一、依司法院釋字第六四五號解釋意旨，為尊重行政院人事決定權，並維持立法權與行政權相互制衡之憲政制度，第一項刪除行政院公民投票審議委員會委員由各政黨依立法院各黨團席次比例推荐之規定。
二、為維護行政院公民投票審議委員會之公正性及獨立性，參酌國家通訊傳播委員會組織法第四條第二項規定及行政院公平交易委員會組織條例第十一條第三項之規定，明定委員具有同一黨籍者，不得超過委員總額二分之一；另為營造兩性共治共決之政策參與環境，參照九十四年七月二十五日行政院婦女權益促進委員會第二十二次委員會議決議「行政院各部會所屬委員會全體委員組成之性別比例，單一性別委員比例應達三分之一」，明定委員之單一性別不得少於三分之一。爰增訂第二項規定，原條文第二項遞移為第三項。