本署為應轄區業務需要，得設各國家公園管理處及國家自然公園管理處。
前項位於原住民族地區之管理處，其預算員額中具有原住民身分者不得低於六分之一。但現有員額未達比例者，俟非原住民族人員出缺後，再行進用。