國際商港之指定，由交通部報請行政院核定後公告之；商港區域與管轄地區之劃定，由交通部會商內政部及有關機關後，報請行政院核定之；輔助港亦同。
國內商港之指定，由各省（市）政府報請交通部核轉行政院備案後公告之；商港區域與管轄地區之劃定，由各該省（市）政府報請交通部會商內政部及有關機關後核定之。