自然文化景觀由經濟部會同內政部、教育部與交通部審查指定之，並依其特性區分為生態保育區、自然保留區及珍貴稀有動植物三種。
自然文化景觀喪失或減損其價值時，經濟部得會同內政部、教育部及交通部解除其指定。