本法有關傳染病防治事項，中央主管機關及直轄市、縣（市）主管機關（以下簡稱地方主管機關）權責劃分如下：
一、中央主管機關：
（一）訂定傳染病防治政策及計畫，包括預防接種、傳染病預防、疫情監視、通報、調查、檢驗、處理及訓練等措施。
（二）監督、指揮地方主管機關執行傳染病防治工作有關事宜。
（三）調查研究傳染病及新感染症。
（四）蒐集國際疫情，規劃及參與國際合作事宜。
（五）其他應由中央主管機關辦理事項。
二、地方主管機關：
（一）依據中央主管機關訂定之傳染病防治政策、計畫及轄區特殊防疫需要，擬訂執行計畫，並付諸實施。
（二）執行轄區各項傳染病防治工作，包括預防接種、傳染病預防、疫情監視、通報、調查、檢驗、處理及訓練等。
（三）其他應由地方主管機關辦理事項。
地方主管機關辦理前項第二款事項，必要時得報請中央主管機關支援。