為推動災後重建工作，由行政院設置莫拉克颱風災後重建推動委員會，負責重建事項之協調、審核、決策、推動及監督。委員會置召集人、副召集人各一人，由行政院院長、副院長兼任之，委員三十三人至三十七人，由召集人就行政院政務委員、相關機關及災區縣（市）首長、專家學者及民間團體代表派 (聘)兼之。其中災民及原住民代表，合計不得少於五分之一。
地方政府重建推動委員會之組織，由各級地方政府定之。
本條例中央執行機關為中央各目的事業主管機關；地方執行機關為直轄市政府、縣（市）政府及鄉（鎮、市）公所。
各執行機關執行本條例、災害防救法及其他相關法律規定之事項，得委任或委託其他機關（構）、法人或團體辦理。