農田水利會設立後，遇有自然環境變遷或水資源規劃變更時，在直轄市區域者，由直轄市主管機關依職權或經農田水利會之申請，報請中央主管機關核准後，得對各該農田水利會及其事業區域為合併、分立、變更或撤銷之決定；在直轄市區域以外者，由中央主管機關決定之。
農田水利會為前項之申請時，須經會務委員會之決議及會員過半數之同意簽署行之。