選擇章節
第一章 總則
第二章 規劃建設
第三章 管理經營
第四章 安全
第五章 罰則
第六章 附則
第一章 總則
第一條
商港之規劃、建設、管理、經營及安全，依本法之規定；本法未規定者，依其他有關法律之規定。
立法說明
本條規定本法制定之內容及其適用之依據。
第二條
本法所用名詞，定義如左：
一、商港：指通商船舶出入之港。
二、國際商港：指准許中華民國船舶及外國通商船舶出入之港。
三、國內商港：指非中華民國船舶，除經中華民國政府特許或為避難得准其出入外，僅許中華民國船舶出入之港。
四、商港區域：指劃定商港界限以內之水域與為商港建設、開發及營運所必需之陸上地區。
五、商港管轄地區：指商港管理機關為依本法處理商港區域外及其輔助港附近沿岸、水域之有關業務而劃定之區域。
六、商港設施：指在商港區域內，為便利船舶出入、停泊、貨物裝卸、倉儲、駁運作業、服務旅客之水面、陸上、海底及其他之一切有關設施。
七、專業區：指在商港界限內劃定範圍，供漁業、工業、船舶拆解及其他特定用途之區域。
八、浮標、立標：指設於港口、航道內外之助航設施。浮於水面者為浮標，固定者為立標。
九、船席：指碼頭、浮筒或其他繫船設施，供船舶停靠、裝卸客、貨之水域。
十、錨地：指供船舶拋錨之水域。
十一、核子船舶：指裝有核子動力設備之船舶。
立法說明
一、本法第十七條所定之商港管轄地區，未詮釋其涵義，爰增訂第五款規定商港，管轄地區之定義，以利商港管理機關依本法處理商港區域外及其輔助港附近沿岸、水域內沉船或物資之打撈，及經由水溝、下水道或其他放流設施排入商港區域或其附近水域之廢棄物，有毒物質、污水及船舶排洩有毒物質、油污、投棄垃圾之處理，有其法定依據。
二、現行第五款至第十款依序改列為第六款至第十一款。
第三條
商港，由交通部主管。
立法說明
配合臺灣省政府功能業務與組織調整，及考量現況各直轄市並無國內商港，將原由省政府主管之國內商港修正改由交通部主管，爰將第一項、第二項合併修正為一項。
第四條
國際商港之指定，由交通部報請行政院核定後公告之；商港區域與管轄地區之劃定，由交通部會商內政部及有關機關後，報請行政院核定之；輔助港，亦同。
國內商港之指定，由交通部報請行政院備案後公告之；商港區域與管轄地區之劃定，由交通部會商內政部及有關機關後核定之。
立法說明
配合修正條文第三條之修正，修正第二項。
第五條
商港管理機關為維護港區治安、客貨安全，並協助從業人員執行職務，得依法設置港務警察。
立法說明
本條參照鐵路法第八條立法例予以制定。
第二章 規劃建設
第六條
商港區域之規劃、興建，由交通部擬訂計畫，報請行政院核定施行。
商港區域內，除商港設施外，得按當地實際情形，劃分各種專業區，並得設置加工出口區、自由貿易區。
立法說明
一、配合修正條文第三條之修正，將第一項、第二項合併修正為第一項。
二、第三項未修正，項次並順移為第二項。
第七條
（刪除）
立法說明
本條收費，不符合ＷＴＯ繼續沿用之一九九四年關稅暨貿易總協定第八條「除進口稅及出口稅及依本協定第三條所徵內地稅外，各締約國對於有關輸入或輸出而課徵之任何性質之所有規費及費用，其數額應與提供服務成本相近者為限，不得含有對國內生產者之間接保護或為財政目的之成分在內」規定，且我國為申請加入ＷＴＯ，已承諾自公元二００一年一月一日起，取消商港建設費之收費制度，爰予刪除。
第八條
商港需用土地，得依土地法及有關法律徵收之。
商港建設計畫有填築新生地者，應訂明其權屬，於填築完成後依照計畫辦理登記，並由商港管理機關使用收益。
立法說明
本條第一項參照鐵路法第七條第一項立法例規定商港管理機關對興建擴建商港需用之土地得依土地法及有關法律徵收之。
本條第二項規定依第七條擬訂之商港建設計畫有填築新生地者，應訂明其權屬，於填築完成後，依照計畫辦理登記，並由商港管理機關使用收益。
第九條
商港區域內各種建築物及設施之興建、增建、改建或拆除，除各種專業區及加工出口區、自由貿易區與商港管理有關者，應經商港管理機關同意外，其餘均應經商港管理機關之許可；未經許可擅自建造、設置者，商港管理機關得逕行拆除之。
立法說明
為使商港建設能够依照既定計畫發展，本條規定對港區內各種建築物及設施之興建、增建、改建或拆除，除各種專業區及加工出口區、自由貿易區與商港管理有關者，均應經商港管理機關之許可，未經許可擅自建造設置者，商港管理機關得逕行拆除之，以免妨礙港埠分區建設之目的。
第十條
商港區域內，原有之建築物及障礙物，如有妨礙商港建設之目的時，由商港管理機關會同當地有關機關通知所有人或使用人限期改建、遷移或拆除。逾期不依規定辦理者，得代執行，並對其私有建築物及障礙物因改建、遷移或拆除所生之直接損失予以相等之補償。
立法說明
為達成商港分區目的，以利管理起見，商港管理機關對原有之建築物及障礙物，如認為有妨礙建設之目的時，得會同當地主管建築機關或其他有關機關通知其所有人或使用人，於一定期間內將該建築物或障礙物予以改建、遷移或拆除，如逾期不依照規定辦理者，得代執行，並對其私有建築物及障礙物因改建、遷移或拆除所生之直接損失予以相等之補償。
第三章 管理經營
第十一條
交通部為管理商港，於各港設商港管理機關。
商港區域內劃設之各種專業區及加工出口區、自由貿易區，由各目的事業主管機關管理或專設機構管理經營之。
立法說明
一、配合修正條文第三條之修正，將第一項、第二項合併修正為第一項。
二、第三項未修正，項次並順移為第二項。
第十二條
商港區域內各項商港設施，除工程鉅大或與船舶出入港及公共安全有關者，應由商港管理機關興建自營外，其餘得視需要，由公私事業機構以約定方式興建或租賃經營。
前項由公私事業機構使用商港區域內之公有土地投資興建之商港設施，投資人得使用之年限，由投資人與商港管理機關按其投資金額與獲益報酬約定，報請商港主管機關核定之，不受土地法第二十五條之限制。但其產權，應屬商港管理機關所有。
立法說明
目前公私事業機構經營商港設施，均已開放中外航商或其他事業機構自由競標。本國船舶運送業或貨櫃集散站經營業並未有優先權，現行條文第一項末段規定已不符現況，爰予刪除。
第十三條
在商港區域外興建之特種貨物裝卸及其他特殊設施，除有關船舶出入之管理，準用本法之規定外，由目的事業主管機關主管之。
立法說明
為避免港口擁塞、海水油污及便利超級船舶之停泊卸貨起見，現行趨勢有在商港區域外興建液體或散裝貨物之裝卸設施，將船上載運之液體油類及燃煤等貨物，以管道輸入儲存處所。該等設施由目的事業主管機關主管，其與船舶出入之管理有關者準用本法之規定，其準用之詳細規定，於商港管理規則中定之。
第十四條
公私事業機構經核准經營之商港設施，其碼頭裝卸工人之編組及作業訓練，應受商港管理機關之指導、監督；其辦法由交通部定之。
立法說明
本條規定公私事業機構經營商港設施之碼頭裝卸工人之編組及作業訓練，應受商港管理機關之指導監督，以維港區秩序。
第十五條
為促進商港建設及發展，商港管理機關應就入港船舶依其總登記噸位、離境之上下客船旅客依其人數及裝卸之貨物依其計費噸量計算，收取商港服務費，並全部用於商港建設。
前項商港服務費之費率及收取、保管、運用辦法，由交通部擬訂，報請行政院核定。
商港管理機關與公私事業機構向商港設施使用人收取使用費、管理費與其他服務費之項目及費率，由商港管理機關擬訂，報請交通部核定。
立法說明
一、增訂第一項，為籌措非營運性之商港公共基礎建設財源，以促進商港之持續發展，在不違背ＷＴＯ規範下，依使用者付費原則，收取商港服務費。
二、增訂第二項，明定商港服務費費率及收取、保管、運用辦法，由交通部擬訂，報請行政院核定。
三、原第一項移為第三項，並酌作修正。
第十六條
商港區域內之沉船、物資、漂流物，所有人不依商港管理機關公告或通知之限期打撈、清除者，由商港管理機關打撈、清除。所有人不明，無法通知者亦同。
沉船、物資、漂流物之位置，在港口、船席或航道致阻塞進出口船舶之航行、停泊，必須緊急處理時，得逕由商港管理機關立即打撈、清除。
前二項由商港管理機關打撈、清除之沉船、物資、漂流物，所有人不於商港管理機關通知限期內繳納打撈、清除費用後領回或所有人不明者，由商港管理機關公告拍賣。其拍賣所得價金，除抵繳打撈、清除費用外，其餘發還所有人或保管公告招領。經公告滿六個月後仍無權利人領取時，商港管理機關取得其所有權。
立法說明
本條第三項現行規定由商港管理機關打撈、清除之沉船、物資、漂流物，所有人不於商港管理機關通知限期內繳納打撈、清除費用後領回或所有人不明者，由商港管理機關公告拍賣，其拍賣所得價金，除抵繳打撈、清除費用外，其餘發還所有人或保管公告招領，經公告一年後仍無權利人領取時，商港管理機關取得其所有權，由於公告一年之期間太長，爰予修正，將一年之期間縮短為六個月，以利早日確定權屬。
第十六條之一
經由水溝、下水道或其他放流設施排入商港區域之廢棄物、有害物質、污水，其使用人或管理人，應於出口處設置柵欄或防污設施，並應將其所攔集之廢棄物清除之。
前項使用人或管理人不為設置或清除時，由商港管理機關，報請商港主管機關會商有關機關，責令限期採取適當之處理措施，或由商港管理機關逕行清除；所需清除費用，由該使用人或管理人負擔。
立法說明
一、本法所稱商港區域，包括國際商港、輔助港及國內商港依本法第四條規定程序劃定之商港區域。商港區域外「附近水域」之污染防治事項，為商港管理機關權責所不及，爰予刪除。
二、將原條文後段改列為修正後第二項，並酌作文字修正。
第十六條之二
船舶在商港管轄地區因海難或其他意外事故致擱淺、沈沒或故障漂流者，商港管理機關應命令船長及船舶所有人採取必要之應變措施，並限期打撈、移除船舶及所裝載貨物至指定之海域。
前項情形，必要時，商港管理機關得逕行採取應變或處理措施；其因應變或處理措施所生費用，由該船舶所有人負擔。
立法說明
一、本條新增。
二、我國四周海域，為國際航線要衝，海上交通頻繁，船舶經常發生海難或其他意外事故，而擱淺、沈船打撈工程困難，費用龐大，船舶所有人及保險公司往往以我國法律未明文要求移除為理由，任其擱置、沈沒，不僅有礙船舶航行安全，且影響國際觀瞻甚鉅，爰增訂本條，課船舶所有人限期打撈、移除船舶及所裝載貨物之義務。
第十七條
商港區域內及其管轄地區之沈船或物資，未經申請商港管理機關核准，不得擅自打撈。
經營打撈業，應填具登記申請書，送當地商港管理機關核轉交通部核准設立登記，發給許可證，並依法辦理公司或商業登記後，始得營業。
打撈業所打撈之沈船或物資，其所有人不明者，適用民法關於拾得遺失物之規定辦理。
打撈報酬，由當事人以協議定之，協議不成時，得提付仲裁或請求法院裁判之。
打撈業之申請設立登記、設備基準及技術人員資格基準、打撈設備之查驗、打撈技術人員資格之查核及申請核准打撈等事項之管理規則，由交通部定之。
立法說明
一、將原訂於打撈業管理規則第七條及第二十七條有關打撈業許可證核發、打撈物所有人不明時之處理以及打撈報酬等規定，提升至本條第二項至第四項中規定，俾符行政程序法規定
二、鑑於本法第五十條第一項籠統授權交通部訂定打撈業管理規則與司法院釋字第三一三號等解釋要求授權明確性之意旨，未盡相符，爰將該條項規定，移列於本條第五項，並明列打撈業管理規則之訂定內容，使授權訂定該規則之目的、內容及範圍，具體明確。
第十八條
在商港區域內，不得為左列行為：
一、在海底電纜及海底管線通過區域錨泊。
二、採捕水產動、植物。
三、養殖牡蠣及其他水產物。
四、其他妨害港區安全及汙染港區之行為。
立法說明
第四款增列「污染港區」四字，以防止港區遭受污染。
第十九條
在商港區域內為左列行為，應申請商港管理機關許可：
一、在水面浮標、立標及其他航路標識上，栓繫繩纜及船具。
二、在水面停放或拖運竹排、木筏或其他物料。
三、採取泥土砂石。
四、拆解船舶。
五、在港區土地上放置船隻或物料。
六、敷設、變更或拆除給水、排水、石油、化學品等管道及電力、電信設備。
七、鐵路、道路之建築、修建或拆除。
八、疏濬工程或爆破作業。
九、其他妨礙商港之設施。
立法說明
本條第一、二兩款係就商港條例第十四條及第十一條修訂。第三至第九款係針對實際情形予以訂定。
第二十條
商港區域內各類工作船、交通船之行駛、漁船之作業，應經商港管理機關之許可。停泊非作業之船舶，商港管理機關認為妨礙船席調度或港區安全時，得指定地點令其移泊或疏散他處停泊；如不遵辦，得逕行移泊。
商港管理機關為維護港區秩序、疏導航運、便利作業，得對港區內小船註冊之艘數、停泊位置、行駛及作業，予以限制；必要時並得將已註冊之小船移置他處停放。
未經註冊之小船，不得擅自在港區內行駛或作業。
第一項、第二項由商港管理機關執行移泊、停放所需之費用，由船舶所有人負擔。
立法說明
一、為維護港區內船舶航運安全及裝卸作業，爰修正本條第一項，增訂商港區域內之「各類工作船、交通船之行駛、漁船之作業應經商港管理機關許可。」
二、增訂第三項，規定未經註冊之小船，不得擅自在港區內行駛作業，防止無照小船危害港區秩序與航道安全。
三、現行第三項改列為第四項，並作文字修正。
第二十一條
商港區域內滯留之船舶，經依法查封者，商港管理機關得限期通知運送人或貨物所有人將貨物轉船裝運或卸貨進倉。逾期不辦者，由商港管理機關逕行卸貨進倉，並限期通知運送人或貨物所有人繳清各項費用後領取之。逾期未領者，得會同海關予以拍賣，所得價金，除抵繳各項費用外，其餘通知運送人或貨物所有人領回或依法提存。
立法說明
商港區域內因船務糾紛或其他原因滯留港區之船舶，不但積欠商港業務管理費用，且占據船席，使港區擁塞，妨害正常營運船舶之停靠，影響港區秩序及安全，形成嚴重之港區管理問題，故針對實際情形予以訂定，以利執行。
第二十二條
商港管理機關為配合船舶載運進口大宗民生必需品或工業原料之運輸，應優先指定船席停泊裝卸。
立法說明
本條規定大宗民生必需品或工業原料之進口，應由商港管理機關優先指定船席裝卸，以應民眾需要及發展本國經濟。
第二十三條
商港區域內停泊之船舶，其船員上岸休假，應由船長依規定予以限制。留船人數應有足以操縱船舶航行及應付緊急事變之能力。
立法說明
本條規定港區內停泊船舶留船人數應有之限制，以策安全。
第二十三條之一
在商港區域內經營船舶理貨業、船舶船員日用品供應業、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業、船舶小修業，應具備有關文書申請商港管理機關核發許可證，並依法辦理公司或商業登記後始得營業。
前項各業進入港區內從事有關勞務工作人員及車輛，均應申請商港管理機關核發通行證，並接受港務警察之檢查。
立法說明
一、本條新增。
二、為維護港區秩序，確保港區安全，特增訂本條，以應實際需要。
第二十三條之二
在商港區域內經營有關貨物裝卸、倉儲、駁運作業、服務旅客等棧埠管理事項之管理規則，由交通部定之。
立法說明
一、本條新增。
二、配合授權明確性之意旨，將本法第五十條第一項「國際商港棧埠管理規則，由交通部定之」移列於本條，並明列商港區域內棧埠管理規則之訂定內容，使授權訂定該規則之目的、內容及範圍，具體明確。
第四章 安全
第二十四條
船舶入港應於到達港區二十四小時前，出港應於十二小時前，由船舶所有人或其代理人填具船舶入港或出港預報表，送商港管理機關查核。
商港管理機關對於申請入港船舶，認有危及商港及公共安全之虞者，非俟其原因消失後，不准入港。
立法說明
本條第一項規定船舶入港及出港應辦理之事項。船況不良之船舶，如失去航行能力，船體遭受嚴重損害或傾斜度甚大，及船艙已發現漏水之船舶等，為防止沉沒於港內阻塞航道，得不准其入港，以策港區安全。
第二十五條
船舶入港至出港時，應懸掛中華民國國旗、船籍國國旗及船舶電臺呼號旗。
前項船舶電臺呼號旗，非將入港報告單檢送商港管理機關後，不得降下。
船舶入港報告單，應於二十四小時內檢送商港管理機關。
立法說明
本條就商港條例第三條及第五條加以合併修訂。為符合港口管制之規定，有國際船舶電臺呼號之船舶，均應懸掛其船舶電臺呼號旗。各港務局在例假及國定假日，均派有專人負責管理申請事項。
第二十六條
船舶入港，應依有關法令之規定辦理海關、衛生、移民及安全等之申報及檢查事項；出港時亦同。
立法說明
本條就商港條例第二十四條及第二十五條加以合併並參照領海及鄰接區公約之規定予以修訂。
第二十七條
前三條之規定，不適用於國內商港者，得由國內商港管理機關依實際情形另定之。
立法說明
第二十四條至第二十六條之規定，有僅適用於國際商港者，故本條特為明定，對於不適用於國內商港部分，由國內商港管理機關按其實際情形另為規定。
第二十八條
船舶入港，應依商港管理機關指定之船席或錨地停泊。但有危急情況須作必要之緊急停泊者，得於不妨害商港安全之情形下停泊，事後以書面申述理由向商港管理機關報備。
立法說明
本條就商港條例第四條、第七條、第八條及第十六條加以合併修訂。
第二十九條
核子船舶或裝載核子物料之船舶，非經原子能主管機關核准，不得入港。
前項船舶，應接受商港管理機關認為必要之檢查。其有危及公共安全之虞者，船長應立即處理，並以優先方法通知商港管理機關採取緊急措施。
立法說明
本條參照國際海上人命安全公約之規定制定。
第三十條
入港船舶裝載爆炸性、壓縮性、易燃性、氧化性、有毒性、傳染性、放射性、腐蝕性之危險物品者，應先申請商港管理機關指定停泊地點後，方得入港。
船舶在港區裝卸危險物品，應經商港管理機關之許可。商港管理機關對具有高度危險性之危險物品，應責令貨物所有人備妥裝運工具，於危險物品卸船後立即運離港區。其餘危險物品未能立即運離者，應指定危險品堆置場、所，妥為存放。
裝載危險物品之船舶，應依照規定，日間懸掛紅旗，夜間懸掛紅燈於最顯明易見之處。
立法說明
本條就商港條例第二十三條及國際危險品海運準則之危險品分類規定加以修訂。
第三十一條
船長於本航次航路上發現新生沙灘、暗礁或其他新障礙有礙航行者，應於入港時即行報告商港管理機關。
在商港區域內及其附近水域發現有礙船舶航行之新生沙灘、暗礁、或其他障礙物，主管機關應隨時公告，並以標識顯示之。
立法說明
一、本條就商港條例第六條修訂。
二、商港區域內之新生沙灘、暗礁，或其他障礙物，外來船舶不易明瞭，易生危險，主管機關應隨時公告，並以標識顯示之，藉以保障中外船舶航行之安全。
第三十二條
船舶在商港區域內及其附近水域發生海難或其他意外事故，船長應立即採取防止危險之緊急措施，並應以優先方法報告商港管理機關，以便施救。
立法說明
本條規定船舶在商港區域內或其附近水域發生海難之應有措施，以策港區及其附近水域之安全。
第三十三條
船舶在商港區域內因海難或其他意外事故致船舶擱淺、沉沒或故障漂流，船長除應依前條規定處理外，並應防止油料及其他有害物質外洩，避免海岸及沿海水域遭受污染損害。
立法說明
海洋污染防治法第三十二條第一項規定：「船舶發生海難或因其他事件，致污染海域或有污染之虞時，船長及船舶所有人應即採取措施以防止、排除或減輕污染，並即通知當地航政主管機關、港口管理機關及地方主管機關」。本條爰配合作文字修正，將商港管理機關權責，限定在商港區域內，以免法律競合，滋生執行之困擾。
第三十四條
（刪除）
立法說明
一、本條刪除。
二、海洋污染防治法第二十九條第一項：「船舶之廢（污）水、油、廢棄物或其他污染物質，除依規定得排洩於海洋者外，應留存船上或排洩於岸上收受設施。」已有明文規定，故刪。
第三十五條
（刪除）
立法說明
一、本條刪除。
二、海洋污染防治法第二十九條第二項及第三項：「各類港口管理機關應設置前項污染物之收受設施，並得收取必要之處理費用。前項處理費用之收取標準，由港口管理機關擬訂，報請目的事業主管機關核定之。」己有明文規定，故刪。
第三十五條之一
船舶排洩有害物質之限制、油輪操作手冊、船舶油貨紀錄簿、船舶污油水收受設備等防止船舶污染海水及商港區域內污染事故之處理等事項之管理規則，由交通部會商有關機關定之。
立法說明
一、本條新增。
二、參照海洋污染防治法第六章防止船舶對海洋污染規定，爰將原條文第五十條第一項「海水污染管理規則，由交通部定之」移列至本條，並酌作文字修正。
第三十六條
為維護船舶航行安全，救助遇難船舶，交通部得設立海難救護機構，其下並得設任務管制中心；其編組、任務管制中心之設置及其他應遵行事項之設立辦法，由交通部會商行政院海岸巡防署等有關機關定之。
中華民國國民或法人得經交通部許可，設立海難救護機構；其應具備之條件、設備、許可證之申請、審查、核發、撤銷或廢止及其他應遵行事項之管理辦法，由交通部定之。
立法說明
一、海水油污及有害物質之處理，已有海洋污染防治法規範，爰配合將相關文字刪除。
二、依據八十九年間陸續公布施行之海岸巡防法、災害防救法、海洋污染防治法等法律，海難救護相關事項之權責機關已有調整，爰配合作文字修正。
第三十七條
船舶在商港區域內或其附近水域，非經商港管理機關許可，不得施放信號彈、煙火或其他爆發物。如發生失火或緊急事故時，應鳴放汽笛及警鐘，日間並應懸掛警報旗號，夜間燃放信號彈、焰火或閃光。
立法說明
本條就商港條例第十八條、第二十二條合併修訂。
第三十八條
船舶在商港區域內除為遵守航行避碰規定，警告危險或其他告急時所必需者外，不得任意鳴放音響或信號。
立法說明
本條就商港條例第十九條修訂。
第三十九條
船舶應在商港管理機關指定之地點裝卸貨物或上下船員及旅客。
立法說明
本條就商港條例第十七條修訂。
第四十條
船舶在商港區域內應緩輪慢行，並不得於狹窄之航道追越他船或妨礙他船航行。
立法說明
本條就商港條例第九條修訂。
第四十一條
船舶在商港區域內非經商港管理機關許可，不得於妨礙他船航行之處將駁船或其他小船繫留於船旁。其裝有突出之橫木足礙他船航行者，應收進或拆除之。
船舶在商港區域內拖帶船舶，應依商港管理機關之規定。
立法說明
本條就商港條例第八條後段、第十三條及第十條予以合併修訂。
第四十二條
在商港區域內停泊或行駛之船舶，應依航行避碰及商港管理機關之規定。
立法說明
本條就商港條例第十二條並參照實際情形加以修訂。
第四十三條
商港管理機關對鄰近港口之船舶入、出口處陸上燈光之位置及強度，得予以適當之限制；如有被誤認其為港口航行之燈光或損害港口航行燈光之能見度者，得拆除之。
立法說明
本條參照國際海上人命安全公約之規定訂定。
第四十三條之一
第十八條至第二十五條、第二十八條至第三十條，第三十七條至前條有關船舶入出港、船舶在港停泊及停航、妨害港區安全行為、妨礙商港設施、危險物品之裝卸、遇難或避難船舶之管理、港區災害處理、港區工程作業船舶小修業及船舶船員日用品供應業之管理等港務管理事項之管理規則，由交通部定之。
立法說明
一、本條新增。
二、將本法第五十條第一項「國際商港港務管理規則，由交通部定之」移列於本條，並明列商港港務管理規則之訂定內容，使授權訂定該規則之目的、內容及範圍，具體明確。
第五章 罰則
第四十四條
船舶違反第二十九條、第三十條或第三十三條之規定，除涉及刑責依法處罰外，處船舶所有人或船長新臺幣三十萬元以上三百萬元以下罰鍰，因而發生損害者，並應依法賠償。
同一船舶在一年內再違反前項規定者，加倍處罰。
立法說明
一、配合修正條文第三十三條酌作文字修正。
二、罰鍰單位改以新臺幣核計，額度酌予提高，以應實際需要。
第四十五條
擅自占用、破壞港埠用地，或損壞港埠設施者，除涉及刑責依法處罰外，商港管理機關應責令行為人或其僱用人負責回復原狀、償還修復費用或依法賠償。
立法說明
本條規定擅自占用、破壞商港區域內之商港用地或損壞其商港設施者，除涉及刑責依法處罰外，授權商港管理機關責令行為人或其僱用人負責回復原狀，或償還修復費用，或依法訴請賠償其因此所受之損失。
第四十六條
違反第十七條、第十八條、第十九條或第二十三條之一規定者，處負責人或行為人新臺幣九萬元以上九十萬元以下罰鍰，並得按其情節責令拆除或勒令停工或停止營業；再違反者，並得沒入其打撈器材或採捕、放置之船、具、物料。
立法說明
罰鍰單位改以新臺幣核計，額度酌予提高，以應實際需要。
第四十七條
違反第十六條之一第二項、第十六條之二第一項、第二十條第一項、第二項、第二十三條、第二十四條第一項、第二十八條、第三十一條第一項、第三十二條，或第三十七條至第四十二條規定者，處船舶所有人、船長或負責人新臺幣六萬元以上六十萬元以下罰鍰；因而造成損害者，並依法賠償。
違反第二十條第三項規定者，沒入其船舶。
立法說明
一、配合修正條文刪除第三十四條、第三十五條，酌作文字修正。
二、增列違反第十六條之一第二項、第十六條之二第一項之罰則，以求周延。
三、罰鍰單位改以新臺幣核計，額度酌予提高，以應實際需要。
第四十七條之一
船舶理貨業、船舶船員日用品供應業、船舶貨物裝卸承攬業，拖駁船業、船舶小修業違反第十七條至第十九條規定，除依第四十六條規定處罰其負責人或行為人外，商港管理機關並得責令其限期改善；屆期未改善者，廢止其許可證。
打撈業設備或技術人員資格，經商港管理機關查驗或查核未達基準者，應限期補正；屆期不補正者，由商港管理機關報請交通部廢止其許可證。
打撈業侵占所打撈之沉船或物資者，由商港管理機關報請交通部予以不超過一年之定期停業處分或廢止其許可證。
立法說明
一、本條新增。
二、配合授權明確性之意旨，將船舶理貨業等各業許可證之廢止，分別自國際商港棧埠管理規則第一百十九條、國際商港港務管理規則第七十五條及打撈業管理規則第二十八條、第二十九條提升至本法中規定，俾符合行政程序法規定，並酌作修正。
第四十八條
依本法規定，應繳之商港服務費、商港設施使用、管理與其他服務費及應償還破壞港埠用地或損壞商港設施修復費，經限期繳納，屆期不繳納者，得勒令停止作業或禁止船舶入、出港。但經提供相當擔保者，不在此限。
依本法所處之罰鍰，經限期繳納，屆期不繳納者，依法移送強制執行。
立法說明
一、配合修正條文第十五條，將「商港建設費」修正為「商港服務費」。
二、商港服務費之收取、退還，不再委託海關辦理，爰刪除相關文字。
三、配合行政執行法自九十年一月一日施行，公法上金錢給付義務逾期不履行者，移送法務部行政執行署所屬行政執行處執行之規定，第三項酌作文字修正。
第六章 附則
第四十九條
交通部未於商港設管理機關者，其業務管理、經營，由交通部報請行政院以命令定之。
立法說明
福建省金門縣、連江縣現分別設有金門國內商港、馬祖國內商港，鑑於上開港埠一向均由各該縣政府港務處管理經營，為符實際，爰修正刪除「國際」二字，俾賦予法源。
第五十條
本法未規定事項涉及國際事務者，交通部得參照國際公約或協定及其附約所定規則、辦法、標準、建議或程式，採用施行。
立法說明
第一項規定內容已移列至第十七條第五項、第二十三條之二、第三十五條之一及第四十三條之一，爰配合刪除。
第五十條之一
依本法規定核准發給之證照，得徵收證照費；費額由交通部定之。
立法說明
一、本條新增。
二、參照航業法第六十九條、公路法第八十條、民用航空法第九十二條之一立法例增訂本條，以為收費依據。
第五十一條
本法自公布日施行。
修正條文第十五條之施行及現行條文第七條之刪除，其施行日期，由行政院定之。
立法說明
一、第一項未修正。
二、配合現行條文第七條之刪除及第十五條之修正，增訂第二項，明列其施行日期由行政院定之。