為優化產業結構達成智慧升級轉型並鼓勵多元創新應用，最近三年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業，自中華民國一百零八年一月一日起至一百十三年十二月三十一日止投資於自行使用之全新智慧機械、投資於導入第五代行動通訊系統或自一百十一年一月一日起至一百十三年十二月三十一日止投資於資通安全產品或服務之相關全新硬體、軟體、技術或技術服務，其支出金額在同一課稅年度內合計達新臺幣一百萬元以上、十億元以下之範圍，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更。其各年度投資抵減金額以不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限：
一、於支出金額百分之五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
二、於支出金額百分之三限度內，自當年度起三年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
公司或有限合夥事業於同一年度合併適用前項投資抵減及其他投資抵減時，其當年度合計得抵減總額以不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但依其他法律規定當年度為最後抵減年度且抵減金額不受限制者，不在此限。
第一項所稱智慧機械，指運用巨量資料、人工智慧、物聯網、機器人、精實管理、數位化管理、虛實整合、積層製造或感測器之智慧技術元素，並具有生產資訊可視化、故障預測、精度補償、自動參數設定、自動控制、自動排程、應用服務軟體、彈性生產或混線生產之智慧化功能者。
第一項所稱第五代行動通訊系統，指運用符合第三代合作夥伴計畫第十五版以上規範之中高頻通訊、大量天線陣列、網路切片、網路虛擬化、軟體定義網路、邊緣運算等第五代行動通訊相關技術元素、設備（含測試所需）或垂直應用系統，以提升生產效能或提供智慧服務者。
第一項所稱資通安全產品或服務，指為防止資通系統或資訊遭受未經授權之存取、使用、控制、洩漏、破壞、竄改、銷毀或其他侵害，確保其機密性、完整性及可用性，運用於終端與行動裝置防護、網路安全維護或資料與雲端安全維護有關之硬體、軟體、技術或技術服務。
公司或有限合夥事業申請適用第一項投資抵減，應提出具一定效益之投資計畫，經各中央目的事業主管機關專案核准，且於同一課稅年度以申請一次為限。
前六項智慧機械、第五代行動通訊系統或資通安全產品或服務投資抵減之適用範圍、具一定效益之投資計畫、申請期限、申請程序、核定機關、抵減率、當年度合計得抵減總額之計算及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。

公司從事國外投資者，應於實行投資前，向中央主管機關申請核准。但投資新臺幣十五億元以下金額者，得於實行投資後，報中央主管機關備查。
前項國外投資之方式、出資種類、申請期限、申請程序及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

為協助新創事業公司之發展，自中華民國一百零六年一月一日起至一百十八年十二月三十一日止，依有限合夥法規定新設立且屬第三十二條規定之下列創業投資事業，得適用第四項課稅規定：
一、分年出資之創業投資事業，符合下列各目規定，且自該事業設立第二年度起各年度之資金運用於我國境內及投資於實際營運活動在我國境內之外國公司金額合計達當年度實收出資總額百分之五十並符合政府政策，經申請中央主管機關逐年核定者：
(一)設立當年度及第二年度：各年度終了日有限合夥契約約定出資總額達新臺幣三億元。
(二)設立第三年度：實收出資總額於年度終了日達新臺幣一億元。
(三)設立第四年度：實收出資總額於年度終了日達新臺幣二億元，且累計投資於新創事業公司之金額達該事業當年度實收出資總額百分之三十或新臺幣三億元。
(四)設立第五年度：實收出資總額於年度終了日達新臺幣三億元，且累計投資於新創事業公司之金額達該事業當年度實收出資總額百分之三十或新臺幣三億元。
二、於設立當年度實收出資總額達新臺幣三億元之創業投資事業，符合下列各目規定，且自該事業設立第二年度起各年度之資金運用於我國境內及投資於實際營運活動在我國境內之外國公司金額合計達決定出資總額百分之五十並符合政府政策，經申請中央主管機關逐年核定者：
(一)設立第二年度：實收出資總額於年度終了日達新臺幣三億元。
(二)設立第三年度：決定出資總額於年度終了日達新臺幣一億元。
(三)設立第四年度：決定出資總額於年度終了日達新臺幣二億元，且累計投資於新創事業公司之金額達該事業當年度決定出資總額百分之三十或新臺幣三億元。
(四)設立第五年度：決定出資總額於年度終了日達新臺幣三億元，且累計投資於新創事業公司之金額達該事業當年度決定出資總額百分之三十或新臺幣三億元。
前項第二款所稱決定出資總額，指該款創業投資事業於申請中央主管機關逐年核定時所決定之前一年度出資總額；該出資總額不得少於該事業於設立年度起至前一年度終了日止之實際累計投資金額，並應於第四項所定適用期間屆滿前達到募資完成之實收出資總額。
適用第四項規定之事業，嗣後辦理清算者，於清算期間內得不受第一項規定限制，繼續適用第四項規定。
符合第一項規定之事業，自設立之會計年度起十年內，得就各該年度收入總額，依所得稅法第二十四條規定計算營利事業所得額，分別依有限合夥法第二十八條第二項規定之盈餘分配比例，計算各合夥人營利所得額，由合夥人依所得稅法規定徵免所得稅，但屬源自所得稅法第四條之一所定證券交易所得部分，個人或總機構在我國境外之營利事業之合夥人免納所得稅。合夥人於實際獲配適用本項規定事業之盈餘時，不計入所得額課稅。
適用前項規定之事業，如有特殊情形，得於該項所定適用期間屆滿三個月前，專案報經中央主管機關核准延長適用期間，但延長之期間不得超過五年，並以延長一次為限。
適用第四項規定之事業，於該項所定適用期間內，應依所得稅法第七十一條第一項、第七十五條第一項及第二項規定期限內按財政部規定格式辦理結算、決算及清算申報，無須計算及繳納其應繳納之稅額，不適用同法第三十九條第一項但書虧損扣除、第四十二條第一項轉投資收益不計入所得額課稅、本條例及其他法律有關租稅優惠之規定，並免依同法第六十六條之九未分配盈餘加徵營利事業所得稅及第一百零二條之二第一項報繳未分配盈餘加徵稅額。
適用第四項規定之事業，其當年度所得之扣繳稅款，得依有限合夥法第二十八條第二項規定之盈餘分配比例計算各合夥人之已扣繳稅款。該已扣繳稅款得抵繳合夥人之應納所得稅額。適用第四項規定之事業應於各適用年度所得稅結算申報或決算、清算申報法定截止日前，將依第四項規定計算之合夥人之所得額與前開已扣繳稅款，按財政部規定格式填發予各合夥人，並以該事業年度決算日、應辦理當期決算申報事由之日或清算完結日作為合夥人所得歸屬年度。
有第四項所得之合夥人為非我國境內居住之個人或總機構在我國境外之營利事業者，應以適用該項規定之事業負責人為所得稅扣繳義務人，於該事業當年度所得稅結算申報或決算、清算申報法定截止日前，依規定之扣繳率扣取稅款，並於該截止日之次日起十日內向國庫繳清，及開具扣繳憑單，向該管稅捐稽徵機關申報核驗後，填發予合夥人。該合夥人有前項已扣繳稅款者，得自其應扣繳稅款中減除。
擬適用第四項課稅規定之事業，應於設立之次年二月底前擇定，並擇定適用第一項第一款或第二款規定，一經擇定，不得變更；適用期間經中央主管機關核定不符合第一項規定者，自不符合規定之年度起，不得再適用第四項規定，並應依所得稅法及所得基本稅額條例規定辦理。
第一項所稱新創事業公司，指依公司法設立之公司，或實際營運活動在我國境內之外國公司，且於適用第四項規定之事業取得該公司新發行股份時，設立未滿五年者。
第一項及前項所稱實際營運活動在我國境內之外國公司，指依外國法律設立之公司，在我國境內設立子公司或分公司，且經中央主管機關認定符合下列各款規定者：
一、作成重大經營管理、財務管理及人事管理決策者為我國境內居住之個人或總機構在我國境內之營利事業，或作成該等決策之處所在我國境內。
二、財務報表、會計帳簿紀錄、董事會議事錄或股東會議事錄之製作或儲存處所在我國境內。
三、在我國境內有實際執行主要經營活動。
第一項實收出資總額與決定出資總額之計算、資金運用於我國境內及投資於實際營運活動在我國境內之外國公司金額及比率之計算、符合政府政策之範圍、投資於新創事業公司累計金額占有限合夥事業實收出資總額、決定出資總額比率之計算與申請及核定程序、第五項之特殊情形及延長適用期間之申請程序、前項實際營運活動在我國境內之外國公司之認定與相關證明文件及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。
適用第四項規定事業之所得計算與申報程序、第八項扣繳程序及其他相關事項之辦法，由財政部定之；第八項之扣繳率，由財政部擬訂，報請行政院核定。

個人以現金投資於成立未滿二年經中央目的事業主管機關核定之國內高風險新創事業公司，且對同一公司當年度投資金額達新臺幣一百萬元，並取得該公司之新發行股份，持有期間達二年者，得就投資金額百分之五十限度內，自持有期間屆滿二年之當年度個人綜合所得總額中減除。該個人適用本項規定每年得減除之金額，合計以新臺幣三百萬元為限。
前項個人之資格條件、高風險新創事業公司之適用範圍與資格條件、申請期限、申請程序、持有期間計算、核定機關及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。

適用第十二條之一、第十二條之二及第十九條之一者，公司應於股東轉讓或辦理帳簿劃撥之年度、或緩課期間屆滿年度之次年度一月三十一日前，依規定格式向該管稅捐稽徵機關列單申報該已轉讓、辦理帳簿劃撥或屆期尚未轉讓之股份資料；其未依限或未據實申報者，稅捐稽徵機關除限期責令補報或填發外，按其應申報或短計之所得金額，處公司負責人百分之十之罰鍰，但最高不得超過新臺幣五十萬元，最低不得少於新臺幣五萬元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。
經稅捐稽徵機關限期責令補報或填發，公司未依限補報或填發者，按其應申報或短計之所得金額，處公司負責人百分之十五之罰鍰，但最高不得超過新臺幣一百萬元，最低不得少於新臺幣十萬元。

適用第二十三條之一規定之事業有下列各款情形之一，由稅捐稽徵機關分別依各該款規定處罰：
一、違反所得稅法第七十一條規定，未依限辦理結算申報，而已依同法第七十九條第一項規定補辦結算申報者，應依稅捐稽徵機關調查核定之所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之十滯報金。但最高不得超過新臺幣三萬元，最低不得少於新臺幣一千五百元。
二、逾所得稅法第七十九條第一項規定之補報期限，仍未辦理結算申報者，應依稅捐稽徵機關調查核定之所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之二十怠報金。但最高不得超過新臺幣九萬元，最低不得少於新臺幣四千五百元。
三、已依所得稅法規定辦理結算、決算或清算申報，有短漏報依所得稅法規定之課稅所得額者，應就稅捐稽徵機關核定短漏之課稅所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處以二倍以下之罰鍰。
四、未依所得稅法規定自行辦理結算、決算或清算申報，而經稅捐稽徵機關調查，有短漏報依所得稅法規定計算之課稅所得額者，應就稅捐稽徵機關核定短漏之課稅所得額，按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，處三倍以下之罰鍰。
五、未依有限合夥法第二十八條第二項規定之盈餘分配比例計算各合夥人營利所得額者，應按其計算之所得額與依規定計算所得額之差額，處百分之五之罰鍰。但最高不得超過新臺幣三十萬元，最低不得少於新臺幣一萬五千元。
六、未依限或未據實填發第二十三條之一第七項規定文件者，處新臺幣七千五百元之罰鍰，並通知限期填發；屆期未填發或未據實填發者，應按未填發文件之所得額，處百分之五之罰鍰，但最高不得超過新臺幣三十萬元，最低不得少於新臺幣一萬五千元。
第二十三條之一第八項規定之扣繳義務人有下列各款情形之一，由稅捐稽徵機關分別依各該款規定處罰：
一、未依第二十三條之一第八項規定扣繳稅款者，除限期責令補繳應扣未扣或短扣之稅款及補報扣繳憑單外，並按應扣未扣或短扣之稅額處一倍以下之罰鍰；其未於限期內補繳應扣未扣或短扣之稅款，或不按實補報扣繳憑單者，應按應扣未扣或短扣之稅額處三倍以下之罰鍰。
二、已依第二十三條之一第八項規定扣繳稅款，而未依同項規定之期限按實申報或填發扣繳憑單者，除限期責令補報或填發外，應按扣繳稅額處百分之二十之罰鍰，但最高不得超過新臺幣二萬元，最低不得少於新臺幣一千五百元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。經稅捐稽徵機關限期責令補報或填發扣繳憑單，扣繳義務人未依限按實補報或填發者，應按扣繳稅額處三倍以下之罰鍰，但最高不得超過新臺幣四萬五千元，最低不得少於新臺幣三千元。
三、逾第二十三條之一第八項規定期限繳納所扣稅款者，每逾二日加徵百分之一滯納金。

公司或有限合夥事業違反第二十二條第一項規定未經核准實行投資，處新臺幣五萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得令其限期改正、停止或撤回投資；屆期未改正、停止或撤回投資者，得按次處新臺幣五十萬元以上一千萬元以下罰鍰。
公司或有限合夥事業實行國外投資，未履行中央主管機關依第二十二條第三項規定所為之附款，或經中央主管機關依第二十二條第四項令採行一定改正措施或撤回投資，經限期履行、改正或撤回投資而未履行、改正或撤回投資者，得按次處新臺幣五十萬元以上一千萬元以下罰鍰。

已依其他法令享有租稅優惠、獎勵、補助者，不得就同一事項重覆享有本條例所定之獎勵或補助。
公司或企業最近三年因嚴重違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大經各中央目的事業主管機關認定者，不得申請本條例之獎勵或補助，並應追回違法期間內依本條例申請所獲得之獎勵或補助。
依前項規定應追回獎勵或補助者，各中央目的事業主管機關應於追回之處分確定後，於其網站公開該公司或企業之名稱；依稅捐稽徵法第四十八條第二項規定停止並追回本條例之租稅優惠者，財政部應於該停止並追回處分確定年度之次年公布其名稱，不受稅捐稽徵法第三十三條規定之限制。

本條例自公布日施行。但第十條施行期間自中華民國九十九年一月一日起至一百零八年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零四年十二月三十日修正公布之第十條、第十二條之一、第十九條之一施行期間，自一百零五年一月一日起至一百零八年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零六年十一月二十二日修正公布之第十二條之一、第十二條之二、第十九條之一施行期間，自一百零六年十一月二十四日起至一百零八年十二月三十一日止；第十條及第二十三條之二施行期間，自一百零六年十一月二十四日起至一百十八年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零七年六月二十日修正公布之第十九條之一施行期間，自一百零七年六月二十二日起至一百零八年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百零八年七月二十四日修正公布之第十二條之一、第十二條之二、第十九條之一施行期間，自一百零九年一月一日起至一百十八年十二月三十一日止；第二十三條之三施行期間，自公布生效日起至一百十八年十二月三十一日止。
本條例中華民國一百十二年一月七日修正之條文施行期間，自一百十二年一月一日起至一百十八年十二月三十一日止。