中央各目的事業主管機關應配合及協助辦理傳染病防治之事項如下：
一、內政主管機關：入出國（境）管制、居家檢疫民眾之服務及追蹤管理等事項。
二、外交主管機關：國際組織聯繫、持外國護照者之簽證等事項。
三、財政主管機關：國有財產之借用等事項。
四、經濟主管機關：確保防疫物資供應、工業專用港之管制等事項。
五、交通主管機關：機場與商港管制、運輸工具之徵用等事項。
六、大陸事務主管機關：臺灣地區與大陸地區或香港、澳門人民往來政策協調事項。
七、環境保護主管機關：公共環境清潔、消毒及廢棄物清理等事項。
八、農業主管機關：人畜共通傳染病之防治、漁港之管制等事項。
九、勞動主管機關：勞動安全衛生及工作權保障事項。
十、新聞主管機關：新聞處理、發布、傳播媒體之徵用及政令宣導事項。
十一、其他有關機關：辦理防疫必要之相關事項。