大眾捷運系統主管機關：在中央為交通部；在省（市）為省（市）政府；在縣（市）為縣（市）政府。
路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關省（市）或縣（市）政府協議決定地方主管機關；協議不成者，依左列規定：
一、路網跨越二以上省（市）行政區域者，由交通部指定地方主管機關。
二、路網跨越二以上縣（市）行政區域者，由省政府指定地方主管機關。

為有效利用土地資源，促進地區發展，主管機關得自行或與私人、團體聯合辦理大眾捷運系統路線、場、站土地及其毗鄰地區土地之開發。
有下列情形之一者為前項所稱之毗鄰地區土地：
一、與捷運設施用地相連接者。
二、與捷運設施用地在同一街廓內，且能與捷運設施用地連成同一建築基地者。
三、與捷運設施用地相鄰之街廓而以地下道或陸橋相連通者。
第一項開發用地，主管機關得協調內政部或省（市）政府調整當地之土地使用分區管制或區域土地使用管制。
大眾捷運系統路線、場、站及其毗鄰地區辦理開發所需之土地，得依有償撥用、協議購買、市地重劃或區段徵收方式取得之；其依協議購買方式辦理者，主管機關應訂定優惠辦法，經協議不成者，得由主管機關依法報請徵收。
主管機關得會商都市計畫、地政等有關機關，於路線、場、站及其毗鄰地區劃定開發用地範圍，報請行政院核定後，先行依法辦理區段徵收，並於區段徵收公告期滿後一年內，發布實施都市計畫進行開發，不受都市計畫法第五十二條之限制。
前項開發用地，經規劃整理後，除依下列方式處理外，並依區段徵收相關法令規定辦理：
一、路線、場、站及相關附屬設施用地無償登記為主管機關所有。
二、依區段徵收相關法令得讓售及有償撥用以外之可供建築土地讓售與主管機關，其價格以可供讓售及有償撥用土地總面積除開發總費用所得之商數為準。
第一項開發之規劃、申請、審查、土地取得程序、開發方式、容許使用項目、獎勵及管理監督之辦法，由交通部會同內政部定之。
主管機關自行開發或參與聯合開發之公有土地及因開發所取得之不動產，其處分、設定負擔、租賃或收益，不受土地法第二十五條及國有財產法第二十八條之限制。

主管機關為辦理前條第一項之土地開發，得設立土地開發基金，其基金來源如下：
一、出售（租）因土地開發所取得之不動產及經營管理之部分收入。
二、主管機關循預算程序之撥款。
三、本基金利息收入。
四、其他收入。
前項基金之收支、保管及運用辦法，在中央，由中央主管機關擬訂，報請行政院核定發布；在地方，由地方主管機關定之。

政府建設之大眾捷運系統應由主管機關備具左列文書，報請上級主管機關核定後辦理：
一、經核定之規劃報告書。
二、初步工程設計圖說。
三、財源籌措計畫書。
四、工程實施計畫書。
五、大眾捷運系統營運機構之設立計畫及營運計畫書。
六、營運損益估計表。
民間投資建設之大眾捷運系統，應依規定期限備具前項各款文書及經核定路線土地所有權或使用權取得計畫書，向地方主管機關申請，經轉報中央主管機關核准後，始得籌辦。
民間經核准建設大眾捷運系統，如不能依規定期限申請籌辦時，得於期限屆滿前敘明理由申請核准展期；其展期以一次為限。
民間未依規定期限申請籌辦建設大眾捷運系統時，中央主管機關得撤銷建設之核准。

政府建設之大眾捷運系統工程，其開工與竣工期限應由大眾捷運系統工程建設機構擬訂，並報請中央主管機關核定；如不能依限開工竣工時，應敘明理由報請中央主管機關核准展期。
民間投資建設大眾捷運系統工程，其開工與竣工期限應由民間機構擬訂並報請地方主管機關核轉中央主管機關核准後施工；如不能依限開工或竣工時，應敘明理由報請地方主管機關核轉中央主管機關核准展期；無故不依限開工或竣工者，中央主管機關得撤銷其建設或施工核准。
前項施工之核准及撤銷業務，中央主管機關得授權地方主管機關辦理。
路網全部或一部工程完竣，應報請中央主管機關履勘；非經核准，不得營運。

大眾捷運系統因工程上之必要，得穿越公、私有土地之上空或地下，但應擇其對土地之所有人、占有人或使用人損害最少之處所及方法為之，並應支付相當之補償。
前項情形，必要時主管機關得就其需用之空間範圍協議取得地上權，協議不成時，準用徵收規定取得之。
前二項土地因大眾捷運系統之穿越，致不能為相當之使用時，其土地所有人得自施工之日起至開始營運後一年內請求徵收土地所有權，主管機關不得拒絕。
第一項、第二項土地所有人原設定地上權取得之對價，應在徵收土地補償金額內扣除之。
前四項土地上空或地下使用之程序、使用範圍、界線之劃分、登記、設定地上權、徵收、補償之審核辦法，由交通部會同內政部定之。

為發揮大眾捷運系統與公路運輸系統之整合功能，於大眾捷運系統營運前，在其路線運輸有效距離內，地方主管機關應會商當地公路主管機關重新調整公路汽車客運業或市區汽車客運業營運路線。
前項調整辦法，由省（市）主管機關訂定，報請中央主管機關核備。

大眾捷運系統營運機構增減資本、租借營業、抵押財產或移轉管理，應先經地方主管機關核准並報請中央主管機關備查。
大眾捷運系統營運機構全部或部分宣告停業或終止營業者，應報請地方主管機關核轉中央主管機關核准。
大眾捷運系統營運機構，如有經營不善或其他有損公共利益之重大情事者，主管機關得通知限期改善，屆期仍未改善或改善無效者，停止其營運之一部或全部。但情況緊急，遲延即有害交通安全或公共利益時，得立即令其停止營運之一部或全部。
受前項停止營運處分六個月以上仍未改善者，由中央主管機關撤銷其營運許可。
依第三項、第四項規定停止其營運之一部或全部或撤銷其營運許可時，地方主管機關應採取適當措施，繼續維持運輸服務，不使中斷。必要時，並得予以強制接管；其接管辦法，由中央主管機關定之。

民間投資建設大眾捷運系統工程，其施工應受主管機關監督管理。
民間投資建設之大眾捷運系統工程，如有施工進度嚴重落後、工程品管重大瑕疵或其他有損公共利益之重大情事者，主管機關得通知限期改善，屆期仍未改善或改善無效者，停止其施工一部或全部。但情況緊急，遲延即有害交通安全或公共利益者，得立即令其停止施工之一部或全部。
地方主管機關為前項停止施工處分前，應先報請中央主管機關同意；受停止施工處分六個月以上仍未改善者，由中央主管機關撤銷其建設或施工核准。
中央主管機關撤銷施工核准時，得強制收買該大眾捷運系統已有設施；其強制收買辦法，由中央主管機關定之。

大眾捷運系統地方主管機關，為維護大眾捷運系統路基、設施及行車安全，對大眾捷運系統兩側公、私有建築物與廣告物，得商請當地直轄市或縣（市）政府勘定範圍，公告禁止或限制建築及樹立，不受都市計畫土地使用分區管制之限制。其範圍內建築中或原有之建築物、廣告物及其他障礙物有礙大眾捷運系統之安全者，得指示或商請當地主管建築機關，依法限期修改或拆除；逾期不辦理者，逕行強制拆除之。但應給予相當補償；對補償有異議時，應報請上級主管機關核定後為之。
前項禁建、限建辦法，由交通部會同內政部定之。

大眾捷運系統營運機構有下列情形之一者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰：
一、違反第三十條規定，雇用未經技能檢定合格之技術人員擔任設施之操作及修護者。
二、違反第三十四條所定監督實施辦法，經地方主管機關通知改善而未改善者。
三、違反第三十五條第一項或第三十九條規定者。
四、違反第三十五條第二項或第三十六條規定，經主管機關通知改正而未改正者。
五、規避、妨礙或拒絕中央主管機關依第三十五條第二項之檢閱文件帳冊者。
六、違反第三十七條規定，未經核准兼營其他附屬事業者。
七、違反第四十一條規定或未依第四十二條規定對行車人員施予訓練與管理致發生行車事故者。
八、違反第四十四條第一項規定，未於適當處所標示安全規定者。
九、未依第四十七條規定投保責任保險或提存保證金者。
有前項第一款、第二款、第六款至第九款情形之一，並通知其限期改正或改善，屆期未改正或改善者，按日連續處罰；情節重大者，停止其營運之一部或全部或撤銷其營運許可。

大眾捷運系統營運機構有下列情形之一者，處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰：
一、違反第十五條第四項規定，未經履勘核准而營運者。
二、違反第二十九條第二項規定，未經核定或未依公告實施運價者。
三、非因不可抗力而停止營運者。
前項第一款情形，並令其立即停止營運，其未遵行者，按日連續處罰，前項第二款情形，並令其立即改正，其未改正者，按日連續處罰並得停止其營運之一部或全部或撤銷其營運許可。
第一項第三款情形，並令其立即恢復營運，其未遵行者，按日連續處罰，並得停止其營運之一部或全部或撤銷其營運許可。
大眾捷運系統營運機構受停止營運或撤銷營運許可處分或擅自停止營運時，地方主管機關應採取適當措施，繼續維持旅客運輸服務。

大眾捷運系統旅客運送、行車安全、修建養護、車輛機具檢修、行車人員技能體格檢查規則及附屬事業經營管理辦法，由省（市）主管機關擬訂，報請中央主管機關核定。