第四條之一但書規定之證券交易所得或損失之計算，應依第十四條第一項第七類規定辦理。
個人有證券交易損失者，得自當年度證券交易所得中減除，其不足減除者，不得自以後年度之證券交易所得中減除。證券交易損失之減除，以依實際成交價格及原始取得成本計算損益者為限。
納稅義務人本人、配偶及合於第十七條規定申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬依前二項規定計算之證券交易所得額，不併計綜合所得總額，按百分之十五之稅率分開計算應納稅額，由納稅義務人合併報繳。
自中華民國一百零二年起至一百零三年止，個人出售第四條之一但書第一款規定之證券，按出售金額之一定比例計算證券交易所得額，並依第八十八條規定扣繳稅款，不併計綜合所得總額，扣繳率為百分之二十。但有下列情形之一，應依前三項規定計算證券交易所得額及應納稅額，該扣繳稅額得自應納稅額中減除：
一、當年度出售興櫃股票數量合計在十萬股以上者。
二、初次上市、上櫃前取得之股票，於上市、上櫃以後出售者。但有下列情形之一者，不包括在內：
(一)屬一百零一年十二月三十一日以前初次上市、上櫃之股票。
(二)個人每年所持有該年度各該初次上市、上櫃公司股票，屬承銷取得數量在一萬股以下。
三、非中華民國境內居住之個人。
前項所定一定比例，以出售日之前一交易日臺灣證券交易所發行量加權股價指數之收盤指數為準，規定如下：
一、收盤指數未達八千五百點者，為零。
二、收盤指數在八千五百點以上未達九千五百點者，為千分之一。
三、收盤指數在九千五百點以上未達一萬零五百點者，為千分之二。
四、收盤指數在一萬零五百點以上者，為千分之三。
個人之證券交易所得依第四項規定按出售金額之一定比例計算所得額課稅者，得於中華民國一百零一年十二月十五日以前向其證券戶所屬證券商申請選定自一百零二年起依第一項至第三項規定計算證券交易所得額及應納稅額，不適用第四項扣繳規定。其於一百零二年一月一日以後首次開立證券戶者，得於開戶時申請選定，並自申請當年度適用。
前項以外申請選定或變更選定計算證券交易所得額課稅方式者，應於規定期限內向其證券戶所屬證券商申請選定或變更選定次年度之計算證券交易所得額課稅方式；其未申請者，視為沿用原方式。
個人之所有證券戶同一年度選定之計算證券交易所得額課稅方式應一致，年度中不得變更。
個人依前三項規定選定計算證券交易所得額課稅方式之程序、申請選定或變更課稅方式之申請期限、證券商資料通報及其他相關事項之辦法，由財政部定之。
自中華民國一百零四年一月一日起，個人之第四條之一但書第一款規定之證券交易所得，除有下列情形，應依第一項至第三項規定計算證券交易所得額及應納稅額外，以零計算：
一、當年度出售興櫃股票數量合計在十萬股以上者。
二、初次上市、上櫃前取得之股票，於上市、上櫃以後出售者。但有下列情形之一者，不包括在內：
(一)屬一百零一年十二月三十一日以前初次上市、上櫃之股票。
(二)個人每年所持有該年度各該初次上市、上櫃公司股票，屬承銷取得數量在一萬股以下。
三、當年度證券出售金額在十億元以上之個人。
四、非中華民國境內居住之個人。
個人出售第四條之一但書規定之證券，其成本之計算，應採用加權平均法；其適用第十四條第一項第七類第三款持有期間、第四項但書第二款及前項第二款規定證券之認定，應採用先進先出法。
個人於初次上市、上櫃前取得之股票，於上市、上櫃以後繼續持有滿三年以上者，以其證券交易所得之四分之一作為當年度所得額，不適用第十四條第一項第七類第三款規定。
證券交易所得或損失之查核，有關其成交價格、成本及費用認定方式、未申報或未能提出實際成交價格或原始取得成本者之核定等事項之辦法，由財政部定之。