一、第一項至第三項未修正。
二、依民法第四百四十條第三項及土地法第一百零三條第四款規定，對未依租賃契約繳交租金者，需俟積欠租金額達二年以上，始得終止租約收回租地，然因園區土地有限，前揭規定將影響區內土地有效利用，對瞬息萬變之經濟發展有所阻礙。爰為強化土地利用及符合實際業務需要，參酌加工出口區設置管理條例第十一條之二第三項規定，增訂第四項。

一、因現行員工宿舍出租對象僅限園區機構從業人員，未包含辦理本條例第八條所定事項之各目的事業主管機關或相關機構指派之人員，爰參照科學工業園區設置管理條例第十六條第二項規定，將第一項出租對象修正為「園區從業人員」，俾符業務推動實際需要。
二、第二項未修正。

一、為使核准事由明確，爰於第一項增列「進駐」之文字。
二、因農業生技、加值產業具有較長整備期及嚴格之藥品優良製造規範（GMP）登記制度等特色，以九十九年度開始承租園區廠房之動物疫苗廠商為例，該公司經過三年以上廠房整備及產品試製，直至一百零二年底始能正式提出GMP查廠申請，顯示相關投資案件確實需較長時間始能步入營運正軌。
三、農業相關產品常遭遇各國法規及貿易障礙之限制，以動物疫苗、生物肥料及生物農藥等產品外銷出口時所需申請之輸入准證為例，廠商必須至當地國家進行產品功效性及安全性等多項田間試驗，並經過該國政府之審核同意後，方能取得產品准證，所需時間至少二至五年以上。
四、另依據經濟部中小企業處統計資料，國內農企業高達百分之九十九以上屬中小型企業，當廠商開始實質投入資金時，多選擇改採保守、穩健方式進行，需較長時間經營方能在營收及外銷產值上有所突破，故園區廠商在營運初期之營運規模，較不易達成投資評估時期之預估值。
五、農業生技、加值產業廠商之投資案件，所需廠房建置與整備、產品試量產、查廠登記、產品准證取得及國際市場通路建構等營運時程，往往長達六年以上，現行六年（三年可再延長三年，共六年）內實施營運計畫之規定實顯緊迫，故有將其營運計畫之實施期限予以延長之必要。
六、為避免第二項所稱「沒入」與行政罰法用語混淆，爰修正為「不予發還」。
七、第三項修正為「園區事業有正當理由未能依前項規定期限實施營運計畫者，得向管理局申請延期，經管理局審查核准後，得延長三年，必要時，得再延長一次，總期限不得超過九年。」

一、本條刪除。
二、園區設立初期為增加招商誘因，業通案奉准於九十六年底以前免土地租金，而目前園區招商運作均已步入正軌。
三、因本條例施行迄今未曾援引適用本條規定，且對於「農業科技發展有特殊貢獻者」亦無明確之判斷基準，為避免爾後業務執行時發生爭議，爰予刪除。

一、基於比例原則，滯納金加徵應有上限，為期明確，爰參酌勞工退休金條例第五十三條第一項等相關立法體例，將滯納金加徵上限定為「應繳納金額之百分之十五」。
二、又行政執行法對於逾期未繳納之執行方式已有明確規定，爰刪除後段「逾三十日仍未繳納者，依法移送強制執行」。