一、將原條文第十一條所定專員、科員、辦事員之員額，移列本條規定之。
二、依現行公務人員任用法及考試院民國八十八年修正發布之職務列等表之規定，修正職務之官等及職等。
三、增加審計人員三十一人，其理由如下：
(一)由於審計機關內外在環境急遽變遷，業務量劇增，三十餘年來監督中央政府預算金額已成長約三十倍，且審核業務之複雜性及困難度亦逐漸升高，審計職責日益綦重，現行審計人員員額，已難因應業務實際需要。
(二)現代政府審計潮流，已漸由傳統消極之財務「合法性審計」，轉變為積極評核政府財務績效之效能性審計。為配合時代需求，爰逐步將傳統之書面審核，改為派遣就地審計小組，分赴各被審核機關，辦理就地審計。
(三)鑑於本部辦理就地審計，需指派具備政府審計實務經驗豐富之薦任第八職等至第九職等審計（稽察）擔任就地審計小組之領組，經統計本部每期就地審計，需七十二組審計人力，並配置同額之領組人員。因該層級人員，目前編制僅五十四人，扣除兼負科務之科長暨辦理督導地方審計業務及辦理審計業務研究發展等所需人員十六人，可指派為領組人員者，僅有三十八人，尚不足三十四人，亟需補足；另為因應未來推展審計業務實際需要，擬再酌增領組人員十一人，合計擬增置薦任第八職等至第九職等審計（稽察）四十五人（含審計三十一人、稽察十四人），並配合酌減委任第五職等或薦任第六職等至第七職等審計員及稽察員十四人，合計實際增加審計人員三十一人。

一、依「政風機構人員設置條例」之規定，增設政風室，置主任一人，並配合減少辦事員一人。
二、依考試院民國八十八年修正發布之職務列等表甲、中央機關職務列等表之十一部會處局署人事室、會計室、統計室及政風室主任之職務列等規定，修正上開單位主任之列等。
三、本條所定各室工作人員之員額，已移列修正條文第十條規定，爰增訂各室所需工作人員，就本法所定員額內派充之規定。