為輔導未登記工廠合法經營，中央主管機關應會商有關機關擬定相關措施辦理之；輔導期間自本法修正施行之日起七年。
於前項輔導期間屆滿前，特定地區內之未登記工廠，不適用第三十條第一款、區域計畫法第二十一條第一項、都市計畫法第七十九條有關違反土地或建築物之使用及建築法第八十六條第一款、第九十一條第一項第一款處罰之規定。
前項特定地區之範圍，由中央主管機關會商有關機關於本法修正施行之日起二年內公告之。

中華民國九十七年三月十四日前既有低污染之未登記工廠，其符合環境保護、消防、水利、水土保持等法律規定者，得於本法修正施行後二年內，向地方主管機關繳交登記回饋金，申請補辦臨時工廠登記，不受第十五條第二款、第三款規定之限制。
為避免擴增環境污染及危害公共安全，經依前項規定補辦臨時登記之工廠，其事業主體及工廠登記事項之變更，應予限制。
前二項有關低污染之認定基準、補辦臨時登記之程序、事業主體及工廠登記事項變更之限制、登記回饋金之數額、繳交程序與使用方式及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。
經補辦臨時登記之工廠，於臨時工廠登記失效前，不適用區域計畫法第二十一條第一項、都市計畫法第七十九條有關違反土地或建築物之使用及建築法第八十六條第一款、第九十一條第一項第一款處罰之規定。
經補辦臨時登記之工廠，應自第一項規定之二年期限屆滿之日起五年內取得土地及建築物合法使用之證明文件；屆期未取得者，補辦之臨時工廠登記證明文件，自屆滿之日起失其效力，地方主管機關應依第三十條規定處罰。