本法所稱傳染病如下：
一、第一類傳染病：霍亂、鼠疫、黃熱病、狂犬病、伊波拉病毒出血熱、炭疽病、嚴重急性呼吸道症候群。
二、第二類傳染病：流行性斑疹傷寒、白喉、流行性腦脊髓膜炎、傷寒、副傷寒、小兒麻痺症、桿菌性痢疾、阿米巴性痢疾、登革熱、瘧疾、麻疹、急性病毒性Ａ型肝炎、腸道出血性大腸桿菌感染症、腸病毒感染併發重症、漢他病毒症候群。
三、第三類傳染病：結核病、日本腦炎、癩病、德國麻疹、先天性德國麻疹症候群、百日咳、猩紅熱、破傷風、恙蟲病、急性病毒性肝炎（除Ａ型外）、腮腺炎、水痘、退伍軍人病、侵襲性ｂ型嗜血桿菌感染症、梅毒、淋病、流行性感冒併發重症。
四、指定傳染病：指前三款以外已知之傳染病或症候群，經中央主管機關認有依本法施行防治之必要而予以公告者。
五、新感染症：指未知之新興傳染病或症候群，其症狀或治療結果與已知傳染病明顯不同，且經中央主管機關認定其傳染流行可能對國民健康造成重大影響，有依本法施行防治之必要，而予以公告者。
前項傳染病，因其病因、防治方法之確定或變更，而有重行歸類或廢止必要者，應即檢討修正；情況急迫時，中央主管機關得先行公告調整其歸類或廢止之。
前二項公告內容，中央主管機關於必要時，得先以傳播媒體、網際網路等方式宣布之。