本部之次級機關及其業務如下：
一、國民及學前教育署：規劃、推動高級中等以下學校與學前教育政策及制度，並督導、協調、協助各地方高級中等以下學校與學前教育之發展及執行本部所轄高級中等以下學校教育事項。
二、青年發展署：規劃全國青年發展政策，推動青年生涯輔導、公共參與、國際與體驗學習及其他青年發展事項。