工業主管機關於開發之工業區內，為經營需要，得報請經濟部會商交通部，經行政院核定設置工業專用港。
工業專用港區域內土地，應為公有。但得由工業主管機關自行使用，或由公民營事業擬具計畫，經經濟部核准租用土地，規劃興建防波堤、碼頭、相關設施及建築改良物，並取得其所有權，自行維護管理。
工業專用港區域內土地，工業主管機關基於政策需要或因承租人未按核定計畫使用，得終止租約，收回土地，其土地改良物，除前項許可興建之防波堤、碼頭、相關設施及建築改良物，得由承租人請求按其興建當時之價格，扣除折舊後之餘額補償外，應無償收回。
航政主管機關因緊急或特殊需要，有使用工業專用港港埠設施之必要時，得調度支配，予以有償使用，港埠設施所有權人不得拒絕。
工業專用港區域內水域，得由工業主管機關或建設港埠設施之公民營事業無償使用。
工業專用港不得供專用目的以外之使用。
工業專用港之規劃、建設、管理、經營及安全，除本條例規定者外，適用商港法之規定。