綜合所得稅之標準扣除額、薪資所得特別扣除額及殘障特別扣除額以第十七條規定之金額為基準，其計算調整方式，準用第五條第一項及第四項之規定。
前項扣除額及第五條免稅額之基準，應依所得水準及基本生活變動情形，每三年評估一次。

按前三條規定計得之個人綜合所得總額，減除下列免稅額及扣除額後之餘額，為個人之綜合所得淨額：
一、免稅額：納稅義務人按規定減除其本人、配偶及合於下列規定扶養親屬之免稅額；納稅義務人本人及其配偶年滿七十歲者，免稅額增加百分之五十。但依第十五條第二項規定分開計算稅額者，納稅義務人不得再減除薪資所得分開計算者之免稅額：
(一)納稅義務人及其配偶之直系尊親屬，年滿六十歲，或無謀生能力，受納稅義務人扶養者。其年滿七十歲受納稅義務人扶養者，免稅額增加百分之五十。
(二)納稅義務人之子女未滿二十歲，或滿二十歲以上，而因在校就學、身心殘障或因無謀生能力受納稅義務人扶養者。
(三)納稅義務人及其配偶之同胞兄弟、姊妹未滿二十歲者，或滿二十歲以上，而因在校就學、或因身心殘障或因無謀生能力受納稅義務人扶養者。
(四)納稅義務人其他親屬或家屬，合於民法第一千一百十四條第四款及第一千一百二十三條第三項之規定，未滿二十歲或滿六十歲以上無謀生能力，確係受納稅義務人扶養者。但受扶養者之父或母如屬第四條第一款及第二款之免稅所得者，不得列報減除。
二、扣除額：納稅義務人就下列標準扣除額或列舉扣除額擇一減除外，並減除特別扣除額：
(一)標準扣除額：納稅義務人個人扣除三萬八千元；有配偶者加倍扣除之。
(二)列舉扣除額：
1.捐贈：對於教育、文化、公益、慈善機構或團體之捐贈總額最高不超過綜合所得總額百分之二十為限。但有關國防、勞軍之捐贈及對政府之捐獻，不受金額之限制。
2.保險費：納稅義務人本人、配偶及直系親屬之人身保險、勞工保險及軍、公、教保險之保險費，每人每年扣除數額以不超過二萬四千元為限。但全民健康保險之保險費不受金額限制。
3.醫藥及生育費：納稅義務人及其配偶或受扶養親屬之醫藥費及生育費，以付與公立醫院、公務人員保險特約醫院、勞工保險特約醫療院、所，或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限。但受有保險給付部分，不得扣除。
4.災害損失：納稅義務人及其配偶與扶養親屬遭受不可抗力之災害損失。但受有保險賠償或救濟金部分，不得扣除。
5.購屋借款利息：納稅義務人購買自用住宅，向金融機構借款所支付之利息，其每一申報戶每年扣除數額以三十萬元為限。但申報有儲蓄投資特別扣除額者，其申報之儲蓄投資特別扣除金額，應在上項購屋借款利息中減除；納稅義務人依上述規定扣除購屋借款利息者，以一屋為限。
6.房屋租金支出：納稅義務人及其配偶與受扶養直系親屬在中華民國境內租屋供自住且非供營業或執行業務使用者，其所支付之租金，每一申報戶每年扣除數額以十二萬元為限。但申報有購屋借款利息者，不得扣除。
(三)特別扣除額：
1.財產交易損失：納稅義務人及其配偶、扶養親屬財產交易損失，其每年度扣除額，以不超過當年度申報之財產交易之所得為限；當年度無財產交易所得可資扣除，或扣除不足者，得以以後三年度之財產交易所得扣除之。財產交易損失之計算，準用第十四條第一項第七類關於計算財產交易增益之規定。
2.薪資所得特別扣除：納稅義務人及與納稅義務人合併計算稅額報繳之個人有薪資所得者，每人每年扣除七萬五千元，其申報之薪資所得未達七萬五千元者，就其薪資所得額全數扣除。配偶依第十五條第二項規定分開計算稅額者，每年扣除七萬五千元，其申報之薪資所得未達七萬五千元，就其薪資所得額全數扣除。
3.儲蓄投資特別扣除：納稅義務人及與其合併報繳之配偶暨受其扶養親屬於金融機構之存款、公債、公司債、金融債券之利息、儲蓄性質信託資金之收益及公司公開發行並上市之記名股票之股利，合計全年不超過二十七萬元者，得全數扣除，超過二十七萬元者，以扣除二十七萬元為限。但依郵政儲金法規定免稅之存簿儲金利息及本法規定分離課稅之短期票券利息不包括在內。
4.殘障特別扣除：納稅義務人及與其合併報繳之配偶暨受其扶養親屬如為身心障礙者保護法第三條規定之殘障者，及精神衛生法第五條第二項規定之病人，每人每年扣除六萬三千元。
5.教育學費特別扣除：納稅義務人之子女就讀大專以上院校之子女教育學費每年得扣除二萬五千元。但空中大學、專校及五專前三年及已接受政府補助或領有獎學金者除外。
納稅義務人或其配偶之薪資所得依第十五條第二項規定，分開計算稅額者，該薪資所得者之免稅額及薪資所得特別扣除額，應自分開計算稅額之薪資所得中減除；其餘符合前項規定之免稅額或扣除額，不得自分開計算稅額之薪資所得中減除，應一律由納稅義務人申報減除。
依第七十一條規定應辦理結算申報而未辦理，經稽徵機關核定應納稅額者，均不適用第一項第二款第二目列舉扣除額之規定。

本法自公布日施行。但本法中華民國九十四年十二月六日修正之第十七條規定，自中華民國九十四年一月一日施行；中華民國九十六年十二月十四日修正之第十四條第一項第九類規定，自中華民國九十七年一月一日施行。
本法中華民國九十年五月二十九日修正條文施行日期，由行政院定之。