大眾捷運系統主管機關：在中央為交通部；在省（市）為省（市）政府；在縣（市）為縣（市）政府。
路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關省（市）或縣（市）政府協議決定地方主管機關；協議不成者，依左列規定：
一、路網跨越二以上省（市）行政區域者，由交通部指定地方主管機關。
二、路網跨越二以上縣（市）行政區域者，由省政府指定地方主管機關。