本通則所稱主管機關；在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
農田水利會事業區域涉及二省（市）以上者，由行政院農業委員會或其指定之直轄市政府為主管機關；涉及二縣（市）以上者，由行政院農業委員會或其指定之縣（市）政府為主管機關。