修正第二項受託課稅區廠商所添加之進口原料，除有所定情形外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅。
四、鑑於依修正條文第二十五條規定，委託加工貨物、機器或設備，原則上最終均須回到自由港區，為強化委託加工制度，使自由港區能與國內課稅區有效連結，創造自由港區物流轉運及高附加價值加工製造之利基，爰增訂第三項，規定該項委託加工等之勞務收入之營業稅稅率為零。
第二十七條
自由港區事業之貨物輸往保稅區，應依保稅貨物之相關規定，免徵相關稅費。
立法說明
條次變更，本條為原條文第二十五條移列，內容未修正。
第二十八條
下列貨物或勞務之營業稅稅率為零：
一、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備。
二、保稅區營業人銷售與外銷廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
三、課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
四、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業與營運相關之勞務。
自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。
一、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業供營運之貨物及自用機器、設備。
二、保稅區營業人銷售與外銷廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
三、課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業以供外銷之貨物。
四、課稅區或保稅區營業人銷售與自由港區事業與營運相關之勞務。
自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第二十六條移列。
二、第一項修正理由如下：
（一）序文明定貨物或勞務營業稅稅率為零之情形。
（二）第一款、第二款及第四款保稅區營業人，指科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、農業科技園區內之園區事業、保稅工廠、保稅倉庫或物流中心；第一款及第三款課稅區營業人，指上開保稅區及自由港區以外，應課徵內地稅之境內領域營業人。
（三）第一款由原條文第一項移列，並增列自用機器、設備，俾與修正條文第二十一條第二項免徵稅費之主體相符。
（四）增訂第二款。第二款參照科學工業園區設置管理條例第二十條第三項規定及科學工業園區設置管理條例施行細則第十七條第四項第二款規定，園區事業之產品或勞務售與外銷廠商直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零之情形；復鑑於自由港區事業多為從事物流倉儲業者，為鼓勵營業人銷售貨物與廠商後存入自由港區事業得享營業稅零稅率，俾促使自由港區成為外商及本國廠商在臺採購或運籌之物流配送中心，爰予增列。
（五）增訂第三款。第三款參照加值型及非加值型營業稅法第七條第四款規定，轉供其他保稅區營業人製造、加工或出口之貨物，亦屬與其營運有關之貨物，得適用零稅率；復為便利課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業供營運之外銷貨物，得適用營業稅零稅率，爰予增訂。
（六）增訂第四款。為利國內課稅區、保稅區與自由港區間之整合運作機制，爰予增訂。
二、第一項修正理由如下：
（一）序文明定貨物或勞務營業稅稅率為零之情形。
（二）第一款、第二款及第四款保稅區營業人，指科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、農業科技園區內之園區事業、保稅工廠、保稅倉庫或物流中心；第一款及第三款課稅區營業人，指上開保稅區及自由港區以外，應課徵內地稅之境內領域營業人。
（三）第一款由原條文第一項移列，並增列自用機器、設備，俾與修正條文第二十一條第二項免徵稅費之主體相符。
（四）增訂第二款。第二款參照科學工業園區設置管理條例第二十條第三項規定及科學工業園區設置管理條例施行細則第十七條第四項第二款規定，園區事業之產品或勞務售與外銷廠商直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零之情形；復鑑於自由港區事業多為從事物流倉儲業者，為鼓勵營業人銷售貨物與廠商後存入自由港區事業得享營業稅零稅率，俾促使自由港區成為外商及本國廠商在臺採購或運籌之物流配送中心，爰予增列。
（五）增訂第三款。第三款參照加值型及非加值型營業稅法第七條第四款規定，轉供其他保稅區營業人製造、加工或出口之貨物，亦屬與其營運有關之貨物，得適用零稅率；復為便利課稅區營業人銷售與保稅區廠商存入自由港區事業供營運之外銷貨物，得適用營業稅零稅率，爰予增訂。
（六）增訂第四款。為利國內課稅區、保稅區與自由港區間之整合運作機制，爰予增訂。
第二十九條
營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託自由港區事業在自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，經自由港區管理機關審查核准者，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。
在中華民國境內無固定營業場所之外國、大陸地區、香港或澳門營利事業銷售經認可之國際金屬期貨交易所認證且經主管機關核定之商品或同一稅則號別之商品，如該商品儲存於自由港區事業經自由港區管理機關核准之自由港區內之處所，其售與境內、外客戶之所得免徵所得稅；其銷售該商品之所得，無須申請免徵營利事業所得稅，並免依所得稅法規定辦理申報。
第一項準備或輔助性質之活動、採購、輸入、儲存或運送之範圍及營利事業核准免徵期限、前項適用範圍與要件、認可機關及核定機關、前二項申請程序、核准、廢止及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。
第一項及第二項免徵營利事業所得稅實施期限至中華民國一百三十一年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已依修正前第一項規定核准之案件，其核准免徵期限最長至一百十年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已申請尚未核准之案件，屬一百零七年度及以前年度之所得者，適用修正前第一項規定；屬一百零八年度以後之所得者，適用修正後第一項規定。
在中華民國境內無固定營業場所之外國、大陸地區、香港或澳門營利事業銷售經認可之國際金屬期貨交易所認證且經主管機關核定之商品或同一稅則號別之商品，如該商品儲存於自由港區事業經自由港區管理機關核准之自由港區內之處所，其售與境內、外客戶之所得免徵所得稅；其銷售該商品之所得，無須申請免徵營利事業所得稅，並免依所得稅法規定辦理申報。
第一項準備或輔助性質之活動、採購、輸入、儲存或運送之範圍及營利事業核准免徵期限、前項適用範圍與要件、認可機關及核定機關、前二項申請程序、核准、廢止及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。
第一項及第二項免徵營利事業所得稅實施期限至中華民國一百三十一年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已依修正前第一項規定核准之案件，其核准免徵期限最長至一百十年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已申請尚未核准之案件，屬一百零七年度及以前年度之所得者，適用修正前第一項規定；屬一百零八年度以後之所得者，適用修正後第一項規定。
立法說明
一、修正第一項，說明如下：
(一)為符合「歐盟經濟特區租稅優惠構成有害租稅慣例指引」所定不得對國內外營利事業及與境內外客戶交易有差別待遇之原則，並完備稅務監督機制，爰修正第一項，並增訂審查核准機制，使本條租稅優惠之適用對象符合國際稅務規範，並參考經濟合作暨發展組織（OECD）稅約範本第五條「常設機構」及第七條「營業利潤」規定，修正適用免稅之營業型態及免稅所得範圍。
(二)所定「僅從事準備或輔助性質之活動」，須從營利事業本身整體經營活動檢視是否為必要及重要部分判斷。例如營利事業主要從事貨物製造，其在我國境內僅從事貨物之儲存、展示或運送，未執行主要活動（如簽約、生產或製造、研究發展活動），即屬僅在境內從事準備或輔助性質活動；又如營利事業主要經營物流運送，其在我國境內為客戶執行之儲存或運送活動，則非屬之。
二、配合第一項文字修正及刪除但書規定，酌修第二項文字。
三、配合第一項所定租稅優惠適用對象及營業型態之修正，並為符合授權明確性原則，爰修正原第三項後段有關授權主管機關會同財政部訂定辦法之事項；原第三項前段移列為第四項，並作文字修正。
四、鑑於營利事業所得稅結算申報係以年度為基準，爰增訂第五項，定明本次修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
五、現行租稅優惠之適用期限為符合歐盟要求，增訂第六項作為落日條款，明定本條例本次修正施行前已依修正前第一項規定核准之案件，適用期限至一百十年十二月三十一日止。
六、為使營利事業已依原條文提出申請，惟於本條例本次修正施行時尚未核准之案件，在過渡期間有其適用準據，爰增訂第七項。
(一)為符合「歐盟經濟特區租稅優惠構成有害租稅慣例指引」所定不得對國內外營利事業及與境內外客戶交易有差別待遇之原則，並完備稅務監督機制，爰修正第一項，並增訂審查核准機制，使本條租稅優惠之適用對象符合國際稅務規範，並參考經濟合作暨發展組織（OECD）稅約範本第五條「常設機構」及第七條「營業利潤」規定，修正適用免稅之營業型態及免稅所得範圍。
(二)所定「僅從事準備或輔助性質之活動」，須從營利事業本身整體經營活動檢視是否為必要及重要部分判斷。例如營利事業主要從事貨物製造，其在我國境內僅從事貨物之儲存、展示或運送，未執行主要活動（如簽約、生產或製造、研究發展活動），即屬僅在境內從事準備或輔助性質活動；又如營利事業主要經營物流運送，其在我國境內為客戶執行之儲存或運送活動，則非屬之。
二、配合第一項文字修正及刪除但書規定，酌修第二項文字。
三、配合第一項所定租稅優惠適用對象及營業型態之修正，並為符合授權明確性原則，爰修正原第三項後段有關授權主管機關會同財政部訂定辦法之事項；原第三項前段移列為第四項，並作文字修正。
四、鑑於營利事業所得稅結算申報係以年度為基準，爰增訂第五項，定明本次修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
五、現行租稅優惠之適用期限為符合歐盟要求，增訂第六項作為落日條款，明定本條例本次修正施行前已依修正前第一項規定核准之案件，適用期限至一百十年十二月三十一日止。
六、為使營利事業已依原條文提出申請，惟於本條例本次修正施行時尚未核准之案件，在過渡期間有其適用準據，爰增訂第七項。
第三十條
自由港區事業運入供營運之貨物變更為非營運目的使用者，應於事前向海關或相關機關申報補繳關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
立法說明
條次變更，本條為原條文第二十七條移列，內容未修正。
第三十一條
自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可時，其於籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但自廢止或撤銷其籌設許可之翌日起算六個月內，將國外運入之自用機器、設備原貨復運出口者，不在此限。
前項自用機器、設備於辦理相關稅費補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管。
申請經營自由港區事業取得籌設許可者，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可時，其於籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但自廢止或撤銷其籌設許可之翌日起算六個月內，將國外運入之自用機器、設備原貨復運出口者，不在此限。
前項自用機器、設備於辦理相關稅費補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管。
立法說明
一、原條文移列為第一項。
二、配合第二十一條第四項及第二十四條第四項規定，增訂第二項及第三項定明申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設階段經自由港區管理機關廢止或撤銷籌設許可時，其於籌設期間自國外或課稅區運入自用機器、設備減免之稅費應予補徵或於六個月內原貨復運出口，補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管，以玆明確。
二、配合第二十一條第四項及第二十四條第四項規定，增訂第二項及第三項定明申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設階段經自由港區管理機關廢止或撤銷籌設許可時，其於籌設期間自國外或課稅區運入自用機器、設備減免之稅費應予補徵或於六個月內原貨復運出口，補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管，以玆明確。
第三十二條
銀行得依國際金融業務條例之規定，由其總行申請目的事業主管機關之特許，在自由港區內，設立會計獨立之國際金融業務分行，經營國際金融業務。
立法說明
條次變更，本條為原條文第二十九條移列，並酌作文字修正。
第三十三條
金融機構得依銀行法、證券交易法第四十四條、管理外匯條例及中央銀行法之規定，向目的事業主管機關申請，於自由港區內設立分支機構，並經中央銀行核准指定辦理外匯業務。
立法說明
條次變更，本條為原條文第三十條移列，並酌作文字修正。
第三十四條
國際金融業務分行得辦理自由港區事業之外幣信用狀、通知、押匯、進出口託收、外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。
立法說明
條次變更，本條為原條文第三十一條移列，並酌作文字修正。
第六章 入出境及入出區許可
第三十五條
外籍商務人士得經自由港區事業代向自由港區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。
大陸地區或香港、澳門商務人士得依兩岸關係相關法規辦理申請進入自由港區從事商務活動，其辦法另定之。
大陸地區或香港、澳門商務人士得依兩岸關係相關法規辦理申請進入自由港區從事商務活動，其辦法另定之。
立法說明
條次變更，本條為原條文第三十二條移列，內容未修正。
第三十六條
自由港區內，除管理人員、警衛人員、自由港區內之事業值勤員工、進入自由港區之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得在區內居住。
自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證或通行證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證或通行證，憑以入出自由港區。
進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。
前三項所定人員及車輛申請入出與居住許可之資格、申請程序、檢附之文件、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證或通行證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證或通行證，憑以入出自由港區。
進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。
前三項所定人員及車輛申請入出與居住許可之資格、申請程序、檢附之文件、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
立法說明
一、第一項及第三項未修正。
二、因商港法第三十五條規定進出商港管制區域之許可文件為通行證，為求雙證統一，爰修正第二項。
三、原條文第十七條第六項已就貨物進出自由港區授權訂定辦法規範之，爰就第四項物品入出授權訂定辦法部分予以刪除，另就人員及車輛入出及居住授權訂定辦法之規範內容及範圍酌作修正，以符授權明確性。
二、因商港法第三十五條規定進出商港管制區域之許可文件為通行證，為求雙證統一，爰修正第二項。
三、原條文第十七條第六項已就貨物進出自由港區授權訂定辦法規範之，爰就第四項物品入出授權訂定辦法部分予以刪除，另就人員及車輛入出及居住授權訂定辦法之規範內容及範圍酌作修正，以符授權明確性。
第七章 罰則
第三十七條
自由港區事業違反第十五條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。
未依前項所定期限退運出區者，海關得按次處罰；經處罰三次仍未退運出區者，得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
自由港區事業違反第十六條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
未依前項所定期限退運出區者，海關得按次處罰；經處罰三次仍未退運出區者，得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
自由港區事業違反第十六條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第三十四條移列。
二、修正原條文第一項及第二項，明定處分機關，及配合修正條文第十五條，修正第一項所引條項次。
三、增訂第三項，明定違反修正條文第十六條第一項規定之罰責。
二、修正原條文第一項及第二項，明定處分機關，及配合修正條文第十五條，修正第一項所引條項次。
三、增訂第三項，明定違反修正條文第十六條第一項規定之罰責。
第三十八條
自由港區事業依第十七條第一項或第三項規定向海關通報，有虛報或不實情事者，由海關按次處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例規定處罰。
自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，由海關依海關緝私條例規定處罰。
自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例規定處罰。
自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，由海關依海關緝私條例規定處罰。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第三十五條移列。
二、修正原條文第一項規定，明定處分機關。
三、第二項酌作文字修正。
四、本條與原條文第四十一條第一項所定罰責，均係針對違反修正條文第十七條規定所定，爰將原條文第四十一條第一項規定移列至本條第三項，並酌作文字修正。
二、修正原條文第一項規定，明定處分機關。
三、第二項酌作文字修正。
四、本條與原條文第四十一條第一項所定罰責，均係針對違反修正條文第十七條規定所定，爰將原條文第四十一條第一項規定移列至本條第三項，並酌作文字修正。
第三十九條
自由港區事業違反第十八條第二項或第三項規定者，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未改正者，得由海關停止六個月以下進儲貨物或辦理按月彙報作業，或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第三十六條移列。
二、明定處分機關，並酌作文字修正，另配合修正條文第十七條第五項規定，增加停止「辦理按月彙報作業」之處分機制。
二、明定處分機關，並酌作文字修正，另配合修正條文第十七條第五項規定，增加停止「辦理按月彙報作業」之處分機制。
第四十條
自由港區事業違反第十九條規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得按次處罰；經處罰三次仍未改正者，由自由港區管理機關廢止其營運許可。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第三十七條移列。
二、明定處分機關，並酌作文字修正。
二、明定處分機關，並酌作文字修正。
第四十一條
自由港區事業違反第二十條第一項規定，未定期盤點或送海關備查，或違反第二項規定，未補登帳冊或補繳稅費者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得由海關停止其六個月以內之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第三十八條移列。
二、明定處分機關，並酌作文字修正，另配合修正條文第二十條規定修正相關內容。
二、明定處分機關，並酌作文字修正，另配合修正條文第二十條規定修正相關內容。
第四十二條
自由港區事業存儲之貨物，未依第三十條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未完成改正者，得由海關停止其六個月以下之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。
自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。
立法說明
由原條文第四十一條第二項及第三項移列，第一項並配合修正條文第三十條規定，修正所引條次，及酌作文字修正，另明定處分機關。
第四十三條
自由港區事業對依第三十五條第一項規定代為申請入境之商務人士，應保證其入區期間，從事與許可目的相符之行為。經其保證之商務人士於入區期間從事與許可目的不符之行為者，入出國及移民署得處自由港區事業新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，且一年內不受理該商務人士經由自由港區事業代向自由港區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第三十九條移列。
二、配合修正條文第三十五條規定，修正所引條次，並明定處分機關。
二、配合修正條文第三十五條規定，修正所引條次，並明定處分機關。
第四十四條
進出自由港區之人員違反第三十六條第一項至第三項規定之一者，由自由港區管理機關處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰。
立法說明
原條文第九條第一項第三款規定，人員進出自由港區門哨管制檢查，係為自由港區管理機關掌理事項之一，且第七條規定可申請劃設為自由港區區位包括國際航空站、國際港口管制區域內、外之公、私有土地，上開區位亦非均配屬警察機關，為求事權統一，爰修正本條罰鍰之處分機關為自由港區管理機關。
第八章 附則
第四十五條
自由港區管理機關為維護自由港區與周邊之環境及公共設施之安全，及辦理第九條第一項規定之掌理事項，得向自由港區事業及自由港區事業以外之事業收取管理費、規費或服務費。
前項收費標準，由自由港區管理機關定之。
海關對於進出自由港區之運輸工具及貨物，應依關稅法第一百零一條規定徵收規費。
前項收費標準，由自由港區管理機關定之。
海關對於進出自由港區之運輸工具及貨物，應依關稅法第一百零一條規定徵收規費。
立法說明
一、條次變更，本條為原條文第四十二條移列。
二、第一項配合修正條文第九條規定，修正所引條次。
三、配合九十三年五月五日修正公布之關稅法，業將第九十四條修正為第一百零一條，爰修正第三項所引條次。
二、第一項配合修正條文第九條規定，修正所引條次。
三、配合九十三年五月五日修正公布之關稅法，業將第九十四條修正為第一百零一條，爰修正第三項所引條次。
第四十六條
本條例自公布日施行。
立法說明
條次變更，本條為原條文第四十三條移列，內容未修正。
