本部之次級機關及其業務如下：
一、新竹科學園區管理局：執行科學園區設置管理條例所定事項。
二、中部科學園區管理局：執行科學園區設置管理條例所定事項。
三、南部科學園區管理局：執行科學園區設置管理條例所定事項。