管理處掌理左列事項：
一、關於各加工出口區分處之監督、指揮事項。
二、關於外銷事業申請創設之審核事項。
三、關於各加工出口區內各項設施之籌建事項。
四、關於各加工出口區財務之計劃、調度及稽核事項。
五、關於加工出口區業務之企劃及研究發展事項。
六、關於加工出口區吸引投資及對外宣傳之籌劃事項。
七、關於保稅倉庫之設立及經營事項。
八、關於儲運單位之設立及經營事項。
九、關於所在區加工出口業務之行政管理事項。
十、關於所在區公有財產之管理及收益事項。
十一、關於所在區工商登記及建築之核准發證事項。
十二、關於所在區工廠設置之檢查事項。
十三、關於所在區工商團體業務及勞工行政事項。
十四、關於所在區產品檢驗、發證及產地證明書核發事項。
十五、關於所在區物資進出口簽證事項。
十六、關於所在區外匯貿易管理事項。
十七、關於所在區防止走私措施及巡邏檢查事項。
十八、關於所在區公共福利事項。
前項第九款至第十八款事項，設有分處之加工出口區，由分處掌理之。
管理處及分處業務管理規則，由經濟部會商有關機關定之。