本院設董事會，置董事十一人至十五人，由監督機關就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關（構）代表。其中核能安全委員會、經濟部、國家科學及技術委員會及國防部督導業務之副首長或指派之代表為當然董事。
二、國內、外富有原子能及其應用科技研究發展經驗之專家、學者。
三、民間企業經營、管理專家或對本院有重大貢獻之社會人士。
前項第一款之董事，不得低於董事總人數二分之一。
第一項董事，任一性別不得少於總人數三分之一。