銓敘部業依司法院釋字第七八五號解釋意旨辦理公務員服務法研修作業，包括修訂公務員之法定辦公時數、延長辦公時數上限、輪班輪休人員連續休息下限及勤休頻率等工時規範；公務人員保障暨培訓委員會則就本法第二十三條研擬修正，銜接上開公務員服務法修正，就該法規範之法定辦公時數以外仍執行職務者，訂定加班補償規範。
一、第一項修正理由：
(一)依公務員服務法修正條文第十二條規定，公務人員之服勤（工作）時數，包含「辦公時數」與「延長辦公時數」。延長辦公時數，係指於辦公時數以外加班之意。本項爰明定加班為法定辦公時數以外，經指派執行職務。加班要件包括「經指派」、「於法定辦公時數以外」、「執行職務」。所稱「法定辦公時數」，係指公務員服務法或相關授權子法所定之辦公時數，並配合該法修正條文第十二條規定酌作文字修正。又本項係就公務員服務法所定法定辦公時數以外，仍執行職務者，規範給予其加班補償要件及方式。
(二)為保障公務人員健康權及符合一般社會通念之合理執行職務對價，所稱「執行職務」範圍如下：
1.就其內涵及性質而言，不限於執行本職勤（業）務，包括執行長官所發命令之非本職勤（業）務。
2.就強度、密度而言，非僅以實際從事具體之勤（業）務內容，或有持續密集執行勤（業）務為必要，凡公務人員於長官監督命令下，必須於辦公場所或指定處所，等待或隨時準備執行勤（業）務，無法自主運用時間，縱未負高度之注意程度，亦屬之。
3.各機關（構）如基於管理之需要，指派公務人員於法定辦公時數以外，處理本職以外之臨時性、突發性事務之特定期間值班、值勤、值日（夜）等，均屬之。
(三)又本項所列補償方式，應以給予加班費、補休假為原則，惟為考量機關預算之限制或機關必要範圍內之業務需要，致無法給予加班費、補休假時，衡酌公務人員考績（成、核）法規所定之平時考核獎勵（嘉獎、記功、記大功），對公務人員年終考績及陞遷積分有所助益，機關應給予公務人員考績（成、核）法規所定平時考核之獎勵，以為補償，爰增訂但書規定，並明定獎勵限於公務人員考績（成、核）法規所定之類型，以資明確。另原條文所定「其他相當補償」過於空泛，易生與加班費、補休假或獎勵等補償方式不衡平之情形，爰刪除之。
二、第二項增訂理由：
(一)司法院釋字第七八五號解釋意旨，公務人員保障法第二十三條應就業務性質特殊機關所屬公務人員之超時服勤補償事項，如勤務時間二十四小時之服勤時段與勤務內容，待命服勤中依其性質及勤務提供之強度及密度為適當之評價與補償等，訂定必要合理之框架性規範特別規定。為符待命全屬加班時數，本項評價客體限於「加班補償」，非指「加班時數」。基於業務性質特殊實施輪班、輪休制度機關（如：公務人員週休二日實施辦法第四條所定，警察、消防、海巡、關務、醫療、交通運輸等機關，為全年無休服務民眾，應實施輪班、輪休制度。）之特殊服勤態樣，爰明定上開機關所屬公務人員之加班補償，應考量加班之性質、強度、密度、時段等因素，以符合一般社會通念之合理執行職務對價及保障公務人員健康權之原則下，予以適當評價，並為明確規範加班補償計算基準，於第五項授權行政院於訂定加班補償評價基準級距（如：以執行本職業務、待命及留宿等設定不同級距）及下限（如：補償評價換算基準不得低於一定金額或時數）範圍內，訂定換算基準，核給加班費或補休假，俾回應司法院釋字第七八五號解釋意旨。所稱健康權，依司法院釋字第七八五號解釋，旨在保障公務人員生理及心理機能之完整性，不受任意侵害，且國家對其身心健康負一定照顧義務。
(二)又各機關非因全年無休服務民眾而實施輪班、輪休制度之公務人員待命（如：各法院或檢察署法警之值班、各縣市公務人員執行災害防救之值班等）時數之加班補償，亦得訂定換算基準，核給加班費、補休假。
三、第三項增訂理由：
(一)依司法院釋字第七八五號解釋意旨，係以健康權之保障為核心，為符合上開解釋意旨，公務人員加班，宜予以適當休息，爰補休假仍應以休畢為原則。
(二)為符法律保留原則，明定補休假期限之上限為二年，行政院依第五項，得於二年範圍內，訂定補休假期限，以兼顧公務人員補休假權利及實務運作情形。
(三)明定公務人員遷調時，於原服務機關補休假期限內未及休畢之補休假，得於原期限內至新任職機關續行補休之規定，以資明確。
四、第四項增訂理由：
(一)明定補休假結算機制。承前項，補休假仍應以休畢為原則，例外結算核給加班費。又公務人員補休假如確因機關必要範圍內之業務需要，致無法給予補休，逾補休期限未補休假之時數，應例外按加班時之俸（薪）給及前項換算基準，計發加班費。但因機關預算之限制，致無法給予加班費，除公務人員離職或已亡故者，仍應計發加班費外，應給予第一項之獎勵，以為補償。
(二)另所謂離職，係指離卸公職。參酌銓敘部九十七年五月十九日部法一字第○九七二九一七七○○號令，包括退休（職）、辭職、資遣、免職、撤職、停職及休職等。
五、第五項增訂理由：
(一)前段明文授權行政院訂定各機關加班費之計算方式、補休假期限、第二項加班補償評價換算基準之級距與下限及其他相關事項（如：加班費計算基準、管制、查核等規定），以符合授權明確性原則。又考量各機關業務特性多樣不一，複雜性高，為因應實務運作需要，後段明定由主管機關於行政院所定範圍內，訂定加班補償評價換算基準，以維實務運作彈性。
(二)依中央法規標準法第十四條規定，以自本修正條文施行日起有加班事實者，始有新法之適用。
(三)所稱主管機關，指公務人員考績法第十四條第四項所定之機關，即總統府、國家安全會議、五院、各部（會、處、局、署與同層級之機關）、直轄市政府、直轄市議會、縣（市）政府及縣（市）議會。

一、本法第二十三條配合實務運作，明定該修正條文施行日期，由考試院定之，其餘條文自公布日施行。
二、為使機關因應新修正加班補償制度所生之補休假人力調配，及加班費結算之預算因應，爰應以本修正條文施行日起發生之加班事實，始有新法之適用。