個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之：
第一類：營利所得：公司股東所獲分配之股利總額、合作社社員所獲分配之盈餘總額、合夥組織營利事業之合夥人每年度應分配之盈餘總額、獨資資本主每年自其獨資經營事業所得之盈餘總額及個人一時貿易之盈餘皆屬之。
公司股東所獲分配之股利總額或合作社社員所獲分配之盈餘總額，應按股利憑單所載股利淨額或盈餘淨額與可扣抵稅額之合計數計算之；合夥人應分配之盈餘總額或獨資資本主經營獨資事業所得之盈餘總額，應按核定之營利事業所得額計算之。
第二類：執行業務所得：凡執行業務者之業務或演技收入，減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備之折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用之藥品、材料等之成本、業務上雇用人員之薪資、執行業務之旅費及其他直接必要費用後之餘額為所得額。
執行業務者至少應設置日記帳一種，詳細記載其業務收支項目；業務支出，應取得確實憑證。帳簿及憑證最少應保存五年；帳簿、憑證之設置、取得、保管及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
執行業務者為執行業務而使用之房屋及器材、設備之折舊，依固定資產耐用年數表之規定。執行業務費用之列支，準用本法有關營利事業所得稅之規定；其帳簿、憑證之查核、收入與費用之認列及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
第三類：薪資所得：凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得：
一、薪資所得之計算，以在職務上或工作上取得之各種薪資收入為所得額。
二、前項薪資包括：薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利及各種補助費。但為雇主之目的，執行職務而支領之差旅費、日支費及加班費不超過規定標準者，及依第四條規定免稅之項目，不在此限。
三、依勞工退休金條例規定自願提繳之退休金或年金保險費，合計在每月工資百分之六範圍內，不計入提繳年度薪資所得課稅；年金保險費部分，不適用第十七條有關保險費扣除之規定。
第四類：利息所得：凡公債、公司債、金融債券、各種短期票券、存款及其他貸出款項利息之所得：
一、公債包括各級政府發行之債票、庫券、證券及憑券。
二、有獎儲蓄之中獎獎金，超過儲蓄額部分，視為存款利息所得。
三、短期票券指期限在一年期以內之國庫券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、商業本票及其他經目的事業主管機關核准之短期債務憑證。
短期票券到期兌償金額超過首次發售價格部分為利息所得，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不併計綜合所得總額。
第五類：租賃所得及權利金所得：凡以財產出租之租金所得，財產出典典價經運用之所得或專利權、商標權、著作權、秘密方法及各種特許權利，供他人使用而取得之權利金所得：
一、財產租賃所得及權利金所得之計算，以全年租賃收入或權利金收入，減除必要損耗及費用後之餘額為所得額。
二、設定定期之永佃權及地上權取得之各種所得，視為租賃所得。
三、財產出租，收有押金或任何款項類似押金者，或以財產出典而取得典價者，均應就各該款項按當地銀行業通行之一年期存款利率，計算租賃收入。
四、將財產借與他人使用，除經查明確係無償且非供營業或執行業務者使用外，應參照當地一般租金情況，計算租賃收入，繳納所得稅。
五、財產出租，其約定之租金，顯較當地一般租金為低，稽徵機關得參照當地一般租金調整計算租賃收入。
第六類：自力耕作、漁、牧、林、礦之所得：全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額。
第七類：財產交易所得：凡財產及權利因交易而取得之所得：
一、財產或權利原為出價取得者，以交易時之成交價額，減除原始取得之成本，及因取得、改良及移轉該項資產而支付之一切費用後之餘額為所得額。
二、財產或權利原為繼承或贈與而取得者，以交易時之成交價額，減除繼承時或受贈與時該項財產或權利之時價及因取得、改良及移轉該項財產或權利而支付之一切費用後之餘額為所得額。
三、個人購買或取得股份有限公司之記名股票或記名公司債、各級政府發行之債券或銀行經政府核准發行之開發債券，持有滿一年以上者，於出售時，得僅以其交易所得之半數作為當年度所得，其餘半數免稅。
第八類：競技、競賽及機會中獎之獎金或給與：凡參加各種競技比賽及各種機會中獎之獎金或給與皆屬之：
一、參加競技、競賽所支付之必要費用，准予減除。
二、參加機會中獎所支付之成本，准予減除。
三、政府舉辦之獎券中獎獎金，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不併計綜合所得總額。
第九類：退職所得：凡個人領取之退休金、資遣費、退職金、離職金、終身俸、非屬保險給付之養老金及依勞工退休金條例規定辦理年金保險之保險給付等所得。但個人歷年自薪資所得中自行繳付之儲金或依勞工退休金條例規定提繳之年金保險費，於提繳年度已計入薪資所得課稅部分及其孳息，不在此限：
一、一次領取者，其所得額之計算方式如下：
(一)一次領取總額在十五萬元乘以退職服務年資之金額以下者，所得額為零。
(二)超過十五萬元乘以退職服務年資之金額，未達三十萬元乘以退職服務年資之金額部分，以其半數為所得額。
(三)超過三十萬元乘以退職服務年資之金額部分，全數為所得額。
退職服務年資之尾數未滿六個月者，以半年計；滿六個月者，以一年計。
二、分期領取者，以全年領取總額，減除六十五萬元後之餘額為所得額。
三、兼領一次退職所得及分期退職所得者，前二款規定可減除之金額，應依其領取一次及分期退職所得之比例分別計算之。
第十類：其他所得：不屬於上列各類之所得，以其收入額減除成本及必要費用後之餘額為所得額。但告發或檢舉獎金除依第八十八條規定扣繳稅款外，不併計綜合所得總額。
前項各類所得，如為實物、有價證券或外國貨幣，應以取得時政府規定之價格或認可之兌換率折算之；未經政府規定者，以當地時價計算。
個人綜合所得總額中，如有自力經營林業之所得、受僱從事遠洋漁業，於每次出海後一次分配之報酬、一次給付之撫卹金或死亡補償，超過第四條第一項第四款規定之部分及因耕地出租人收回耕地，而依平均地權條例第七十七條規定，給予之補償等變動所得，得僅以半數作為當年度所得，其餘半數免稅。
第一項第九類規定之金額，每遇消費者物價指數較上次調整年度之指數上漲累計達百分之三以上時，按上漲程度調整之。調整金額以千元為單位，未達千元者按百元數四捨五入；其公告方式及所稱消費者物價指數準用第五條第四項之規定。

自中華民國九十六年一月一日起，個人持有公債、公司債及金融債券之利息所得，應依第八十八條規定扣繳稅款，不併計綜合所得總額。
前項利息所得不適用第十七條第一項第二款第三目之三儲蓄投資特別扣除之規定；其扣繳稅額不得自納稅義務人綜合所得稅結算申報應納稅額中減除。

營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。
營利事業有第十四條第一項第四類利息所得中之短期票券利息所得，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。
總機構在中華民國境外之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。

營利事業持有公債、公司債及金融債券，應按債券持有期間，依債券之面值及利率計算利息收入。
前項利息收入依規定之扣繳率計算之稅額，得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。
營利事業於二付息日間購入第一項債券並於付息日前出售者，應以售價減除購進價格及依同項規定計算之利息收入後之餘額為證券交易所得或損失。

營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：
一、繳納屬八十七年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額。
二、因投資於中華民國境內其他營利事業，獲配屬八十七年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。
三、八十七年度或以後年度短期票券利息所得之扣繳稅款按持有期間計算之稅額。
四、以法定盈餘公積或特別盈餘公積撥充資本者，其已依第六十六條之四第一項第三款規定減除之可扣抵稅額。
五、因合併而承受消滅公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額。但不得超過消滅公司帳載累積未分配盈餘，按稅額扣抵比率上限計算之稅額。
六、其他經財政部核定之項目及金額。
營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如左：
一、前項第一款規定之情形，以現金繳納者為繳納稅款日；以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者為年度決算日。
二、前項第二款規定之情形，為獲配股利或盈餘日。
三、前項第三款規定之情形，為短期票券轉讓日或利息兌領日。
四、前項第四款規定之情形，為撥充資本日。
五、前項第五款規定之情形，為合併生效日。
六、前項第六款規定之情形，由財政部以命令定之。
營利事業之左列各款金額，不得計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：
一、依第九十八條之一規定扣繳之營利事業所得稅。
二、以受託人身分經營信託業務所繳納之營利事業所得稅及獲配股利或盈餘之可扣抵稅額。
三、改變為應設股東可扣抵稅額帳戶前所繳納之營利事業所得稅。
四、繳納屬八十六年度或以前年度之營利事業所得稅。
五、繳納之滯報金、怠報金、滯納金、罰鍰及加計之利息。

納稅義務人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但短期票券利息所得之扣繳稅款及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。
中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦結算申報。但申請退還扣繳稅款及可扣抵稅額者，仍應辦理申報。
前二項所稱可扣抵稅額，係指股利憑單所載之可扣抵稅額及獨資資本主、合夥組織合夥人所經營事業繳納之營利事業所得稅額。

非中華民國境內居住之個人，及依第七十三條規定繳納營利事業所得稅之營利事業，其獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，不適用第三條之一規定。但獲配股利總額或盈餘總額所含稅額，其屬依第六十六條之九規定，加徵百分之十營利事業所得稅部分之稅額，得抵繳該股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅額。
前項規定之抵繳稅額，應以獲配股利淨額或盈餘淨額之百分之十為準，按分配日已加徵百分之十營利事業所得稅之盈餘，占累積未分配盈餘之比例計算之。

納稅義務人有下列各類所得者，應由扣繳義務人於給付時，依規定之扣繳率或扣繳辦法，扣取稅款，並依第九十二條規定繳納之：
一、公司分配予非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業之股利淨額；合作社、合夥組織或獨資組織分配予非中華民國境內居住之社員、合夥人或獨資資本主之盈餘淨額。
二、機關、團體、學校、事業、破產財團或執行業務者所給付之薪資、利息、租金、佣金、權利金、競技、競賽或機會中獎之獎金或給與、退休金、資遣費、退職金、離職金、終身俸、非屬保險給付之養老金、告發或檢舉獎金、執行業務者之報酬，及給付在中華民國境內無固定營業場所或營業代理人之國外營利事業之所得。
三、第二十五條規定之營利事業，依第九十八條之一之規定，應由營業代理人或給付人扣繳所得稅款之營利事業所得。
四、第二十六條規定在中華民國境內無分支機構之國外影片事業，其在中華民國境內之營利事業所得額。
本條各類所得之扣繳率及扣繳辦法，由財政部擬訂，報請行政院核定。

前條各類所得稅款，其扣繳義務人及納稅義務人如下：
一、公司分配予非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業之股利淨額；合作社、合夥組織或獨資組織分配予非中華民國境內居住之社員、合夥人或獨資資本主之盈餘淨額，其扣繳義務人為公司、合作社、合夥組織或獨資組織負責人；納稅義務人為非中華民國境內居住之個人股東、總機構在中華民國境外之營利事業股東、非中華民國境內居住之社員、合夥人或獨資資本主。
二、薪資、利息、租金、佣金、權利金、執行業務報酬、競技、競賽或機會中獎獎金或給與、退休金、資遣費、退職金、離職金、終身俸、非屬保險給付之養老金、告發或檢舉獎金，及給付在中華民國境內無固定營業場所或營業代理人之國外營利事業之所得，其扣繳義務人為機關、團體、學校之責應扣繳單位主管、事業負責人、破產財團之破產管理人及執行業務者；納稅義務人為取得所得者。
三、依前條第一項第三款規定之營利事業所得稅扣繳義務人，為營業代理人或給付人；納稅義務人為總機構在中華民國境外之營利事業。
四、國外影片事業所得稅款扣繳義務人，為營業代理人或給付人；納稅義務人為國外影片事業。
扣繳義務人未履行扣繳責任，而有行蹤不明或其他情事，致無從追究者，稽徵機關得逕向納稅義務人徵收之。
機關、團體、學校、事業、破產財團或執行業務者每年所給付依前條規定應扣繳稅款之所得，及第十四條第一項第十類之其他所得，因未達起扣點，或因不屬本法規定之扣繳範圍，而未經扣繳稅款者，應於每年一月底前，將受領人姓名、住址、國民身分證統一編號及全年給付金額等，依規定格式，列單申報主管稽徵機關；並應於二月十日前，將免扣繳憑單填發納稅義務人。

第三條之四信託財產發生之收入，扣繳義務人應於給付時，以信託行為之受託人為納稅義務人，依前二條規定辦理。但扣繳義務人給付第三條之四第五項規定之公益信託之收入，除短期票券利息所得、政府舉辦之獎券中獎獎金外，得免依第八十八條規定扣繳稅款。
信託行為之受託人依第九十二條之一規定開具扣繳憑單時，應以前項各類所得之扣繳稅款為受益人之已扣繳稅款；受益人有二人以上者，受託人應依第三條之四第二項規定之比例計算各受益人之已扣繳稅款。
受益人為非中華民國境內居住之個人或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業者，應以受託人為扣繳義務人，就其依第三條之四第一項、第二項規定計算之該受益人之各類所得額，依第八十八條規定辦理扣繳。但該受益人之前項已扣繳稅款，得自其應扣繳稅款中減除。
第三條之四第五項、第六項規定之公益信託或信託基金，實際分配信託利益時，應以受託人為扣繳義務人，依前二條規定辦理。

第八十八條各類所得稅款之扣繳義務人，應於每月十日前將上一月內所扣稅款向國庫繳清，並於每年一月底前將上一年內扣繳各納稅義務人之稅款數額，開具扣繳憑單，彙報該管稽徵機關查核；並應於二月十日前將扣繳憑單填發納稅義務人。但營利事業有解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人應隨時就已扣繳稅款數額，填發扣繳憑單，並於十日內向該管稽徵機關辦理申報。
非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有第八十八條規定各類所得時，扣繳義務人應於代扣稅款之日起十日內，將所扣稅款向國庫繳清，並開具扣繳憑單，向該管稽徵機關申報核驗。

扣繳義務人於扣繳稅款時，應隨時通知納稅義務人，並依本法第九十二條之規定，填具扣繳憑單，發給納稅義務人，如原扣稅額與稽徵機關核定稅額不符時，扣繳義務人於繳納稅款後，應將溢扣之款，退還納稅義務人，不足之數由扣繳義務人補繳。但扣繳義務人得向納稅義務人追償之。
對非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，扣繳之稅款，應由扣繳義務人填具扣繳憑單，報經稽徵機關核驗後發給納稅義務人。

納稅義務人每年結算申報所得額經核定後，稽徵機關應就納稅義務人全年應納稅額，減除暫繳稅額、未抵繳之扣繳稅額、可扣抵稅額及申報自行繳納稅額後之餘額，填發繳款書，通知納稅義務人繳納。但短期票券利息所得之扣繳稅款及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。
納稅義務人結算申報，經核定有溢繳稅款者，稽徵機關應填發收入退還書或國庫支票，退還溢繳稅款。
其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；應補稅之納稅義務人，應於繳款書送達後十日內繳納之。
前第二、三兩項應退之稅款，稽徵機關於核定後，應儘速填發收入退還書或國庫支票送達納稅義務人，至遲不得超過十日，收入退還書之退稅期間以收入退還書送達之日起三個月內為有效期間，逾期不退。
納稅義務人依第一百零二條之二規定申報之未分配盈餘，經稽徵機關核定補稅或退稅者，準用第一項至第四項之規定。