一、修正第一項，說明如下：
(一)為符合「歐盟經濟特區租稅優惠構成有害租稅慣例指引」所定不得對國內外營利事業及與境內外客戶交易有差別待遇之原則，並完備稅務監督機制，爰修正第一項，並增訂審查核准機制，使本條租稅優惠之適用對象符合國際稅務規範，並參考經濟合作暨發展組織（OECD）稅約範本第五條「常設機構」及第七條「營業利潤」規定，修正適用免稅之營業型態及免稅所得範圍。另參照自由貿易港區設置管理條例第二十九條第一項規定，增列營利事業「自行」在自由港區內從事相關活動亦得適用租稅優惠。
(二)所定「僅從事準備或輔助性質之活動」，須從營利事業本身整體經營活動檢視是否為必要及重要部分判斷。例如營利事業主要從事貨物製造，其在我國境內僅從事貨物之儲存、展示或運送，未執行主要活動（如簽約、生產或製造、研究發展活動），即屬僅在境內從事準備或輔助性質活動；又如營利事業主要經營物流運送，其在我國境內為客戶執行之儲存或運送活動，則非屬之。
二、配合第一項所定租稅優惠適用對象及營業型態之修正，並為符合授權明確性原則，爰修正第二項有關授權主管機關會同財政部訂定辦法之事項。
三、鑑於稅捐稽徵法第十一條之四第一項有關為特定政策所規定之租稅優惠，應明定實施年限，爰增訂第三項明定第一項租稅優惠實施期限至一百三十一年十二月三十一日止。
四、鑑於營利事業所得稅結算申報係以年度為基準，爰增訂第四項，定明本次修正之第一項及第二項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。
五、原租稅優惠之適用期限為符合歐盟要求，增訂第五項作為落日條款，明定本條例本次修正施行前已依修正前第一項規定核准之案件，適用期限至一百十年十二月三十一日止。
六、為使營利事業已依原條文提出申請，惟於本條例本次修正施行時尚未核准之案件，在過渡期間有其適用準據，爰增訂第六項。