一、本條例係立基於先行確認國家行為之不法性，再進行賠償，與二二八事件處理及賠償條例（以下簡稱二二八條例）及戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例（以下簡稱補償條例）著重在對被害者賠（補）償不同。
二、惟受限於國家安全法第九條規定及因年代久遠，許多證據、判決資料及檔卷均已滅失或不易查找之事實，循司法救濟途徑平復過去不法追訴或審判之可能性，無論從法制面或實質面均大幅降低，為維護被害者及其家屬之權益，促轉條例第六條爰參酌德國立法例，採立法撤銷之方式平復威權統治時期之國家不法。
三、對於平復威權統治時期國家不法之模式，立法者既因其特殊性而選擇與司法救濟不同之路徑，本條例訂定平復國家不法後之賠償基準，自應一併考量。又轉型正義工程推展至今，國家對於被害者及其家屬之責任除過去受損權利之金錢賠償，亦應將資源配置於其晚年之關懷、照顧需求及政治受難傷痕之療癒等。綜上，考量國家轉型正義對被害者賠償及照顧之資源配置，並參酌過去二二八條例、補償條例及戒嚴時期人民受損權利回復條例（以下簡稱受損權利回復條例）之賠（補）償基準，爰訂定附表一之賠償基數表。
四、國家不法剝奪人民生命，屬對個人法益最嚴重之侵害，且威權統治時期國家不法行為致死亡或失蹤之被害者多屬青壯年人，並考量其在死亡前亦可能受到身體、人身自由、健康等其他侵害，故其賠償金應較其他權益受損者為高。爰參照第二項附表一換算之最高賠償金，訂定第一項，明定賠償金額為新臺幣一千二百萬元。
五、對於拘束人身自由之賠償方式，本條例參照二二八條例及補償條例採行基數制，並參考戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件受裁判者補償金核發標準（以下簡稱補償金核發標準）中之「執行死刑、徒刑、交付感化（訓）教育補償基數表」（以下簡稱補償基數表）所定之基數級距基準。惟該補償基數表因補償條例第五條第一項明定受裁判者最高補償六十個基數之限制，對於人身自由拘束期間十八年六個月以上者，僅能一律給予五十九個補償基數，致人身自由長期受拘束之被害者，無法獲得適當且相應之補償。經參酌上述情狀及現行對威權統治時期長期關押者關押期間之統計資料，爰訂定第二項之附表一。
六、綜合考量威權統治時期受到國家不法抓捕者，不僅是人身自由受到侵害，亦嚴重影響其生活、工作、家庭及人際關係，且過去雖有受損權利回復條例、二二八條例及補償條例處理相關賠（補）償事宜，惟前述條例於立法之初係以「補償」之概念使人民獲得國家給付，未論及國家行為之不法性，故提高過去二二八條例及補償條例之賠（補）償基準，將每基數之賠償金額提高至新臺幣十二萬元起算。惟依補償基數表之設計所計算出之補償金，若換算為日補償金，則有關押期間較短者之日補償金高於關押期間較長者之情形，故本條採階梯制之設計，以第二項搭配附表一之方式計算賠償金額，以求適度衡平。
七、被害者若有前條第一項第三款之情事，除人身自由受拘束期間之賠償金外，於第三項規定另增給新臺幣五十萬元之賠償金。另考量補償基金會依補償金核發標準第二條第二項及第四條，對於受死刑判決者於死刑執行前死亡、執行無期徒刑中死亡或准予保外就醫後於一個月內死亡者，增加其補償金，其增加之補償金額大於第三項增給之賠償金，已較本條例為優，採從優原則而不另增給賠償金，爰於但書另為排除規定。
八、被害者於本條例施行前死亡，其家屬依本節所領得之賠償金，屬於國家依法律規範之給付，並非繼承被害者之權利，復考量大陸地區人民相關公法上給付之衡平性及維護臺灣整體財政及公共利益，參酌補償條例第五條及臺灣地區與大陸地區人民關係條例第六十七條第一項，訂定第四項，明定大陸地區申請權人受領賠償金額上限為每人新臺幣二百萬元。又為杜絕爭議，明定超過大陸地區申請權人受領金額以外賠償金之受領權人及其順位。

為完整保障回復被害者或其家屬受損之權利，爰參酌犯罪被害人權益保障法第七十二條第一項有關犯罪被害補償金受領權利之體例，增訂請領本節所定賠償金之權利不得抵銷之規定。

一、於威權統治時期遭沒收、沒入等剝奪財產所有權之財產迄今已逾半世紀，故於規劃權利回復措施時，須考量社會發展以及對於各方面之影響。原財產上可能已有第三人之合法權利，依本條例原財產返還後，其使用、收益、處分可能因此而受到限制；考量國家現有之資源有限，為維持國防、教育、經濟發展等各項機能正常運作，以及對於被害者及其家屬金錢賠償外之照護，每年亦必須編列經費支應。綜合以上考量，為滿足社會就填補被害者因國家不法行為所受損害之合理期待，被害者全部被剝奪所有權之財產之價值合併計算後，對於金錢賠償之金額再進行比率調整。
二、德國刑事回復權利法、「處理未解決財產問題之替代賠償法」（簡稱替代賠償法，EntschG），採取訂定不同程度之限額，就價值總額超過各限額部分，依比率折算金錢賠償之金額，其就賠償總額超過一萬馬克，但未超過二萬馬克之部分，僅計百分之七十，逐步遞減至超過三百萬馬克部分，僅計百分之五。基於沒收、沒入等財產所有權被剝奪之財產損害程度，係依被害者之經濟能力而有所差別，財產價值總額較低之被害者，所受權利回復之財產，對於其經濟生活之維繫更為重要，本條例參考前開德國立法例為合宜規定。
三、具體之金錢賠償比率計算基準，按附表二計之。

一、本條新增。
二、為完整保障回復被害者或其家屬受損之權利，爰參酌修正條文第八條賠償金請領權利之體例，定明請求返還被剝奪財產所有權之權利，不得扣押、讓與、抵銷或供擔保。

照行政院提案修正通過。

一、原條文列為第一項，內容未修正。
二、增訂第二項，定明本條例修正條文之施行日期。