選擇章節
第一條
為促進投資及國際貿易，行政院得依本條例之規定，選擇適當地區，劃定範圍，設置加工出口區。
立法說明
修正立法宗旨。因應我國申請加入WTO世界貿易組織為會員及推動亞太營運中心政策，發揮促進投資及國際貿易之功能。
第二條
加工出口區之設置及管理，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律之規定，較本條例更有利者，適用最有利之法律。
立法說明
參照促進產業升級條例第二條規定增列但書，明定區內事業適用國內最有利之法律，以提高廠商至加工出口區投資之意願。
第三條
本條例所稱區內事業，指經核准在加工出口區內製造加工、組裝、研究發展、貿易、諮詢、技術服務、倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配之事業及經經濟部核定之其他相關事業。
本條例所稱在區內營業之事業，指區內事業及其他經核准在加工出口區內設有營業或聯絡處所之事業。
本條例所稱在區內營業之事業，指區內事業及其他經核准在加工出口區內設有營業或聯絡處所之事業。
立法說明
一、原第三條酌作修正，列為第一項：
(一)配合第一條之修正，「外銷事業」修正為「區內事業」。
(二)配合加工出口區轉型，擴大區內事業經營範圍，除將原第三條之一規定之貿易、諮詢業納入外，增列研究發展及技術服務事業，以加速產業升級。並將倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配事業之服務範圍予以擴大。又為因應情勢變遷，並增訂經經濟部核定之其他相關事業亦得來區投資。
二、第二項新增。界定「在區內營業之事業」，俾為貫徹使用者付費原則，於第二十一條將在區內設有營業或聯絡處所之事業，納入管理費收取對象。
(一)配合第一條之修正，「外銷事業」修正為「區內事業」。
(二)配合加工出口區轉型，擴大區內事業經營範圍，除將原第三條之一規定之貿易、諮詢業納入外，增列研究發展及技術服務事業，以加速產業升級。並將倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配事業之服務範圍予以擴大。又為因應情勢變遷，並增訂經經濟部核定之其他相關事業亦得來區投資。
二、第二項新增。界定「在區內營業之事業」，俾為貫徹使用者付費原則，於第二十一條將在區內設有營業或聯絡處所之事業，納入管理費收取對象。
第四條
經濟部為統籌管理各加工出口區，應設置加工出口區管理處（以下簡稱管理處），除管理處所在地區外，得於其他加工出口區設置分處，隸屬於管理處。
前項管理處及分處之組織，另以法律定之。
前項管理處及分處之組織，另以法律定之。
立法說明
條次變更。
第五條
管理處掌理左列有關加工出口區之事項：
一、關於各分處之監督及指揮事項。
二、關於申請投資在區內營業之事業之審核事項。
三、關於各項設施之籌建事項。
四、關於財務之計畫、調度及稽核事項。
五、關於業務之企劃及研究發展事項。
六、關於吸引投資及對外宣傳之籌劃事項。
七、關於保稅倉庫之設立及經營事項。
八、關於儲運單位之設立、管理及經營事項。
九、關於加工出口業務之行政管理事項。
十、關於公有財產之管理及收益事項。
十一、關於土地使用管制及建築管理事項。
十二、關於工商登記、管理及建築之核准發證事項。
十三、關於工廠設置及勞工安全衛生檢查事項。
十四、關於工商團體業務及勞工行政事項。
十五、關於產地證明書、再出口證明核發事項。
十六、關於貨品輸出入簽證事項。
十七、關於外匯、貿易管理事項。
十八、關於防止走私措施及巡邏檢查事項。
十九、關於公共福利事項。
二十、其他依法律賦予之事項。
前項第九款至第二十款事項，於設有分處之加工出口區，得由分處掌理之。
管理處及分處業務管理規則，由經濟部會商有關機關定之。
一、關於各分處之監督及指揮事項。
二、關於申請投資在區內營業之事業之審核事項。
三、關於各項設施之籌建事項。
四、關於財務之計畫、調度及稽核事項。
五、關於業務之企劃及研究發展事項。
六、關於吸引投資及對外宣傳之籌劃事項。
七、關於保稅倉庫之設立及經營事項。
八、關於儲運單位之設立、管理及經營事項。
九、關於加工出口業務之行政管理事項。
十、關於公有財產之管理及收益事項。
十一、關於土地使用管制及建築管理事項。
十二、關於工商登記、管理及建築之核准發證事項。
十三、關於工廠設置及勞工安全衛生檢查事項。
十四、關於工商團體業務及勞工行政事項。
十五、關於產地證明書、再出口證明核發事項。
十六、關於貨品輸出入簽證事項。
十七、關於外匯、貿易管理事項。
十八、關於防止走私措施及巡邏檢查事項。
十九、關於公共福利事項。
二十、其他依法律賦予之事項。
前項第九款至第二十款事項，於設有分處之加工出口區，得由分處掌理之。
管理處及分處業務管理規則，由經濟部會商有關機關定之。
立法說明
一、條次變更。
二、修正第一項，理由如次：
(一)第一項序文修正為「管理處掌理左列有關加工出口區之事項」明定管理處職掌；有關第九款至第二十款事項，於設有分處之加工出口區，依第二項規定得由分處掌理。
(二)第三條已將「外銷事業」修正為「區內事業」，另配合原第四條第一項第一款之刪除，在區內投資營運者已不限於「新投資創設」者，爰將第二款「外銷事業申請創設」修正為「申請投資在區內營業之事業」。
(三)第八款增訂「管理」二字，以符合實際業務需要，簡化工作流程，提高行政效率，落實為民服務工作。
(四)第一條增訂第二項，區內土地、建築物之使用強度及管制等經內政部訂定特定區計畫後，由管理處或分處管理之。爰增訂第十一款。
(五)第十二款，款次變更，由原第十一款移列．並增訂「管理」二宇，以符合實際業務需要，簡化工作流程，提高行政效率，落實為民服務工作。
(六)第十三款，款次變更，由原第十二款移列，並增訂「勞工安全衛生」檢查，以確保勞工之權益，並符目前實際作業需要。
(七)第十四款，款次變更，由原第十三款移列，並酌作文字修正。
(八)第十五款，款次變更，由原第十四款移列。產品檢驗發證非管理處現有架構、人力所能承擔，爰刪除原第十四款「產品檢驗發證及」等字，移訂納入第九條第一項第六款。本款增訂產品附加價值未達核發產地證明書之標準者，核發再出口證明，符合實際需要。
(九)第十六款，款次變更，由原第十五款移列。「物資進出口」修正為「貨品輸出入」以符合貿易法規用語。
(十)第十七款及第十八款，款次變更，由原第十六款及第十七款移列。
(十一)為求週延，以備其他機關依法授權或委託管理處辦理事項，爰增訂第二十款。
二、修正第一項，理由如次：
(一)第一項序文修正為「管理處掌理左列有關加工出口區之事項」明定管理處職掌；有關第九款至第二十款事項，於設有分處之加工出口區，依第二項規定得由分處掌理。
(二)第三條已將「外銷事業」修正為「區內事業」，另配合原第四條第一項第一款之刪除，在區內投資營運者已不限於「新投資創設」者，爰將第二款「外銷事業申請創設」修正為「申請投資在區內營業之事業」。
(三)第八款增訂「管理」二字，以符合實際業務需要，簡化工作流程，提高行政效率，落實為民服務工作。
(四)第一條增訂第二項，區內土地、建築物之使用強度及管制等經內政部訂定特定區計畫後，由管理處或分處管理之。爰增訂第十一款。
(五)第十二款，款次變更，由原第十一款移列．並增訂「管理」二宇，以符合實際業務需要，簡化工作流程，提高行政效率，落實為民服務工作。
(六)第十三款，款次變更，由原第十二款移列，並增訂「勞工安全衛生」檢查，以確保勞工之權益，並符目前實際作業需要。
(七)第十四款，款次變更，由原第十三款移列，並酌作文字修正。
(八)第十五款，款次變更，由原第十四款移列。產品檢驗發證非管理處現有架構、人力所能承擔，爰刪除原第十四款「產品檢驗發證及」等字，移訂納入第九條第一項第六款。本款增訂產品附加價值未達核發產地證明書之標準者，核發再出口證明，符合實際需要。
(九)第十六款，款次變更，由原第十五款移列。「物資進出口」修正為「貨品輸出入」以符合貿易法規用語。
(十)第十七款及第十八款，款次變更，由原第十六款及第十七款移列。
(十一)為求週延，以備其他機關依法授權或委託管理處辦理事項，爰增訂第二十款。
第六條
在區內營業之事業之種類，由經濟部視經濟發展政策及加工出口區之位置、面積等情形定之。
立法說明
現行條文第三條所稱「在區內營業之事業」，指「區內事業」及其他經核准「在區內設有營業或聯絡處所之事業」。「在區內設有營業或聯絡處所之事業」係為服務區內事業為目的，為避免其規避設立區內事業之規定，其設立之種類有必要予以規範，使其與區內事業相區隔。
第七條
區內事業貨品輸往課稅區者，比照進口貨品之方式處理。
立法說明
一、條次變更。
二、原第五條第一項列為本條條文。加工出口區為經濟特區，為配合烏拉圭回合補貼規約第一條至第三條及一九九四年關稅暨貿易總協定第十六條第一項規定，爰修正刪除「以外銷為主」及「內銷百分比限制」等字，明定區內事業貨品輸往課稅區者，比照進口貨品之方式處理。
三、原第五條第一項後段，有關課稅內銷之規定，移列第十三條。
四、區內事業貨品輸往課稅區，第一項已予明定，原第二項已無規定必要，爰予刪除。
二、原第五條第一項列為本條條文。加工出口區為經濟特區，為配合烏拉圭回合補貼規約第一條至第三條及一九九四年關稅暨貿易總協定第十六條第一項規定，爰修正刪除「以外銷為主」及「內銷百分比限制」等字，明定區內事業貨品輸往課稅區者，比照進口貨品之方式處理。
三、原第五條第一項後段，有關課稅內銷之規定，移列第十三條。
四、區內事業貨品輸往課稅區，第一項已予明定，原第二項已無規定必要，爰予刪除。
第八條
區內事業之廢品下腳處理辦法，由經濟部定之。
立法說明
一、條次變更。
二、「外銷事業」修正為「區內事業」，配合加工出口區轉型，擴大區內事業經營範圍，除將原第三條之一規定之貿易、諮詢業納入外，增列研究發展及技術服務事業，以加速產業升級。並將倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配事業之服務範圍予以擴大。
二、「外銷事業」修正為「區內事業」，配合加工出口區轉型，擴大區內事業經營範圍，除將原第三條之一規定之貿易、諮詢業納入外，增列研究發展及技術服務事業，以加速產業升級。並將倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配事業之服務範圍予以擴大。
第九條
加工出口區之左列事項，由各該目的事業主管機關設立分支單位或派員，受管理處或分處指導、協調辦理之：
一、稅務之稽徵事項。
二、貨品輸出入之驗關及運輸途中之監督、稽查事項。
三、郵電業務事項。
四、電力、給水及其他有關公用事業之業務事項。
五、有關授信機構之業務事項。
六、有關檢疫及檢驗之業務事項。
前項分支單位，以集中管理處或分處內辦公為原則。
一、稅務之稽徵事項。
二、貨品輸出入之驗關及運輸途中之監督、稽查事項。
三、郵電業務事項。
四、電力、給水及其他有關公用事業之業務事項。
五、有關授信機構之業務事項。
六、有關檢疫及檢驗之業務事項。
前項分支單位，以集中管理處或分處內辦公為原則。
立法說明
修正第一項，理由如次：
(一)序文所定「監督」修正為「協調」，並增列「或派員」，以符合現況。
(二)第二款「物資進出口」修正為「貨品輸出入」以符合貿易法規用語。
(三)為配合未來加工出口區轉型發展為自由貿易區之需要增訂第六款「檢驗、檢疫」事項，以符實際需求。原第八條第一項第十四款之檢驗發證業務納入本款。
(一)序文所定「監督」修正為「協調」，並增列「或派員」，以符合現況。
(二)第二款「物資進出口」修正為「貨品輸出入」以符合貿易法規用語。
(三)為配合未來加工出口區轉型發展為自由貿易區之需要增訂第六款「檢驗、檢疫」事項，以符實際需求。原第八條第一項第十四款之檢驗發證業務納入本款。
第十條
申請設立區內事業者，應填具申請書，並檢附有關資料，向管理處申請或向分處申請核轉，由管理處會同有關機關審查核定；其審查辦法，由經濟部定之。
立法說明
配合商業登記法修正及營利事業統一發證制度廢止，不再核發營利事業登記證，是申請設立區內事業者，經依修正條文申請核定後，公司組織依公司法辦理公司登記，獨資、合夥之商業依商業登記法辦理商業登記，均無須再辦理營利事業登記，僅須向稅捐主管機關辦理稅籍登記即可，如有設立工廠之必要，再依工廠管理輔導法第十條至第十五條規定，向主管機關申請核發工廠登記證，爰刪除原條文第二項及第三項。
第十條 之一
申請在區內設置營業或聯絡處所之事業，應填具申請書，並檢附相關資料，向管理處或分處登記。
在區內設有營業或聯絡處所之事業登記事項有虛偽不實情事，管理處或分處得撤銷其登記。
在區內設有營業或聯絡處所之事業有左列情事之一者，管理處或分處得廢止其登記：
一、未依照登記事項經營。
二、自行停止營業三個月以上。
三、屆期未辦理變更登記。
四、有第二十二條之一至第二十六條規定之情形，經管理處或分處依第二十七條規定勒令出區。
五、租借廠地期限屆滿，未續（另）訂租約。
六、經有關主管機關撤銷或廢止其公司、商業、法人登記或專門技術人員之資格者。
在區內設有營業或聯絡處所之事業，結束在區內營業時，應向管理處或分處申請註銷其登記。
經管理處或分處依第二十七條規定勒令出區者，二年內不得重新申請登記。
在區內設有營業或聯絡處所之事業，其登記之申請條件、程序、撤銷或廢止、變更或註銷及其他應遵行事項之管理辦法，由經濟部定之。
在區內設有營業或聯絡處所之事業登記事項有虛偽不實情事，管理處或分處得撤銷其登記。
在區內設有營業或聯絡處所之事業有左列情事之一者，管理處或分處得廢止其登記：
一、未依照登記事項經營。
二、自行停止營業三個月以上。
三、屆期未辦理變更登記。
四、有第二十二條之一至第二十六條規定之情形，經管理處或分處依第二十七條規定勒令出區。
五、租借廠地期限屆滿，未續（另）訂租約。
六、經有關主管機關撤銷或廢止其公司、商業、法人登記或專門技術人員之資格者。
在區內設有營業或聯絡處所之事業，結束在區內營業時，應向管理處或分處申請註銷其登記。
經管理處或分處依第二十七條規定勒令出區者，二年內不得重新申請登記。
在區內設有營業或聯絡處所之事業，其登記之申請條件、程序、撤銷或廢止、變更或註銷及其他應遵行事項之管理辦法，由經濟部定之。
立法說明
一、本條新增。
二、現行加工出口區相關法規對現行條文第三條在區內設有營業或聯絡處所事業之登記、管理等相關事項未予完善規範，形成登記及管理上之困難；另有關撤銷或廢止登記及註銷登記之事項，因其內容涉及人民之權利義務，宜在法律中明文規定。至於在區內設有營業或聯絡處所之事業，其申請登記之條件、程序等管理辦法亦應取得明確授權規定，以因應行政程序法之施行。
二、現行加工出口區相關法規對現行條文第三條在區內設有營業或聯絡處所事業之登記、管理等相關事項未予完善規範，形成登記及管理上之困難；另有關撤銷或廢止登記及註銷登記之事項，因其內容涉及人民之權利義務，宜在法律中明文規定。至於在區內設有營業或聯絡處所之事業，其申請登記之條件、程序等管理辦法亦應取得明確授權規定，以因應行政程序法之施行。
第十條 之二
在區內營業之事業除前二條以外之其他申請事項，均由管理處或分處核辦或核轉有關機關核辦之。
立法說明
一、本條新增。
二、本條由原第十條第四項移列。
二、本條由原第十條第四項移列。
第十條 之三
區內事業聘僱外國人從事就業服務法第四十六條第一項第一款專門性或技術性工作之許可業務，中央勞工主管機關得委託管理處或分處執行，管理處或分處應依就業服務法及委託機關依該法所定之規定辦理。
立法說明
一、本條新增。
二、依行政程序法第十五條第二項規定，行政機關因業務上需要，得依法規將其權限之一部分，委託不相隸屬之行政機關執行之。查就業服務法第四十八條規定，外國人聘僱許可，由中央勞工主管機關辦理，並無委託其他相關機關辦理之明文。為推動加工出口區內各項業務單一窗口服務政策所需，爰增訂中央勞工主管機關得委託管理處或分處執行專門性或技術性工作許可業務。
三、另有關加工出口區管理處或分處辦理外國人聘僱許可等業務，既由中央勞工主管機關委託執行，受託機關自應依委託機關相關法規規定辦理，爰予明定。
二、依行政程序法第十五條第二項規定，行政機關因業務上需要，得依法規將其權限之一部分，委託不相隸屬之行政機關執行之。查就業服務法第四十八條規定，外國人聘僱許可，由中央勞工主管機關辦理，並無委託其他相關機關辦理之明文。為推動加工出口區內各項業務單一窗口服務政策所需，爰增訂中央勞工主管機關得委託管理處或分處執行專門性或技術性工作許可業務。
三、另有關加工出口區管理處或分處辦理外國人聘僱許可等業務，既由中央勞工主管機關委託執行，受託機關自應依委託機關相關法規規定辦理，爰予明定。
第十一條
加工出口區內之土地（以下簡稱區內土地），管理處得自行或委託公民營事業開發。
前項開發所需用地為私有者，依下列方式辦理：
一、依法徵收。
二、由土地所有權人以地上權設定方式提供管理處開發。
第一項開發所需用地為公有者，由各該公有土地之管理機關逕行提供開發，不受土地法第二十五條、國有財產法第七條、第二十八條、第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條、第八十六條及各級政府財產管理法令相關規定之限制。
前項開發所需用地為私有者，依下列方式辦理：
一、依法徵收。
二、由土地所有權人以地上權設定方式提供管理處開發。
第一項開發所需用地為公有者，由各該公有土地之管理機關逕行提供開發，不受土地法第二十五條、國有財產法第七條、第二十八條、第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條、第八十六條及各級政府財產管理法令相關規定之限制。
立法說明
一、加工出口區之開發，包括規劃、報編、土地取得、公共工程施作等，過去有由管理處自行辦理者，亦有依政府採購程序委託公民營事業規劃，再經管理處辦理報編及土地取得後，招標辦理公共工程施作之情形，為鼓勵民間參與公共建設，加工出口區之實質規劃開發除管理處自行辦理外，得委託公民營事業辦理，爰增訂第一項。
二、配合第一項增訂，原條文第一項移列為第二項。另依土地徵收條例之精神，對於私有土地之取得須先經由協議價購或其他方式辦理後，再採徵收手段，以保障人民權益，爰作款次調整，並作文字修正。又依土地徵收條例第三十條第一項規定，徵收土地係依徵收當期之公告土地現值辦理地價補償，爰刪除原條文第一項「按市價補償之」規定及第三項。
三、考慮公有土地之處分，常受土地法、國有財產法及預算法規定之限制，對提供作設置加工出口區之土地，如不予排除，將無法順利取得該土地，爰參考促進產業升級條例第五十一條第一項及都市更新條例第二十七條第一項，增訂第三項。
四、為明確區分區內開發與開發後土地利用，將原條文第三項至第五項移列修正條文第十一條之二及第十一條之三。
二、配合第一項增訂，原條文第一項移列為第二項。另依土地徵收條例之精神，對於私有土地之取得須先經由協議價購或其他方式辦理後，再採徵收手段，以保障人民權益，爰作款次調整，並作文字修正。又依土地徵收條例第三十條第一項規定，徵收土地係依徵收當期之公告土地現值辦理地價補償，爰刪除原條文第一項「按市價補償之」規定及第三項。
三、考慮公有土地之處分，常受土地法、國有財產法及預算法規定之限制，對提供作設置加工出口區之土地，如不予排除，將無法順利取得該土地，爰參考促進產業升級條例第五十一條第一項及都市更新條例第二十七條第一項，增訂第三項。
四、為明確區分區內開發與開發後土地利用，將原條文第三項至第五項移列修正條文第十一條之二及第十一條之三。
第十一條 之一
加工出口區內得劃定一部分地區作為社區，由管理處配合加工出口區之需要，作有計畫之開發及管理；其涉及土地使用之擬訂、編定或變更者，應依都市計畫法或區域計畫法之規定辦理。
前項社區之開發及租用管理辦法，由經濟部定之。
社區內之建築物，得由在區內營業之事業請准自建或由管理處興建出租；必要時，得開放民間投資興建出租。
前項建築物以租與加工出口區從業人員為限；其租金標準，由投資興建人擬訂，報請管理處核定，不受土地法第九十七條規定之限制。
在區內營業之事業或民間事業投資興建社區內之建築物有下列情形之一者得讓售，其讓售對象以在區內營業之事業為限。讓售時，應先報經管理處同意。
一、經有關主管機關撤銷或廢止其公司登記、商業、法人登記或投資興建資格。
二、依第二十七條規定應遷出加工出口區。
前項社區之開發及租用管理辦法，由經濟部定之。
社區內之建築物，得由在區內營業之事業請准自建或由管理處興建出租；必要時，得開放民間投資興建出租。
前項建築物以租與加工出口區從業人員為限；其租金標準，由投資興建人擬訂，報請管理處核定，不受土地法第九十七條規定之限制。
在區內營業之事業或民間事業投資興建社區內之建築物有下列情形之一者得讓售，其讓售對象以在區內營業之事業為限。讓售時，應先報經管理處同意。
一、經有關主管機關撤銷或廢止其公司登記、商業、法人登記或投資興建資格。
二、依第二十七條規定應遷出加工出口區。
立法說明
一、第五項新增。
二、加工出口區之社區開放民間投資興建，投資廠商若因故結束經營，管理處因預算編列，無法價購，將損害廠商權益；從業員工宿舍為吸引各方人才進駐之重要原因，目前從業員工宿舍開放民間投資興建以出租為原則，但從業員工包括藍領、白領各階級人才，從業員工宿舍之興建亦應不同需要分別興建，因此從業員工之宿舍應具有租用與長期永續經營之概念，若投資廠商若因故結束經營，管理處因預算編列，無法價購，將導致無人經營加工出口區內社區之窘況，爰此，增訂第五項規定在一定條件下，社區建築物得轉讓，讓社區建築物能隨時擁有最佳經營團隊，維持最佳品質，吸引留住優秀人才，但限制其轉讓對象為在區內營業之事業，以符合設置社區是為照顧區內從業人員之旨意。
二、加工出口區之社區開放民間投資興建，投資廠商若因故結束經營，管理處因預算編列，無法價購，將損害廠商權益；從業員工宿舍為吸引各方人才進駐之重要原因，目前從業員工宿舍開放民間投資興建以出租為原則，但從業員工包括藍領、白領各階級人才，從業員工宿舍之興建亦應不同需要分別興建，因此從業員工之宿舍應具有租用與長期永續經營之概念，若投資廠商若因故結束經營，管理處因預算編列，無法價購，將導致無人經營加工出口區內社區之窘況，爰此，增訂第五項規定在一定條件下，社區建築物得轉讓，讓社區建築物能隨時擁有最佳經營團隊，維持最佳品質，吸引留住優秀人才，但限制其轉讓對象為在區內營業之事業，以符合設置社區是為照顧區內從業人員之旨意。
第十一條 之二
在區內營業之事業得依其需用情形租用區內土地，除給付土地租金外，並應負擔公共設施建設費用。
前項土地租用及費用計收標準，由經濟部定之。
租用第一項土地興建建築物，積欠租金逾四個月者，管理處或分處得終止租約，收回租地，不受民法第四百四十條及土地法第一百零三條第四款規定之限制。
前項土地租用及費用計收標準，由經濟部定之。
租用第一項土地興建建築物，積欠租金逾四個月者，管理處或分處得終止租約，收回租地，不受民法第四百四十條及土地法第一百零三條第四款規定之限制。
立法說明
一、本條新增。
二、原條文第十一條第三項及第四項移列第一項及第二項。
三、依民法第四百四十條及土地法第一百零三條第四款規定，對未依租賃契約繳交租金者，需俟積欠租金額達二年以上，始得終止租約收回租地，然因加工出口區土地有限，該項規定將影響區內土地有效利用，對瞬息萬變之經濟發展有所阻礙，且目前區內土地租賃契約雙方均約定逾四個月未繳租金者，終止租約。為強化土地利用及符合實際業務需要，爰增訂第三項。
二、原條文第十一條第三項及第四項移列第一項及第二項。
三、依民法第四百四十條及土地法第一百零三條第四款規定，對未依租賃契約繳交租金者，需俟積欠租金額達二年以上，始得終止租約收回租地，然因加工出口區土地有限，該項規定將影響區內土地有效利用，對瞬息萬變之經濟發展有所阻礙，且目前區內土地租賃契約雙方均約定逾四個月未繳租金者，終止租約。為強化土地利用及符合實際業務需要，爰增訂第三項。
第十一條 之三
加工出口區內建築物（以下簡稱區內建築物）之興建及租售，得依下列方式辦理：
一、由在區內營業之事業自行興建。
二、由管理處自行興建租售。
三、由公民營事業投資申請核准興建租售。
前項第二款由管理處興建租售者，其租售辦法，由經濟部定之，不受國有財產法第七條、第二十八條、第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條及第八十六條規定之限制。
第一項第三款公民營事業投資申請核准興建程序、審查及租售辦法，由經濟部定之。
一、由在區內營業之事業自行興建。
二、由管理處自行興建租售。
三、由公民營事業投資申請核准興建租售。
前項第二款由管理處興建租售者，其租售辦法，由經濟部定之，不受國有財產法第七條、第二十八條、第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條及第八十六條規定之限制。
第一項第三款公民營事業投資申請核准興建程序、審查及租售辦法，由經濟部定之。
立法說明
一、本條新增。
二、原條文第十一條第五項移列第一項；因建築物已涵蓋廠房，原條文「廠房」二字，予以刪除。另為使區內建築物之興建與租售更具彈性，及運用民間財力，鼓勵民間參與興建，爰分款明定興建與租售之方式。
三、考慮公有土地之處分，常受土地法、國有財產法及預算法規定之限制，對提供作設置加工出口區之土地，如不予排除，將無法順利取得該土地，爰參考促進產業升級條例第五十一條第一項及都市更新條例第二十七條第一項，增訂第二項。
四、公民營事業投資申請核准興建，有關申請審查、興建程序及租售事宜，未明文規範，致辦理此類業務，無法依循，爰於第三項明定投資請准興建程序、審查及租售辦法由經濟部定之。
二、原條文第十一條第五項移列第一項；因建築物已涵蓋廠房，原條文「廠房」二字，予以刪除。另為使區內建築物之興建與租售更具彈性，及運用民間財力，鼓勵民間參與興建，爰分款明定興建與租售之方式。
三、考慮公有土地之處分，常受土地法、國有財產法及預算法規定之限制，對提供作設置加工出口區之土地，如不予排除，將無法順利取得該土地，爰參考促進產業升級條例第五十一條第一項及都市更新條例第二十七條第一項，增訂第二項。
四、公民營事業投資申請核准興建，有關申請審查、興建程序及租售事宜，未明文規範，致辦理此類業務，無法依循，爰於第三項明定投資請准興建程序、審查及租售辦法由經濟部定之。
第十一條 之四
管理處開發之加工出口區內供公共使用之土地及公共建築物與設施，其所有權登記為國有，管理機關登記為加工出口區管理處。但以委託管理所開發之加工出口區土地，其管理機關仍登記為原機關。
立法說明
一、本條新增。
二、區域計畫法第十五條之三規定「申請開發者依第十五條之一第一項第二款規定取得區域計畫擬定機關許可後，辦理分區或用地變更前，應將開發區內之公共設施用地完成分割移轉登記為各該直轄市、縣（市）有或鄉、鎮（市）有」，但加工出口區經政院核定設置後，舉凡投資、外貿、工商、建築管理、公共設施維護等事項均採行政一元化之高度自主管理。為統一事權，加工出口區係依區域計畫法申請開發者，應將區內供公共使用之土地及公共建築物與設施之所有權登記為國有，以利管理及維護。
三、國有財產法第二條規定「國家依據法律規定或基於權力行使或由於預算支出，或由於接受捐贈所取得之財產，為國有財產。」，加工出口區管理處開發加工出口區（包括土地取得）係依預算程序編列作業基金支付，自應登記為國有。
二、區域計畫法第十五條之三規定「申請開發者依第十五條之一第一項第二款規定取得區域計畫擬定機關許可後，辦理分區或用地變更前，應將開發區內之公共設施用地完成分割移轉登記為各該直轄市、縣（市）有或鄉、鎮（市）有」，但加工出口區經政院核定設置後，舉凡投資、外貿、工商、建築管理、公共設施維護等事項均採行政一元化之高度自主管理。為統一事權，加工出口區係依區域計畫法申請開發者，應將區內供公共使用之土地及公共建築物與設施之所有權登記為國有，以利管理及維護。
三、國有財產法第二條規定「國家依據法律規定或基於權力行使或由於預算支出，或由於接受捐贈所取得之財產，為國有財產。」，加工出口區管理處開發加工出口區（包括土地取得）係依預算程序編列作業基金支付，自應登記為國有。
第十二條
加工出口區內私有土地或建築物之轉讓對象，以在區內營業之事業為限。
前項土地或建築物有下列情形之一者，管理處或分處得協議價購，不適用政府採購法之規定；所有權人拒絕參與協議或經開會未能達成協議者，得辦理徵收：
一、不供在區內營業之事業使用。
二、使用情形不當。
三、高抬轉讓價格。
四、自行停業六個月以上或歇業。
五、因更新計畫需使用土地。
六、依第二十七條規定應遷出加工出口區。
依前項第一款至第四款規定取得私有土地或建築物時，對於原所有權人或占有人存於該土地或建築物內外之物資，得由管理處或分處限期令其遷移，逾期得代為移置他處存放或變賣或聲請法院拍賣；其費用及所生之損害，由原所有權人負擔；其經變賣或拍賣者，所得價款扣除費用後，如有餘款，依法處理。
依第二項第五款取得私有土地或建築物時，對於原所有權人得優先核配建築物或提供遷廠之土地，並補償其拆遷停工之損失；其辦法，由經濟部定之。
經解散之在區內營業之事業，其餘留物資，應於一年內處理完畢；逾期者，由管理處或分處變賣或聲請法院拍賣；所得價款扣除費用後，如有餘款，依法處理。
管理處或分處協議價購、徵收或聲請法院拍賣取得之土地或建築物，土地得出租；建築物得租售予在區內營業之事業。
前項土地出租及建築物租售辦法，由經濟部定之，不受國有財產法第七條、第二十八條、第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條及第八十六條規定之限制。
前項土地或建築物有下列情形之一者，管理處或分處得協議價購，不適用政府採購法之規定；所有權人拒絕參與協議或經開會未能達成協議者，得辦理徵收：
一、不供在區內營業之事業使用。
二、使用情形不當。
三、高抬轉讓價格。
四、自行停業六個月以上或歇業。
五、因更新計畫需使用土地。
六、依第二十七條規定應遷出加工出口區。
依前項第一款至第四款規定取得私有土地或建築物時，對於原所有權人或占有人存於該土地或建築物內外之物資，得由管理處或分處限期令其遷移，逾期得代為移置他處存放或變賣或聲請法院拍賣；其費用及所生之損害，由原所有權人負擔；其經變賣或拍賣者，所得價款扣除費用後，如有餘款，依法處理。
依第二項第五款取得私有土地或建築物時，對於原所有權人得優先核配建築物或提供遷廠之土地，並補償其拆遷停工之損失；其辦法，由經濟部定之。
經解散之在區內營業之事業，其餘留物資，應於一年內處理完畢；逾期者，由管理處或分處變賣或聲請法院拍賣；所得價款扣除費用後，如有餘款，依法處理。
管理處或分處協議價購、徵收或聲請法院拍賣取得之土地或建築物，土地得出租；建築物得租售予在區內營業之事業。
前項土地出租及建築物租售辦法，由經濟部定之，不受國有財產法第七條、第二十八條、第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條及第八十六條規定之限制。
立法說明
一、第一項酌作文字修正。
二、協議價購屬政府採購法規定之範疇，然區內土地或建築物之協議價購，有別於一般房地產之買賣，為利區內土地或建築物之管理，爰修正第二項規定區內土地或建築物之協議價購，排除政府採購法之規定。
三、為使區內土地及建築物之使用，能配合產業政策之推動，符合公共利益，避免區內存在閒置私有土地及廠房，除規定得協議價購外，並明定所有權人拒絕協議或未能達成協議者，得辦理徵收，爰修正第二項。
四、區內土地有限，廠商自行停業或歇業後若任廠房予以閒置，將損及公共利益，其地上建築物仍有協議價購或徵收之必要，爰增訂第二項第四款。原條文第四款及第五款款次遞移。
五、因「建築物」已涵蓋「廠房」，原條文第四項爰作文字修正。
六、為協助新投資人加速取得經解散公司之閒置建築物，爰修正條文第五項將建築物內物資處理期限由二年縮短為一年。
七、為使價購、徵收或向法院拍賣取得之土地或建築物，得以出售或出租與需用之在區內營業之事業，爰增訂第六項及第七項，並排除國有財產法及預算法有關規定。
二、協議價購屬政府採購法規定之範疇，然區內土地或建築物之協議價購，有別於一般房地產之買賣，為利區內土地或建築物之管理，爰修正第二項規定區內土地或建築物之協議價購，排除政府採購法之規定。
三、為使區內土地及建築物之使用，能配合產業政策之推動，符合公共利益，避免區內存在閒置私有土地及廠房，除規定得協議價購外，並明定所有權人拒絕協議或未能達成協議者，得辦理徵收，爰修正第二項。
四、區內土地有限，廠商自行停業或歇業後若任廠房予以閒置，將損及公共利益，其地上建築物仍有協議價購或徵收之必要，爰增訂第二項第四款。原條文第四款及第五款款次遞移。
五、因「建築物」已涵蓋「廠房」，原條文第四項爰作文字修正。
六、為協助新投資人加速取得經解散公司之閒置建築物，爰修正條文第五項將建築物內物資處理期限由二年縮短為一年。
七、為使價購、徵收或向法院拍賣取得之土地或建築物，得以出售或出租與需用之在區內營業之事業，爰增訂第六項及第七項，並排除國有財產法及預算法有關規定。
第十三條
區內事業免徵下列各款之稅捐：
一、由國外輸入自用機器、設備之進口稅捐、貨物稅及營業稅。但於輸入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨品之規定，補徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
二、自國外輸入原料、燃料、物料、半製品、樣品、實驗用動植物及供貿易、倉儲轉運用貨品之進口稅捐、貨物稅及營業稅。但其輸往課稅區時，應依進口貨品之規定補徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
三、取得加工出口區內新建之標準廠房或自管理處依法取得建築物之契稅。
區內事業產製之產品輸往課稅區者，按出廠時形態之價值扣除附加價值後課徵關稅，並依進口貨品之規定，課徵貨物稅及營業稅；其提供勞務予課稅區者，應依法課徵營業稅。
前項附加價值之計算，由經濟部會同財政部定之。
依本條規定免徵稅捐者，除進口貨品仍應辦理通關手續外，無須辦理免徵、擔保、記帳及繳納保證金。
一、由國外輸入自用機器、設備之進口稅捐、貨物稅及營業稅。但於輸入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨品之規定，補徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
二、自國外輸入原料、燃料、物料、半製品、樣品、實驗用動植物及供貿易、倉儲轉運用貨品之進口稅捐、貨物稅及營業稅。但其輸往課稅區時，應依進口貨品之規定補徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
三、取得加工出口區內新建之標準廠房或自管理處依法取得建築物之契稅。
區內事業產製之產品輸往課稅區者，按出廠時形態之價值扣除附加價值後課徵關稅，並依進口貨品之規定，課徵貨物稅及營業稅；其提供勞務予課稅區者，應依法課徵營業稅。
前項附加價值之計算，由經濟部會同財政部定之。
依本條規定免徵稅捐者，除進口貨品仍應辦理通關手續外，無須辦理免徵、擔保、記帳及繳納保證金。
立法說明
一、因應區內生物科技產業營運需要及生產特性，於第一項第二款規定免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之範圍，包括「實驗用動植物」，以符實際。
二、第一項第二款將「成品」修正為「貨品」，以資明確。
三、第二項及第三項未修正。
四、因海關實施通關自動化後，除進口貨品仍應辦理通關手續外，已無需查驗，爰修正第四項文字。
二、第一項第二款將「成品」修正為「貨品」，以資明確。
三、第二項及第三項未修正。
四、因海關實施通關自動化後，除進口貨品仍應辦理通關手續外，已無需查驗，爰修正第四項文字。
第十四條
區內事業從事轉運業務者，得按其轉運業務收入之百分之十為營利事業所得額，課徵營利事業所得稅。但總機構在中華民國境內者，其在區內之分支機構不適用之。
前項事業應依所得稅法第九十八條之一規定，繳納其應納營利事業所得稅。但不得適用所得稅法第三十九條之規定。
前二項區內事業從事轉運業務課稅之申請程序、期限及其他應遵行事項之作業辦法，由經濟部會同財政部定之。
前項事業應依所得稅法第九十八條之一規定，繳納其應納營利事業所得稅。但不得適用所得稅法第三十九條之規定。
前二項區內事業從事轉運業務課稅之申請程序、期限及其他應遵行事項之作業辦法，由經濟部會同財政部定之。
立法說明
一、第三項新增。
二、本條規定區內事業從事轉運業務者，得按其轉運業務收入之百分之十為營利事業所得額，課徵營利事業所得稅。依行政程序法規定，應在法律中取得明確授權規定，爰增訂第三項，以因應行政程序法之施行及保障人民權益。
二、本條規定區內事業從事轉運業務者，得按其轉運業務收入之百分之十為營利事業所得額，課徵營利事業所得稅。依行政程序法規定，應在法律中取得明確授權規定，爰增訂第三項，以因應行政程序法之施行及保障人民權益。
第十五條
經濟部得報經行政院核准於加工出口區內，劃定保稅範圍，賦予保稅便利。
為確保前項保稅便利，其保稅貨品之通關、加工、管理、自行點驗進出區、按月彙報、產品內銷應辦補稅程序及其他應遵行事項之辦法，由經濟部會同財政部定之。
為確保前項保稅便利，其保稅貨品之通關、加工、管理、自行點驗進出區、按月彙報、產品內銷應辦補稅程序及其他應遵行事項之辦法，由經濟部會同財政部定之。
立法說明
為使現行區內保稅貨品之通關、加工、管理、自行點驗進出區及按月彙報、產品內銷補稅程序及其他事項之處理方式，更臻具體明確，爰參照「科學工業園區設置管理條例」第十九條規定，增訂第二項，以取得明確之授權，訂定相關子法，以利執行。
第十六條
區內事業免稅之貨品因修理、測試、檢驗、展示、委託加工或提供勞務而須輸往課稅區者，應經管理處或分處核准，並經海關查驗，得免提供稅款擔保。但應於出區後六個月內復運回區內，並辦理結案手續；屆期未運回區內者，應向海關申報補繳稅捐。
前項輸往課稅區之貨品，因委託加工或其他特殊情形，經管理處或分處核准者，得不運回區內逕行出口或輸往保稅區，並辦理結案手續。
第一項貨品如須延長復運回區內之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向管理處或分處申請展延；展延期間，以六個月為限。
前項輸往課稅區之貨品，因委託加工或其他特殊情形，經管理處或分處核准者，得不運回區內逕行出口或輸往保稅區，並辦理結案手續。
第一項貨品如須延長復運回區內之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向管理處或分處申請展延；展延期間，以六個月為限。
立法說明
一、區內事業之貨品輸往課稅區，應課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅，惟其輸往課稅區如係因修理、委託加工等非銷售之目的，且於一定期限內完成修理、加工等目的後將再復運回區內，若先繳納稅款或提供稅款擔保，將造成課徵稅捐再辦理退稅之困擾，爰修正第一項，明定免提供稅款擔保；但屆期未運回者，則應申報補稅。
二、因非銷售目的而輸往課稅區之貨品，若有正當理由，經管理處或分處核准，得逕行出口，不須運回區內，並辦理結案手續，爰增訂第二項
三、運往課稅區之貨品無法如期完成目的復運回區內時，如有正當理由或事實上之需要，應准許其延長復運回區內之期限，爰增訂第三項。
二、因非銷售目的而輸往課稅區之貨品，若有正當理由，經管理處或分處核准，得逕行出口，不須運回區內，並辦理結案手續，爰增訂第二項
三、運往課稅區之貨品無法如期完成目的復運回區內時，如有正當理由或事實上之需要，應准許其延長復運回區內之期限，爰增訂第三項。
第十七條
課稅區廠商售與區內事業之貨品，視同外銷貨品。
前項貨品入區時，其須申請減徵、免徵或退還進口稅捐、貨物稅及營業稅或運返課稅區者，除經海關核准者外，應向海關辦理入區相關手續。
前項已申請減徵、免徵或退稅貨品運返課稅區時，應按輸往課稅區時之價格及稅率，課徵有關稅捐或補徵已減免或已退之稅捐。但機器設備入區已逾五年者，不在此限。
前項貨品入區時，其須申請減徵、免徵或退還進口稅捐、貨物稅及營業稅或運返課稅區者，除經海關核准者外，應向海關辦理入區相關手續。
前項已申請減徵、免徵或退稅貨品運返課稅區時，應按輸往課稅區時之價格及稅率，課徵有關稅捐或補徵已減免或已退之稅捐。但機器設備入區已逾五年者，不在此限。
立法說明
一、鑒於區內實施帳冊管理之業者，均經海關核准自主管理，其與課稅區貨品之輸出入均由保稅業務人員自行點驗進出廠（區），其須報關者，並得按月彙報，且新區目前尚未派駐海關人員，實務上亦無法執行相關業務，爰於第二項增列「經海關核准」之除外規定，以符實情。
二、依現行條文第十三條第一項第一款規定，進口機器設備輸入五年內輸往課稅區者須課稅，其輸入超過五年者無須課稅。基於課稅公平原則，購自國內之機器設備應比照辦理，爰於第三項增訂但書規定，俾資一致，並酌作文字修正。
二、依現行條文第十三條第一項第一款規定，進口機器設備輸入五年內輸往課稅區者須課稅，其輸入超過五年者無須課稅。基於課稅公平原則，購自國內之機器設備應比照辦理，爰於第三項增訂但書規定，俾資一致，並酌作文字修正。
第十八條
區內事業得將其貨品在加工出口區內，作有關業務之儲存、陳列、改裝、加工製造及他項處理。但應具備帳冊，分別詳細記載貨品出入數量及金額，以供管理處或分處及海關稽核。
前項貨品，得在加工出口區內無限期儲存；如有缺損，應於十五日內申述理由，報請管理處或分處會同海關及稅捐稽徵機關查驗，經查明屬實，並有正當理由者，准在帳冊內減除。
前項貨品，得在加工出口區內無限期儲存；如有缺損，應於十五日內申述理由，報請管理處或分處會同海關及稅捐稽徵機關查驗，經查明屬實，並有正當理由者，准在帳冊內減除。
立法說明
一、條次變更。
二、第一項酌作修正。「外銷事業」修正為「區內事業」。
三、區內事業之貨品如有缺損，應於其當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定申報查核，爰於第二項增訂稅捐稽徵機關會同查核之規定。
四、「物資」修正為「貨品」，以符合貿易法規用語。
二、第一項酌作修正。「外銷事業」修正為「區內事業」。
三、區內事業之貨品如有缺損，應於其當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定申報查核，爰於第二項增訂稅捐稽徵機關會同查核之規定。
四、「物資」修正為「貨品」，以符合貿易法規用語。
第十九條
區內事業輸出入貨品時，應向海關辦理通關手續；其屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，應先向管理處或分處申請核准。
立法說明
刪除現行條文所定「駐區」二字，俾利區內事業能向進出口地海關辦理通關手續。
第二十條
加工出口區內，除必要之管理人員、警衛人員、員工與其眷屬及在區內營業之事業值勤員工外，不得在區內居住。
在區內營業之事業應將所屬員工名冊、照片，報請管理處或分處核發出入許可證。
進出加工出口區之人員、車輛，應循管理處或分處指定之地點出入，並須接受海關及警衛人員所為必要之檢查。
在區內營業之事業應將所屬員工名冊、照片，報請管理處或分處核發出入許可證。
進出加工出口區之人員、車輛，應循管理處或分處指定之地點出入，並須接受海關及警衛人員所為必要之檢查。
立法說明
新設置之加工出口區，如屏東加工出口區，依區域計畫法相關規定須劃定住宅社區用地；本條例規定加工出口區內除必要人員外，不得在區內居住，將使社區因無法居住而影響開發，爰修正第一項規定，納入「員工與其眷屬」。
第二十一條
管理處或分處為維護加工出口區之環境衛生、安全及辦理公共設施，得向在區內營業之事業收取管理費；為辦理第五條規定掌理之事項，得收取規費或服務費。在區內營業之事業並應於期限內繳納。
前項收取管理費、規費、服務費之範圍及收費標準，由經濟部定之。
前項收取管理費、規費、服務費之範圍及收費標準，由經濟部定之。
立法說明
一、條次變更。
二、修正第一項，理由如次：
(一)「外銷事業」修正為「在區內營業之事業」。
(二)明定在區內營業之事業應在管理處或分處規定期限內繳納管理費。
(三)新擴增之區內事業於新設期間因無營業額，依原規定不需繳費，有失公平；另在區內營業之事業種類繁多，營業額之計算不易，爰刪除以營業額為收取標準之規定。
三、增訂第二項，明定管理費、規費、服務費之範圍及收費標準，由經濟部定之。
二、修正第一項，理由如次：
(一)「外銷事業」修正為「在區內營業之事業」。
(二)明定在區內營業之事業應在管理處或分處規定期限內繳納管理費。
(三)新擴增之區內事業於新設期間因無營業額，依原規定不需繳費，有失公平；另在區內營業之事業種類繁多，營業額之計算不易，爰刪除以營業額為收取標準之規定。
三、增訂第二項，明定管理費、規費、服務費之範圍及收費標準，由經濟部定之。
第二十二條
加工出口區應設置作業基金，為左列各款之運用：
一、加工出口區之開發、擴充、改良、維護及管理。
二、加工出口區開發及相關事業之投資或貸款。
三、加工出口區開發管理相關之研究規劃、設計及宣導事項。
四、各項作業服務事項。
五、其他經行政院專案核准者。
前項作業基金之收支保管及運用辦法，由行政院定之。
一、加工出口區之開發、擴充、改良、維護及管理。
二、加工出口區開發及相關事業之投資或貸款。
三、加工出口區開發管理相關之研究規劃、設計及宣導事項。
四、各項作業服務事項。
五、其他經行政院專案核准者。
前項作業基金之收支保管及運用辦法，由行政院定之。
立法說明
一、本條新增。參照促進產業升級條例第三章開發基金之設置及運用，爰予增訂。
二、加工出口區之開發需設置作業基金加以統籌管理與運用，第一項明定其主要運用之用途。
三、第二項明訂作業基金之收支保管及運用辦法由行政院核定。
二、加工出口區之開發需設置作業基金加以統籌管理與運用，第一項明定其主要運用之用途。
三、第二項明訂作業基金之收支保管及運用辦法由行政院核定。
第二十二條 之一
區內事業違反第十六條或第十九條規定，未經管理處或分處核准，將貨品運入或運出加工出口區者，予以警告或處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰或停止其一個月以上一年以下貨品之輸出入。
立法說明
一、本條新增。
二、比照貿易法第二十八條明定區內事業違反第十六條或第十九條規定，應予處罰，以資明確。
二、比照貿易法第二十八條明定區內事業違反第十六條或第十九條規定，應予處罰，以資明確。
第二十三條
區內事業違反第十八條第一項但書規定，不具備帳冊或為虛偽不實之記載或拒絕管理處或分處及海關之稽核者，除命其限期改正外，處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰；屆期未改正者，得按次處罰，至其改正為止；情節重大者，並得停止其一個月以上一年以下貨品之輸出入。
區內事業違反依第十五條第二項所定辦法中有關保稅貨品之通關、加工、管理、自行點驗進出區、按月彙報、產品內銷應辦補稅程序規定，海關得予以警告並限期改正；屆期未改正者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得按次處罰；處罰三次，仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅業務之一部或全部。
區內事業違反依第十五條第二項所定辦法中有關保稅貨品之通關、加工、管理、自行點驗進出區、按月彙報、產品內銷應辦補稅程序規定，海關得予以警告並限期改正；屆期未改正者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得按次處罰；處罰三次，仍未完成改正者，得停止六個月以下保稅業務之一部或全部。
立法說明
參照關稅法第八十九條及海關管理保稅工廠辦法第五十三條、科學工業園區設置管理條例第三十一條，明定應辦理補稅案件、管理、通關及加工案件未於期限辦理者之處罰規定，以利執行，並與科學工業園區及保稅工廠等保稅區之處罰規定趨於一致，爰增訂第二項。
第二十四條
違反第二十條規定者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰。
立法說明
一、條次變更，並酌作文字修正。
二、修正罰鍰額度，並明定以新臺幣為單位。
二、修正罰鍰額度，並明定以新臺幣為單位。
第二十五條
在區內營業之事業不依第二十一條規定繳納管理費、規費或服務費者，處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並通知限期繳納，屆期仍不繳納者，並得停止其一個月以上一年以下貨品之輸出入。
立法說明
一、本條新增。
二、明定在區內營業之事業不依規定繳納管理費、規費或服務費之處罰。
二、明定在區內營業之事業不依規定繳納管理費、規費或服務費之處罰。
第二十六條
區內事業有從事走私行為或其他違法漏稅情事者，依海關緝私條例或其他有關法律之規定處理。
立法說明
貨品違規之查緝係海關權責，宜另由海關依海關緝私條例或其他有關法律之規定處理，爰予修正。
第二十六條 之一
區內事業以保稅貨品名義報運非保稅貨品進口，應於放行之次日起三十日內填具報單，向海關申報補繳稅捐；逾期申報者，除補繳稅捐外，並自貨品進口放行之次日起至稅捐繳清之日止，就應補繳稅捐金額按日加徵萬分之五之滯納金；如未申報，經海關查獲者，除補繳稅捐及加徵滯納金外，應另依海關緝私條例有關規定處分。
立法說明
一、本條新增。
二、區內事業以保稅貨品名義報運非保稅貨品進口，應負補繳稅捐之責；如未申報，經海關查獲者，除補繳稅捐及加徵滯納金外，應另依海關緝私條例有關規定處分，爰參考科學工業園區設置管理條例第三十條第二項規定，予以增訂。
二、區內事業以保稅貨品名義報運非保稅貨品進口，應負補繳稅捐之責；如未申報，經海關查獲者，除補繳稅捐及加徵滯納金外，應另依海關緝私條例有關規定處分，爰參考科學工業園區設置管理條例第三十條第二項規定，予以增訂。
第二十七條
在區內營業之事業有第二十二條之一至第二十六條之情事，除按各該條處罰外，並得勒令該事業限期遷出加工出口區。
立法說明
配合新增之第二十二條之一，酌作文字修正。
第二十八條
管理處或分處對區內事業產品出口價格得隨時稽查。其經查獲低報出口價格者，依有關法令處罰之。
立法說明
一、條次變更。
二、「區內外銷事業」修正為「區內事業」，配合加工出口區轉型，擴大區內事業經營範圍，除將原第三條之一規定之貿易、諮詢業納入外，增列研究發展及技術服務事業，以加速產業升級。並將倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配事業之服務範圍予以擴大。又為因應情勢變遷，並增訂經經濟部核定之其他相關事業亦得來區投資。
二、「區內外銷事業」修正為「區內事業」，配合加工出口區轉型，擴大區內事業經營範圍，除將原第三條之一規定之貿易、諮詢業納入外，增列研究發展及技術服務事業，以加速產業升級。並將倉儲、運輸、裝卸、包裝、修配事業之服務範圍予以擴大。又為因應情勢變遷，並增訂經經濟部核定之其他相關事業亦得來區投資。
第二十九條
本條例規定應處罰鍰之案件涉及刑事責任者，應分別依有關法律處罰。
立法說明
本條未修正。
第三十條
（刪除）
立法說明
一、本條刪除。
二、依法移送強制執行之規定回歸行政執行法，本條配合刪除。
二、依法移送強制執行之規定回歸行政執行法，本條配合刪除。
第三十一條
本條例施行細則，由經濟部定之。
立法說明
一、條次變更。
二、本條例施行細則，由「行政院」定之，修正為由「經濟部」定之。
二、本條例施行細則，由「行政院」定之，修正為由「經濟部」定之。
第三十二條
本條例自公布日施行。
本條例中華民國九十八年一月六日修正之條文，其施行日期由行政院定之。
本條例中華民國九十八年一月六日修正之條文，其施行日期由行政院定之。
立法說明
為配合營利事業統一發證制度之廢止日期，統一由行政院訂定修正條文之施行日期，爰增訂第二項。
