本院設董事會，置董事七人至十一人，由監督機關就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關代表。其中國家安全會議及國防部指派之代表為當然董事。
二、資通安全研究相關學者、專家或對資通安全有重大貢獻之社會公正人士。
前項第一款之董事，不得低於董事總人數二分之一。
第一項董事，任一性別不得少於總人數三分之一。