一、第一項鑒於氣候變遷致水資源日益缺乏，水資源之控管分配日益重要，惟考量如為民生必需及節省行政成本，在第二項不妨害公共或他人用水利益之前提下，應可免為水權登記，爰除第一款、第四款未修正外，修正如下：
(一)第二款在私有土地內挖塘之行為非屬用水行為；第三款在私有土地內鑿井汲水之出水量每日可達一百四十四噸，不利於地下水保育，均予刪除。
(二)依原住民族基本法第十九條第一項第四款及第二項規定，原住民得在原住民族地區依法從事利用水資源之非營利行為，且為以傳統文化、祭儀或自用為限。考量該用水行為屬非常態或取用量少，爰增訂第二款，規定前述用水行為免為水權登記。
(三)溫泉水源基於簡政便民及節省行政資源等考量，如部分家用住宅溫泉，其溫泉使用量小，經估算一般家庭浴缸容量為一立方公尺，每戶六人計，每日約需二立方公尺，不致影響各地溫泉總量管制，爰增訂第三款規定。
二、第二項之「公共水利事業」恐遭誤解為自來水公司之利益，爰修正為公共用水利益，以符立法原意。另免為水權登記原係因應用水量少之簡化便民措施，惟就水資源分配及水權管理之立場，使用水資源仍以登記為宜，且因應水資源日漸短缺，如有區域水源不足，不宜任由多數小水量之使用，而必須有效管理調度、提高使用效率，以避免影響整體民生用水所需之公共用水利益，爰予修正第一項免為水權登記之用水，有妨害公共或他人用水利益之虞者，經主管機關認定後，得酌予限制，或令其辦理水權登記。
三、配合第一項修正免為水權登記之適用範圍，增訂第三項過渡條款，規定本法本次修正之條文施行前，在私有土地內鑿井汲水，其出水量每分鐘在一百公升以下者，除依第一項規定免為水權登記者外，主管機關應訂定計畫令其限期辦理水權登記。於實務執行上，因鑿井引水須先依本法第四十六條規定申請核准，故主管機關可掌握通知對象，另亦可經由主動清查、行為人主動申報或民眾檢舉等管道，建立原適用免為水權登記而須補辦之清單，並依本項規定通知其辦理水權登記。

一、有關劃定地下水管制區，加強管理地下水使用行為之規定，除係為防止地下水超抽引起地層下陷等災害外，鑒於未來地面水源開發不易，將提高對地下水資源之依存度，為避免不當利用致地下水資源枯竭，爰修正原條文第一項規定，並酌作文字修正。另增列授權中央主管機關訂定相關管制辦法之內容及範圍，以符授權明確性原則。
二、考量中央農業主管機關有業管農業灌溉之責，爰增訂第二項，相關辦法中央主管機關應會商中央農業主管機關定之。
三、原條文第二項項次遞移為第三項，並將句首「前項」2字修正為：「第一項」。劃定地下水管制區前已取得之水權，屬於合法行政處分，嗣後如有限制或禁止其開發之必要，應廢止原行政處分，爰將句尾之「撤銷」修正為「廢止」。

一、本條新增。
二、為利中央主管機關為水資源總量管制及有效分配，並完備核定用水計畫之法律依據及法律效果，爰增訂第一項。
三、第二項規定開發單位於用水計畫核定後，應定期申報用水情形之責任，並賦予中央主管機關得查核開發單位用水情形之權限。
四、第三項規定用水計畫經核定或修正後，開發單位各分年分期之實際用水情形與用水計畫內容不符達一定比率或規模者，應提出差異分析報告，送中央主管機關審查、調整；倘實際用水情形超過終期計畫用水量，則需依第一項程序辦理計畫修正。
五、第四項規定開發單位經核定用水計畫後三年內未實施開發行為者，應於屆期二個月前，辦理展期或撤案，及未辦理之效果，並明定展期期限及次數。
六、第五項規定供水單位於用水計畫或修正用水計畫核定後始得供水，課予供水單位管控用水之責任。
七、於本法本次修正前業經目的事業主管機關核定之開發行為，其未提出用水計畫者，或因其生產方式、產業類別及用水型態變更，或因部分開發案用水成長超出原供水規劃或管線供水能力，導致影響區域民眾生活用水需求，為公益需要，需作區域用水總量管控，爰於第六項規定，前述開發行為其計畫用水量達一定規模者，中央主管機關得令開發單位或用水人限期依第一項規定之程序提出用水計畫。
八、第七項授權中央主管機關對第一項至第六項之開發行為、開發單位、用水人、一定規模、一定比率、用水計畫與差異分析報告之內容、提送、審查、核定、展期、撤案、廢止、用水情形之申報與查核及其他應遵行事項，訂定辦法，以資適用。

一、本條新增。
二、為促使耗用水資源者採取積極性節約用水措施，爰於第一項規定得向用水超過一定水量之用水人徵收耗水費，但對已落實執行節水措施者，得於百分之六十範圍內，酌予減徵。
三、104年修正之水價計算公式及詳細項目已將保育及因應乾旱災害準備(含節約用水措施)納入自來水成本(台北市政府已自105年3月1日起調整水價，並依水價公式計入保育與節水成本)，為避免造成用水人重複負擔政府保育與節水支出，爰於第二項增列減徵或免徵之但書規定。
四、鑒於各標的用水規模有異、計量設備裝設普及率不同及應採行節水措施與方法迥異，爰於第三項授權中央主管機關就耗水費之計算與徵收方式、徵收對象、繳納期限、節水措施、減徵範圍與方式及其他相關事項，另定辦法，以利執行。
五、依第一項規定徵收之耗水費將納入水資源作業基金專款專用於水資源管理、再生水資源發展及節約用水推動，爰於第四項予以規範。

一、配合修正條文第五十四條之三及第八十四條之一規定，修正第一項主管機關或水利機關得強制檢查之事由。
二、有關違反本法禁止或限制規定，包含本法第四十六條、第四十七、第五十四條之一、第六十三條之五、第七十八條、第七十八條之三及修正條文第五十四條之三等規定。
三、增列第二項：「實施前項檢查時，應先通知或公告。但有妨礙檢查目的之虞者，不在此限。」。
四、原第二項至第四項項次，遞移為第三項至第五項。第三項，將句首「前項」修正為「第一項」及句中「或足資辨別之標誌」等文字，修正為「或顯示足資辨別之標誌」。第五項，末句修正為「並得按次處罰及強制檢查。」。

一、本條新增。
二、配合修正條文第五十四條之三規定，增訂開發單位及供水單位違反該條相關規定之罰責。

一、本條新增。
二、配合修正條文第五十四條之三規定，增訂開發單位及用水人未依該條規定辦理之相關罰責。

一、原條文第一項至第二項未修正。
二、原條文第三項項末增列：「核發是項證明文件免徵規費。」等文字。
三、依第三項規定，申請免徵遺產稅、贈與稅，或不課徵土地增值稅者，須檢附主管機關核發其土地使用現狀未違反本法規定之證明文件。主管機關為查明其土地使用現狀是否違反本法規定，須轉由各管理機關（構）現地勘查後，陳報主管機關核發證明文件，程序繁複、曠日費時。為簡政便民，爰增訂第四項規定，主管機關得委託各水庫管理機關（構）核發水庫蓄水範圍之證明文件；至海堤區域、河川區域及排水設施範圍之證明文件，得委任所屬機關核發。

按本法施行細則僅規範執行本法之細節性、技術性事項，爰修正為由中央主管機關定之。