農田水利會置會長一人，依法令及該會章程綜理業務，指揮監督所屬員工及事業機構，對外代表該會，主管機關為直轄市主管機關者，由直轄市主管機關，其他各農田水利會，由中央主管機關徵求縣（市）主管機關之同意，就年齡滿三十歲以上，並具有下列資格之一者遴派；其遴派辦法，由中央主管機關定之：
一、教育部承認之國內外專科以上學校畢業或高等考試及格，並具有三年以上行政、水利、土木、農業有關工作經驗而成績優良者。
二、曾在政府機關任薦任、薦派或六職等以上職務，並具有三年以上行政、水利、土木、農業有關工作經驗而成績優良者。
三、教育主管機關認可之高級中等學校畢業或普通考試及格，並具有政府機關、農田水利會或農會十年以上行政、水利、土木、農業有關工作經驗而成績優良者。
四、曾任農田水利會會長、總幹事四年以上及一級主管六年以上成績優良者。