本中心業務範圍如下：
一、海洋調查及實驗技術之研究開發。
二、國家海洋調查船、國家船模實驗室多功能水槽及其他海洋科技設施之營運管理。
三、海洋科技專業人才之協助培育。
四、海洋科技國際合作及交流之促進。
五、水下文化資產調查之協助。
六、受託辦理海洋研究調查及船舶技術相關業務。
七、經監督機關指示辦理海洋研究調查相關業務。
八、其他與海洋科技相關之業務。