本局之次級機關及其業務如下：
一、各區養護工程分局：執行國道養護及管理事項。
二、各新建工程處：執行國道拓建及新建工程事項。

本法施行前交通部臺灣區國道高速公路局及所屬機關現職人員、交通部臺灣區國道新建工程局及所屬機關隨同業務移撥本局及所屬機關人員，依下列各款規定辦理：
一、以交通事業人員任用條例審定有案之佐級以上現職人員，得依交通事業人員與交通行政人員相互轉任資格及年資提敘辦法（以下簡稱二類人員轉任辦法）或行政、教育、公營事業人員相互轉任採計年資提敘官職等級辦法（以下簡稱三類人員轉任辦法）辦理轉任。以三類人員轉任辦法轉任者不受機關組織法規所定同官等職務十分之一員額及非現任或曾任主管職務不得轉任主管職務之限制。但已取得高一資位之資格尚未派補或轉任後所敘俸級較低或所支俸給總額較少或其他改任權益受損者，於中華民國一百十三年六月十八日前得選擇依原適用法令規定，並自期限屆滿翌日起，留任原職稱原敘定資位之職務至離職時為止。
二、以交通事業人員任用條例審定有案之現職士級人員於中華民國一百十三年六月十八日前，得依原適用法令規定或依取得高一資位之資格調任本局其他職務，並自期限屆滿翌日起，留任原職稱原敘定資位之職務至離職時為止。
三、派用人員派用條例（以下簡稱派用條例）廢止後，原依派用條例銓敘審定未具所敘官等職等任用資格者，仍依公務人員任用法第三十六條之一第一項第一款第二目規定辦理。
本法施行前之交通事業公路人員升資考試，於本法施行後五年內以辦理三次為限。
第一項第一款及第二款適用原法令規定人員，得參加交通事業公路人員升資考試；改調本局及所屬機關其他職務時，準用二類人員轉任辦法規定辦理。
第一項人員經依公務人員任用法規辦理轉任後，不得再選擇適用原法令規定。
本法施行前以交通事業人員任用條例審定有案之現職士級人員已參加勞工保險者，得以留任時審定之原資位原職務選擇繼續參加勞工保險；調任其他職務或升任高一資位時，應依規定參加公教人員保險。