工業專用港由中央工業主管機關興建營運者，應向使用者收取設施使用費、管理費或服務費。
工業專用港由公民營事業興建，提供使用時，公民營事業得向使用者收取設施使用費；中央工業主管機關應向使用者收取管理費或服務費。
工業專用碼頭由興辦工業人興建，自行使用時，中央工業主管機關應向使用者收取管理費或服務費。
前三項設施使用費、管理費或服務費，其費率及計算方式，應由中央工業主管機關報請經濟部會商交通部核定。