公民投票若涉及中央與地方職權劃分或法律之爭議或其他之行政爭議，應依大法官釋憲或依行政爭訟程序解決之。
公民投票訴訟之管轄法院，依下列之規定：
一、第一審公民投票訴訟，由公民投票行為地之該管高等行政法院管轄，其行為地跨連或散在數高等行政法院管轄區域內者，各該高等行政法院均有管轄權。
二、不服高等行政法院第一審裁判而上訴、抗告之公民投票訴訟事件，由最高行政法院管轄。