一、第一項及第二項未修正。
二、第三項本文未修正；但書移列第四項規範，並修正如下：
(一)參考「國家機密保護法」部分條文修正審酌政府資訊應以公開為原則，限制為例外，如有限制開放必要應設有期限，以維護人民知的權利，將該法第十二條有關國家安全情報來源或管道之國家機密應永久保密之規定，修正為定期檢討，爰將原但書有關永久保密政治檔案之規定修正改採引述國家機密保護法條次方式，以維彈性。另考量該等國家機密涉及國家情報工作網絡之建立及安全維護，以及情報機關日常業務運用需要，又本條例係以開放政治檔案應用為目的，倘未解密前即移轉至檔案局管理，並無法達成開放應用目的，且為避免該等具高度機敏檔案原件於定期解降密檢討過程往返移動之風險等，爰明定於解密前，原件暫不移轉至檔案局管理，列為本項本文。
(二)基於衡平國家安全與轉型正義之公益，針對屬國家機密保護法第十二條所定國家機密之政治檔案，政府機關（構）應就涉及國家安全情報來源或管道之國家機密部分經複製及分離處理後，再將該等複製品置回檔案原案卷抽離處，併隨全案移轉至檔案局管理，俾利目錄資訊公布及檔案開放應用，爰增訂但書規定。至相關檔案目錄公布後，個人或團體如有申請應用該檔案保密部分之需要，自得依國家機密保護法第十條規定向核定機密之機關提出申請解除機密、變更機密等級或行政救濟。
三、依原條文之立法理由，於本條例公布施行後，政府機關（構）於第一項期間屆至後，應持續辦理政治檔案清查及報送，檔案局認有必要，亦得辦理專案徵集，現行實務亦據以執行在案。為符合現行實務執行情形，爰增訂第五項，以資明確。
四、考量威權統治不因金門、馬祖、東沙及南沙地區於八十一年十一月六日宣告解嚴而一夕瓦解，而係漸次衰退，且實務上檔案案情與二二八事件、動員戡亂體制或戒嚴體制具有延續性與關聯性，亦須漸次處理威權統治時期之遺緒，有擴大徵集政治檔案必要，以呈現完整圖像，爰增訂第六項規定八十一年十一月六日後產生之檔案或各類紀錄及文件，有事實足認其內容與二二八事件、動員戡亂體制或戒嚴體制關聯，管有是類檔案之政府機關（構）應併同報送檔案局；持有是類檔案之政黨、附隨組織及黨營機構亦應通報國家發展委員會；檔案局得予審定或國家發展委員會得調查、審定是類檔案為政治檔案。經審定為政治檔案後，政府機關（構）、政黨、附隨組織及黨營機構應於期限內移轉或移歸為國家檔案。另依法有權調查機關於其行使職權過程、一般機關或民眾發現是類檔案，亦得通報主管機關，併予敘明。

一、第一項未修正。
二、第二項原定保密逾三十年之政治檔案且無法律依據者，應予解密，係指該法律有明文保密義務及明定有保密期限（不包括法規命令及文書處理手冊等行政規則），爰於序文修正定明。
三、第三項修正如下：
(一)依修正條文第四條第五項規定，政府機關（構）仍應持續辦理政治檔案清查及報送，為配合前揭規定及符合現行實務執行情形，爰刪除「前條第一項規定」文字。
(二)為避免機關未依本項規定期限完成檢討解降密，參酌「國家機密保護法」部分條文修正第十二條、第三十九條之一有關屆期未完成檢討之效果，爰增訂後段規定原核定機關及其上級機關完成清查後未於六個月完成檢討解降密，自該期限屆滿之翌日起視為解除機密。
四、第四項由第三項後段移列，並修正如下：
(一)經查原法律除國家機密保護法外，尚未有其他保密義務之法律定有永久保密之期限規定，參考「國家機密保護法」部分條文修正第十二條有關國家安全情報來源或管道之國家機密，朝向刪除永久保密之規定，爰將第三項後段有關永久保密之規定修正改採引述國家機密保護法條次方式，以維彈性，並列為本項本文。
(二)考量政治檔案開放應用對落實轉型正義及還原歷史真相至關重要，為加速政治檔案開放應用，並兼顧國家機密保護，本條例參酌聯合國及國際檔案理事會等國際原則或立法例就政治檔案之解密為特別規範，爰於本文增訂屬國家機密保護法第十二條所定國家機密之政治檔案，至遲應自檔案全案中文件產生最早之日起算屆滿四十年解密。
(三)考量部分屬國家機密保護法第十二條之國家機密檔案如載有涉陸情報相關人員身分、國際或大陸地區情報工作部署等國家安全情報來源或管道，且其解密確有嚴重危害之虞，爰增訂但書規定國家機密檔案符合上開情形之一，且於屆滿四十年仍有延長保密之必要者，原核定機關應敘明具體事實及正當理由，逐次報請國家情報工作法主管機關核轉其上級機關覈實審認後同意延長保密，每次延長期限自同意日起算至多三年。
五、為促使原核定機關針對原列屬機密之政治檔案儘速依本次修正之第二項及第四項重新檢討解降密，以加速政治檔案開放應用，爰增訂第五項，各機關應於本條例修正施行後六個月內重新檢討原列屬機密之政治檔案，未依限完成檢討者，該等檔案自該期限屆滿之翌日起視為解除機密。
六、第四項移列為第六項，內容未修正。

一、第一項修正如下：
(一)序文及第一款至第四款未修正。
(二)針對私人文書之返還機制，檔案局已訂有國家檔案內含政治受難者私人文書申請返還作業要點，由於私人文書涉屬個人之財產權，故目前係參酌相關團體依二二八事件處理及賠償條例或戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例等認定為受難者、受裁判者或其家屬後，始通知得申請返還私人文書。配合一百十一年五月二十七日修正公布之促進轉型正義條例增訂第六條之一、第六條之二有關平復行政不法或司法不法規定，為保障上開條例檔案當事人或其繼承人權益，爰增訂第五款，明定檔案局應主動通知其得申請返還私人文書；第五款移列為第六款，內容未修正。
二、第二項除書所定逾三十年之政治檔案不予解密之法律依據，係指有明定保密義務及保密期限之法律，為期明確，爰修正定明該法律依據應定有保密期限或解密條件，並酌作文字修正。
三、第三項未修正。
四、為促進政治檔案開放應用，政府機關（構）於政治檔案移轉檔案局前，應落實機密檔案解降密檢討作業。如該等檔案於移轉檔案局時未核列密等或已解密，或於移轉後解密者，避免原移轉機關或原核定機關嗣後主張改列或重新核定為機密檔案，不符政治檔案最大開放應用之原則，亦不利於歷史真相公開及促成社會和解之立法目的，爰增訂第四項，明定未列密等或已解除機密之政治檔案，不得改列或重新核定為機密檔案。
五、私人文書返還作業之程序及作業等應遵行事項，由檔案局另定辦法，爰增訂第五項規定。

一、第一項未修正。
二、第二項修正如下：
(一)因應社會各界殷切期盼政治檔案公開，針對部分機關依國家機密保護法或國家情報工作法等法律規定，限制政治檔案之開放應用迭有關注，爰修正第一款，定明除依本條例規定得依法核定之機密檔案（例如依修正條文第五條第四項或符合第七條第二項除書等尚未解密之檔案）外，其餘檔案應開放應用。
(二)為落實政治檔案開放應用，原移轉機關不得以有嚴重影響國家安全或對外關係之虞限制已解密之政治檔案開放應用，爰刪除第二款；第三款移列為第二款，內容未修正。
三、個人資料保護法所稱個人，依該法施行細則第二條規定，指現生存之自然人，已死亡之人並非該法保護範圍，爰修正第三項但書，增訂該個人死亡者，檔案局得提供複製政治檔案所涉及該個人隱私部分。
四、配合第二項第二款刪除，爰第四項酌作修正。
五、依國家機密保護法第十一條第二項規定，國家機密保密期限自核定之日起算。為符合本條例加速政治檔案開放應用之立法意旨，爰修正第五項，增訂第五條第二項、第四項本文、第七條第二項有關解密年限之計算，與本條第四項年限之計算基準一致，均以該檔案全案中文件產生日最早者為計算基準。
六、第六項修正如下：
(一)情報機關未經檔案當事人同意而應用保防、偵防、安全管制等措施，秘密取得其家庭關係、伴侶關係、性別關係、涉個人生活私密領域之監聽（視）經逐字轉譯紀錄或其他高度個人隱私，如公開將嚴重侵害檔案當事人隱私，為保障其人格法益，爰增訂是類檔案中留有聯絡資訊或足資辨識其身分者，檔案局於人名索引公告前，應請戶政機關查復提供該聯絡資訊，俾利主動通知該檔案當事人，並告知其後續得依第一項申請閱覽、抄錄或複製檔案，如認檔案內容有錯誤或不完整，得依第七項規定申請加註補充意見附卷，及得依第九條第二項第二款規定表示檔案開放意見，以維其優先近用權及隱私權保護，惟通知顯有困難者，得以公告代之，以完備告知程序，充分確保檔案當事人得行使前揭權利之機會。
(二)原後段係屬當事人得申請加註補充附卷權利，與同項前段有關檔案局辦理事項之內容屬性不同，為明確規範體例，爰移列為第七項，內容未修正。
七、第七項移列為第八項，並配合一百十一年五月二十七日修正公布之促進轉型正義條例第六條有關平復司法不法規定，及第六條之一、第六條之二有關平復行政不法規定，修正第一款規定。
八、第八項移列為第九項，並配合項次之調整，修正援引之項次。

一、針對情報機關應用保防、偵防、安全管制等措施，未經檔案當事人同意而取得涉其高度個人隱私，且未屆滿七十年者，為強化對檔案當事人隱私權益之保護，爰參酌德國史塔西檔案法立法例，於第一項第一款增訂但書，並增訂第二項，除檔案當事人死亡、檔案局依修正條文第八條第六項規定主動通知檔案當事人並經其書面同意通案提供應用或申請人自行取得該當事人同意個案提供應用之書面文件，方可開放應用其高度個人隱私部分外，應就涉檔案當事人高度個人隱私部分經分離處理後提供。
二、為強化對檔案當事人隱私權益之保障，爰增訂第三項，規定申請人依法取得涉及檔案當事人個人隱私之複製品，非經該當事人同意不得重製、散布、播送或以其他方法供人閱覽，其保有、處理及利用應依包含個人資料保護法、兒童及少年福利與權益保障法及性侵害犯罪防治法等相關法律規定辦理，如有洩漏或違反相關法律規定者，應依各該法律規定追究刑事責任及裁處行政罰。
三、原第二項移列為第四項，並酌作文字修正。

一、第一項修正如下：
(一)配合修正條文第八條刪除原第二項第二款，同項第三款款次調整為第二款，爰修正引敘該條項之款次。
(二)為強化保護檔案當事人高度個人隱私，政府機關（構）檢調政治檔案涉及高度個人隱私，有依修正條文第九條第二項規定不得提供應用之情形，檔案局應不予提供，爰於除書增訂檔案局於上開情形應不予提供政治檔案中高度個人隱私部分之規定。
二、第二項及第三項未修正。

因應民眾知的權利意識高漲，各界對於政治檔案公開與研究訴求，以及政府後續推動平復行政不法所需事證資料，為落實轉型正義，還原歷史真相，避免部分機關（構）援引國家情報工作法第八條之事由延遲檔案開放時程，爰增訂不適用前開國家情報工作法之規定，以符本條例加速政治檔案開放應用之立法意旨。

一、一百十二年二月二十八日總統宣示，為推動轉型正義及加速政治檔案開放應用，本條例應於一年內完成修法程序。
二、為達成本條例還原歷史真相，落實轉型正義及促成社會和解之立法目的，爰將原條文列為第一項，並增訂第二項規定本次修正條文，自一百十三年二月二十八日施行。