一、修正第一項，說明如下：
(一)為符合「歐盟經濟特區租稅優惠構成有害租稅慣例指引」所定不得對國內外營利事業及與境內外客戶交易有差別待遇之原則，並完備稅務監督機制，爰修正第一項，並增訂審查核准機制，使本條租稅優惠之適用對象符合國際稅務規範，並參考經濟合作暨發展組織（OECD）稅約範本第五條「常設機構」及第七條「營業利潤」規定，修正適用免稅之營業型態及免稅所得範圍。
(二)所定「僅從事準備或輔助性質之活動」，須從營利事業本身整體經營活動檢視是否為必要及重要部分判斷。例如營利事業主要從事貨物製造，其在我國境內僅從事貨物之儲存、展示或運送，未執行主要活動（如簽約、生產或製造、研究發展活動），即屬僅在境內從事準備或輔助性質活動；又如營利事業主要經營物流運送，其在我國境內為客戶執行之儲存或運送活動，則非屬之。
二、配合第一項文字修正及刪除但書規定，酌修第二項文字。
三、配合第一項所定租稅優惠適用對象及營業型態之修正，並為符合授權明確性原則，爰修正原第三項後段有關授權主管機關會同財政部訂定辦法之事項；原第三項前段移列為第四項，並作文字修正。
四、鑑於營利事業所得稅結算申報係以年度為基準，爰增訂第五項，定明本次修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
五、現行租稅優惠之適用期限為符合歐盟要求，增訂第六項作為落日條款，明定本條例本次修正施行前已依修正前第一項規定核准之案件，適用期限至一百十年十二月三十一日止。
六、為使營利事業已依原條文提出申請，惟於本條例本次修正施行時尚未核准之案件，在過渡期間有其適用準據，爰增訂第七項。