農田水利會置會長一人，依法令及該會章程綜理業務，指揮監督所屬員工及事業機構，並對外代表該會。
農田水利會會長，由會員代表大會就會員中具有第二十條各款資格之一者，投票選舉之，任期三年，連選得連任一次，罷免時亦由會員代表大會投票決定之。