本院經費來源如下：
一、政府之核撥及捐（補）助。
二、國內外公私立機構、團體及個人之捐贈。
三、受託研究及提供服務之收入。
四、營運及研發成果收入。
五、其他收入。
前項第一款之政府核撥及捐（補）助經費，包括人事費、相關主管機關交辦本院事項、本院各核設施之除役、清理及復育、放射性廢棄物之處理、貯存及處置、建築物與固定設備等重要設施維持及其他原子能科技研究發展所需經費。
第一項第二款之捐贈，視同對政府之捐贈。