農田水利會置會長一人，依法令及該會章程綜理業務，指揮監督所屬員工及事業機構，並對外代表該會。
農田水利會會長，就會員中具有第二十條各款資格之一者，由省（市）主管機關遴選二人至三人交由會員代表大會投票選舉之，任期四年，連選得連任一次；罷免時，亦由會員代表大會投票決定之。